第十二章鼠类和人类公用物理图谱数据库的使用 页码,8/1 标记物,但在低于约2兆时就无法准确解决两个STS的顺序问题了。放射性杂交图能够测知约 10Mb的连接,有效分辨率达~1Mb(更小的间隔也能排序,但是不可靠性逐步增加) STS/YAC图可以测知两个相互间隔1Mb的STS的连接,估计分辨力达100~300kb。理解图谱时头 脑中应有这些尺度上的差异。一般在1Mb的范围以下,STS/YAC图是说明顺序的图谱中最可靠 的一种 在STS含量图中,由于STS和YAC的不等分布,可靠性也会有地域差异。在YAC密集的区域(每 一个STS有5个或更多的YAC),在排序信息的重要性上,图谱结果是相对更可靠的。在低密度 区,图谱结果中就会有几种同时可能替代的STS顺序,并会附上数据。假定的错误的反面情 况,如图12.8中,表示为图中的空白框。这一点也会严重降低图谱的准确性。最后,因为在 所有YAC库中都存在嵌合现象的问题,双键(例如,一对STS同时与2个或更多YAC连接)比单 键(STS只由1个YAC连接)更能可靠说明相邻关系。尽管只有在基因图或放射性杂交图中存在 支持性数据时,图上才能构建单键信息,但单由两个STS相连形成的连接仍保留怀疑。这些元 素在任何制图区域被详细检查的时候都应考虑在内。 下面的部分介绍如何在 Whi tohead图上,通过 Whi tohead网址安置新的STS。从STS设计和针对 Whi behead和放射性杂交图进行制图开始 设计一个STS,置于 Whi tohead上 设计一个STS需要一个高质量的DNA序列,至少长达所需的PCR产物。为得到最好的结果,这些 序列应不含重复元素和载体序列,并且质量相对高些。任何支持一个WW浏览器的计算机系统 都可以使用该程序,支持TCP/P的网络连接也是必须的 首先,将浏览器连到 Whi tehead Genome Center的主页。寻找并点击指向 MW Pri mer Pi cki ng 的链接。接着出现一页,在其上方有一个很大的输入框。剪切原始序列并粘贴到该处,只用 粘贴原始序列,不需用名称或其它标记词。这些碱基可以小写或大写,而白色空格可以忽 略 现在,向下滚动窗口,将PCR的条件调至需要值。那些关于盐浓度、温度和产物大小范围等的 默认值均是Ⅵ所设定的。如果有必要的改变需输入时,按标有 Pick pri mers键返回一套引物 处进行特定设定。这些引物现在在对感兴趣的序列的审查实验中用得上。通过放大基因组DNA 中的一条特定带,可以对这些引物的能力进行经验性鉴定。引物的失败主要与引物扫描区域 中的重复元素有关。相反,通过进行 BLAST或 FASTA搜索,再选择引物对,来对输入序列中的 重复序列进行筛选则是比较明智的,如果STS成功地放大了一条特定带,它就可以与 Whi tohead sts/TAC含量图或放射性杂交图相联系,被制成图。 与 Whi tohead sts/YAC含量图联系对STS制图 一旦被制出后,一个STS就可以通过对 CEPT mega-YAC库的扫描确定在STS/YAC含量图上的位 置。而对含有超过30000个克隆,其中又有1200个排列、板块和柱池(row、 plate和 col um pool)的YAC库进行搜索,实在是一件头疼的任务。可喜的是,几个生物技术公司己经提供了 CEPH YAC的复本和(或)筛选系统,包括 Research Geneti cs Corporati on。 Whi tohead图就 是仅从YAC库的后一部分构建起来的。这意味着库模块中位于709—972的范围仍需筛选。STS 接着就可以用以下步骤放在图上了。 使浏览器连向 Whi tohead的主页,并点击标有 Human Physi Mappi ng Proj ect的链接以跳到 该组织的物理制图页。从这儿,再找到并选择“ Search for a yac to i ts address”,接着 出现一页,内有一系列pop-up菜单,能用于输入单个YAC的地址、或一个输入单个YAC名称的 主题栏、或一个能粘贴 AC地址的大型区域。后者适用于将多个YAC用于研究的时候。在 这个地方输入YAC列表,再使用“ pl ate_ row col umn”形式,这里是用“_”号分离板块、排 和列这三维(如709A_1),也可输入多个YAC地址,用空格或 carrI age回车隔开。搜索过程 file://E:\wcb\生物信息学(中译本)\第十二章鼠类和人类公用物理图谱 2005-1-18ᷛ䆄⠽ˈԚ೼ԢѢ㑺ܚᯊህ᮴⊩ޚ⹂㾷އϸϾSTSⱘ乎ᑣ䯂乬њDŽᬒᇘᗻᴖѸ೒㛑໳⌟ⶹ㑺 10Mbⱘ䖲᥹ˈ᳝ᬜߚ䕼⥛䖒̚1Mb˄᳈ᇣⱘ䯈䱨г㛑ᥦᑣˈԚᰃϡৃ䴴ᗻ䗤ℹ๲ࡴ˅DŽ STS/YAC೒ৃҹ⌟ⶹϸϾⳌѦ䯈䱨1MbⱘSTSⱘ䖲᥹ˈԄ䅵ߚ䕼࡯䖒100̚300kbDŽ⧚㾷೒䈅ᯊ༈ 㛥Ёᑨ᳝䖭ѯሎᑺϞⱘᏂᓖDŽϔ㠀೼1Mbⱘ㣗ೈҹϟˈSTS/YAC೒ᰃ䇈ᯢ乎ᑣⱘ೒䈅Ё᳔ৃ䴴 ⱘϔ⾡DŽ ೼STS৿䞣೒Ёˈ⬅ѢSTS੠YACⱘϡㄝߚᏗˈৃ䴴ᗻгӮ᳝ഄඳᏂᓖDŽ೼YACᆚ䲚ⱘऎඳ˄↣ ϔϾSTS᳝Ͼ៪᳈໮ⱘYAC˅ˈ೼ᥦᑣֵᙃⱘ䞡㽕ᗻϞˈ೒䈅㒧ᵰᰃⳌᇍ᳈ৃ䴴ⱘDŽ೼Ԣᆚᑺ ऎˈ೒䈅㒧ᵰЁህӮ᳝޴辵ৠᯊৃ㛑᳓ҷⱘSTS乎ᑣˈᑊӮ䰘Ϟ᭄᥂DŽ؛ᅮⱘ䫭䇃ⱘড䴶ᚙ މˈབ೒12.8Ёˈ㸼⼎Ў೒ЁⱘぎⱑḚDŽ䖭ϔ⚍гӮϹ䞡䰡Ԣ೒䈅ⱘޚ⹂ᗻDŽ᳔ৢˈ಴Ў೼ ᠔᳝YACᑧЁ䛑ᄬ೼ጠড়⦄䈵ⱘ䯂乬ˈঠ䬂˄՟བˈϔᇍSTSৠᯊϢϾ៪᳈໮YAC䖲᥹˅↨ऩ 䬂˄STSা⬅ϾYAC䖲᥹˅᳈㛑ৃ䴴䇈ᯢⳌ䚏݇㋏DŽሑㅵা᳝೼෎಴೒៪ᬒᇘᗻᴖѸ೒Ёᄬ೼ ᬃᣕᗻ᭄᥂ᯊˈ೒Ϟᠡ㛑ᵘᓎऩ䬂ֵᙃˈԚऩ⬅ϸϾSTSⳌ䖲ᔶ៤ⱘ䖲᥹ҡֱ⬭ᗔ⭥DŽ䖭ѯܗ ㋴೼ӏԩࠊ೒ऎඳ㹿䆺㒚Ẕᶹⱘᯊ׭䛑ᑨ㗗㰥೼ݙDŽ ϟ䴶ⱘ䚼ߚҟ㒡བԩ೼Whitehead೒Ϟˈ䗮䖛Whitehead㔥ഔᅝ㕂ᮄⱘSTSDŽҢSTS䆒䅵੠䩜ᇍ Whitehead੠ᬒᇘᗻᴖѸ೒䖯㸠ࠊ೒ᓔྟDŽ 䆒䅵ϔϾSTSˈ㕂ѢWhiteheadϞ 䆒䅵ϔϾSTS䳔㽕ϔϾ催䋼䞣ⱘDNAᑣ߫ˈ㟇ᇥ䭓䖒᠔䳔ⱘPCRѻ⠽DŽЎᕫࠄ᳔དⱘ㒧ᵰˈ䖭ѯ ᑣ߫ᑨϡ৿䞡໡ܗ㋴੠䕑ԧᑣ߫ˈᑊϨ䋼䞣Ⳍᇍ催ѯDŽӏԩᬃᣕϔϾWWW⌣㾜఼ⱘ䅵ㅫᴎ㋏㒳 䛑ৃҹՓ⫼䆹⿟ᑣˈᬃᣕTCP/IPⱘ㔥㒰䖲᥹гᰃᖙ乏ⱘDŽ 佪ܜˈᇚ⌣㾜఼䖲ࠄWhitehead Genome CenterⱘЏ义DŽᇏᡒᑊ⚍ߏᣛ৥WWW Primer Picking ⱘ䫒᥹DŽ᥹ⴔߎ⦃ϔ义ˈ೼݊Ϟᮍ᳝ϔϾᕜ໻ⱘ䕧ܹḚDŽߛ࠾ྟॳᑣ߫ᑊ㉬䌈ࠄ䆹໘ˈা⫼ ㉬䌈ॳྟᑣ߫ˈϡ䳔⫼ৡ⿄៪݊ᅗᷛ䆄䆡DŽ䖭ѯ⺅෎ৃҹᇣݭ໻៪ݭˈ㗠ⱑ㡆ぎḐৃҹᗑ ⬹DŽ ⦄೼ˈ৥ϟ⒮ࡼにষˈᇚPCRⱘᴵӊ䇗㟇䳔㽕ؐDŽ䙷ѯ݇ѢⲤ⌧ᑺǃ⏽ᑺ੠ѻ⠽໻ᇣ㣗ೈㄝⱘ 咬䅸ؐഛᰃWI᠔䆒ᅮⱘDŽབᵰ᳝ᖙ㽕ⱘᬍব䳔䕧ܹᯊˈᣝ᳝ᷛPick Primers䬂䖨ಲϔ༫ᓩ⠽ ໘䖯㸠⡍ᅮ䆒ᅮDŽ䖭ѯᓩ⠽⦄೼೼ᇍᛳ݈䍷ⱘᑣ߫ⱘᅵᶹᅲ偠Ё⫼ᕫϞDŽ䗮䖛ᬒ໻෎಴㒘DNA Ёⱘϔᴵ⡍ᅮᏺˈৃҹᇍ䖭ѯᓩ⠽ⱘ㛑࡯䖯㸠㒣偠ᗻ䡈ᅮDŽᓩ⠽ⱘ༅䋹Џ㽕Ϣᓩ⠽ᠿᦣऎඳ Ёⱘ䞡໡ܗ㋴᳝݇DŽⳌডˈ䗮䖛䖯㸠BLAST៪FASTA᧰㋶ˈݡ䗝ᢽᓩ⠽ᇍˈᴹᇍ䕧ܹᑣ߫Ёⱘ 䞡໡ᑣ߫䖯㸠ㄯ䗝߭ᰃ↨䕗ᯢᱎⱘˈབᵰSTS៤ࡳഄᬒ໻њϔᴵ⡍ᅮᏺˈᅗህৃҹϢ Whitehead STS/TAC৿䞣೒៪ᬒᇘᗻᴖѸ೒Ⳍ㘨㋏ˈ㹿ࠊ៤೒DŽ ϢWhitehead STS/YAC৿䞣೒㘨㋏ᇍSTSࠊ೒ ϔᮺ㹿ߎࠊˈৢϔϾSTSህৃҹ䗮䖛ᇍCEPT mega-YACᑧⱘᠿᦣ⹂ᅮ೼STS/YAC৿䞣೒Ϟⱘԡ 㕂DŽ㗠ᇍ৿᳝䍙䖛30000Ͼܟ䱚ˈ݊Ёজ᳝1200Ͼᥦ߫ǃᵓഫ੠᷅∴˄rowǃplate੠column pool˅ⱘYACᑧ䖯㸠᧰㋶ˈᅲ೼ᰃϔӊ༈⮐ⱘӏࡵDŽৃ୰ⱘᰃˈ޴Ͼ⫳⠽ᡔᴃ݀ৌᏆ㒣ᦤկњ CEPH YACⱘ໡ᴀ੠˄៪˅ㄯ䗝㋏㒳ˈࣙᣀResearch Genetics CorporationDŽWhitehead೒ህ ᰃҙҢYACᑧⱘৢϔ䚼ߚᵘᓎ䍋ᴹⱘDŽ䖭ᛣੇⴔᑧ῵ഫЁԡѢ709ˉ972ⱘ㣗ೈҡ䳔ㄯ䗝DŽSTS ᥹ⴔህৃҹ⫼ҹϟℹ偸ᬒ೼೒ϞњDŽ Փ⌣㾜఼䖲৥WhiteheadⱘЏ义ˈᑊ⚍ߏ᳝ᷛHuman Physical Mapping Projectⱘ䫒᥹ҹ䏇ࠄ 䆹㒘㒛ⱘ⠽⧚ࠊ೒义DŽҢ䖭ܓˈݡᡒࠄᑊ䗝ᢽ“Search for a YAC to its address”ˈ᥹ⴔ ߎ⦃ϔ义ˈݙ᳝ϔ㋏߫pop-up㦰ऩˈ㛑⫼Ѣ䕧ܹऩϾYACⱘഄഔǃ៪ϔϾ䕧ܹऩϾYACৡ⿄ⱘ Џ乬ᷣǃ៪ϔϾ㛑㉬䌈ϔ߫YACഄഔⱘ໻ൟऎඳDŽৢ㗙䗖⫼Ѣᇚ໮ϾYAC⫼Ѣⷨおⱘᯊ׭DŽ೼ 䖭Ͼഄᮍ䕧ܹYAC߫㸼ˈݡՓ⫼“plate_row_column”ᔶᓣˈ䖭䞠ᰃ⫼“_”োߚ行ᵓഫǃᥦ ੠߫䖭ϝ㓈˄བ709_A_1˅ˈгৃ䕧ܹ໮ϾYACഄഔˈ⫼ぎḐ៪carriageಲ䔺䱨ᓔDŽ᧰㋶䖛⿟ ㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅᭄᥂ᑧⱘՓ⫼ 义ⷕˈ8/18 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com