利用蛋白质序列的预测方法 页码,8 bLOSUM 62 ALI GN 50 INDEL 10 Z SCORE 7.0 SEO KI GLFYGTOTGVTQTIAESI OQEFGGESIVDLNDI ANADASDLNAYDYLI I GCPTWNVGELOSDWEGIY DDLDSVNFOGEKVAYFGAGDOVGYSDNFQDAMGI LEEKI SSLGSQTVGYWPI EGYDFNESKAVRNNOFVG Al DEdNOPDLTKNRI KTWVSQLKSEFGL END 关键词 SEQUENCE提示服务器有一个单序列被提交上来。TTLE行允许包含关于输入序列的一些 评语,并会在返回结果中出现。BL0SUM62命令指示 SSPRED在作比对打分时使用该矩阵。PAM 矩阵和BL0SM矩阵都是可以选用的,而缺省的设置是PAM120。NDEL10是空位罚分值。用户 可以不管这一行而让 SSPRED基于所用的打分矩阵预测合适的缺省值。降低 I NDEL值使空位插入 提高或降低BLIZ搜索的敏感度。最后,序列要加上特定起始关键字SEQ和结束关键字END。 在分析结束后,用户将得到包含一系列输出文件的电子邮件。其中包括在预测中用到的BLTZ 产生的多序列比对的结果,以及最终预测的结果。电子邮件中还包括最初预测结果及过滤后 的结果。前面的序列实例的 SSPRED最终预测结果与其它方法的比较见图11.3 SOPMA 位于法国里昂的CNRS( Centre Nati onal de I a recherche Sci enti fi que)使用独特的方法 进行蛋白质二级结构预测。它不是用一种,而是5种相互独立的方法进行预测,并将结果汇集 整理成 致预测结果”。这5种方法包括: Garnier- Gi brat- Robson(GOR)方法 ( Garnier等,1996)、 Levi n同源预测方法( Levi n等,1986)、双重预测方法( Del eage和 Roux,1987)、作为前面 Predi ctProtei n一部分的PHD方法和CNRS自己的 SOPMA方法 ( Geourj oni和 Del eage,195)。简单的说, SOPMA这种自优化的预测方法建立了已知二级结 构序列的次级数据库,库中的每个蛋白质都经过基于相似性的二级结构预测。然后用次级库 中得到的信息去对査询序列进行二级结构预测 使用这种方法可以将序列本身作为电子邮件提交给 del eageai bcp.fr,用 SOPMA作为邮件主 题,或使用S0PMA的Web界面。各种作为一部分的预测结果以及“一致预测结果”都见图 11.3。 各种方法的比较 根据图11.3,可以明显看出所有的方法在预测二级结构方面完成得相对较好,但都不完美。 选黄素氧还蛋白作为测试的实例是因为它具有相对复杂的结构:它有6个α螺旋和5个β叠 片,属于α邝β折叠类。有一些分配结果在各种方法中是一致的:如各种方法都很好地找到 了β1、β3、β4和α5。但有些方法把某些二级结构单元彻底漏掉了(如 nnpredi ct漏掉了α file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十一章利用蛋白质序列的预测方 2005-1-18BLOSUM 62 ALIGN 50 INDEL 10 Z_SCORE 7.0 SEQ AKIGLFYGTQTGVTQTIAESIQQEFGGESIVDLNDIANADASDLNAYDYLIIGCPTWNVGELQSDWEGIY DDLDSVNFQGEKVAYFGAGDQVGYSDNFQDAMGILEEKISSLGSQTVGYWPIEGYDFNESKAVRNNQFVG LAIDEDNQPDLTKNRIKTWVSQLKSEFGL END ݇䬂䆡SEQUENCEᦤ⼎᳡ࡵ఼᳝ϔϾऩᑣ߫㹿ᦤѸϞᴹDŽTITLE㸠ܕ䆌ࣙ݇৿Ѣ䕧ܹᑣ߫ⱘϔѯ 䆘䇁ˈᑊӮ೼䖨ಲ㒧ᵰЁߎ⦃DŽBLOSUM 62ੑҸᣛ⼎SSPRED೼԰↨ᇍᠧߚᯊՓ⫼䆹ⶽ䰉DŽPAM ⶽ䰉੠BLOSUMⶽ䰉䛑ᰃৃҹ䗝⫼ⱘˈ㗠㔎ⳕⱘ䆒㕂ᰃPAM 120DŽINDEL 10ᰃぎԡ㔮ߚؐDŽ⫼᠋ ৃҹϡㅵ䖭ϔ㸠㗠䅽SSPRED෎Ѣ᠔⫼ⱘᠧߚⶽ䰉乘⌟ড়䗖ⱘ㔎ⳕؐDŽ䰡ԢINDELؐՓぎԡᦦܹ ᳈ৃ᥹ফDŽALIGN 50ᣛ⼎᳡ࡵ⫼఼50Ͼ᳔Շ↨ᇍ䖯㸠Ѡ㑻㒧ᵘ乘⌟DŽZ_SCORE 7.0㸠ܕ䆌⫼᠋ ᦤ催៪䰡ԢBLITZ᧰㋶ⱘᬣᛳᑺDŽ᳔ৢˈᑣ߫㽕ࡴϞ⡍ᅮ䍋ྟ݇䬂ᄫSEQ੠㒧ᴳ݇䬂ᄫENDDŽ ೼ߚᵤ㒧ᴳৢˈ⫼᠋ᇚᕫࣙࠄ৿ϔ㋏߫䕧ߎ᭛ӊⱘ⬉ᄤ䚂ӊDŽ݊Ёࣙᣀ೼乘⌟Ё⫼ࠄⱘBLITZ ѻ⫳ⱘ໮ᑣ߫↨ᇍⱘ㒧ᵰˈҹঞ᳔㒜乘⌟ⱘ㒧ᵰDŽ⬉ᄤ䚂ӊЁ䖬ࣙᣀ᳔߱乘⌟㒧ᵰঞ䖛Ⓒৢ ⱘ㒧ᵰDŽࠡ䴶ⱘᑣ߫ᅲ՟ⱘSSPRED᳔㒜乘⌟㒧ᵰϢ݊ᅗᮍ⊩ⱘ↨䕗㾕೒11.3DŽ SOPMA ԡѢ⊩೑䞠ᯖⱘCNRS˄Centre National de la Recherche Scientifique˅Փ⫼⣀⡍ⱘᮍ⊩ 䖯㸠㲟ⱑ䋼Ѡ㑻㒧ᵘ乘⌟DŽᅗϡᰃ⫼ϔ⾡ˈ㗠ᰃ⾡ⳌѦ⣀ゟⱘᮍ⊩䖯㸠乘⌟ˈᑊᇚ㒧ᵰ∛䲚 ᭈ⧚៤ϔϾĀϔ㟈乘⌟㒧ᵰāDŽ䖭⾡ᮍ⊩ࣙᣀ˖Garnier-Gibrat-Robson˄GOR˅ᮍ⊩ ˄Garnierㄝˈ1996˅ǃLevinৠ⑤乘⌟ᮍ⊩˄Levinㄝˈ1986˅ǃঠ䞡乘⌟ᮍ⊩˄Deléage੠ Rouxˈ1987˅ǃ԰Ўࠡ䴶PredictProteinϔ䚼ߚⱘPHDᮍ⊩੠CNRS㞾ᏅⱘSOPMAᮍ⊩ ˄Geourjon੠Déleageˈ1995˅DŽㅔऩⱘ䇈ˈSOPMA䖭⾡㞾Ӭ࣪ⱘ乘⌟ᮍ⊩ᓎゟњᏆⶹѠ㑻㒧 ᵘᑣ߫ⱘ⃵㑻᭄᥂ᑧˈᑧЁⱘ↣Ͼ㲟ⱑ䋼䛑㒣䖛෎ѢⳌԐᗻⱘѠ㑻㒧ᵘ乘⌟DŽ✊ৢ⫼⃵㑻ᑧ Ёᕫࠄⱘֵᙃএᇍᶹ䆶ᑣ߫䖯㸠Ѡ㑻㒧ᵘ乘⌟DŽ Փ⫼䖭⾡ᮍ⊩ৃҹᇚᑣ߫ᴀ䑿԰Ў⬉ᄤ䚂ӊᦤѸ㒭deleage@ibcp.frˈ⫼SOPMA԰Ў䚂ӊЏ 乬ˈ៪Փ⫼SOPMAⱘWeb⬠䴶DŽ৘⾡԰Ўϔ䚼ߚⱘ乘⌟㒧ᵰҹঞĀϔ㟈乘⌟㒧ᵰā䛑㾕೒ 11.3DŽ ৘⾡ᮍ⊩ⱘ↨䕗 ḍ᥂೒11.3ˈৃҹᯢᰒⳟߎ᠔᳝ⱘᮍ⊩೼乘⌟Ѡ㑻㒧ᵘᮍ䴶ᅠ៤ᕫⳌᇍ䕗དˈԚ䛑ϡᅠ㕢DŽ 䗝咘㋴⇻䖬㲟ⱑ԰Ў⌟䆩ⱘᅲ՟ᰃ಴Ўᅗ݋᳝Ⳍᇍ໡ᴖⱘ㒧ᵘ˖ᅗ᳝ϾD 㶎ᮟ੠ϾE ঴ ⠛ˈሲѢD /E ᡬ঴㉏DŽ᳝ϔѯߚ䜡㒧ᵰ೼৘⾡ᮍ⊩Ёᰃϔ㟈ⱘ˖བ৘⾡ᮍ⊩䛑ᕜདഄᡒࠄ њE 1ǃE 3ǃE 4੠D 5DŽԚ᳝ѯᮍ⊩ᡞᶤѯѠ㑻㒧ᵘऩܗᕏᑩⓣᥝњ˄བnnpredictⓣᥝњD ㄀कϔゴ߽⫼㲟ⱑ䋼ᑣ߫ⱘ乘⌟ᮍ⊩ 义ⷕˈ8/20 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϔゴ߽⫼㲟ⱑ䋼ᑣ߫ⱘ乘⌟ᮍ... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com