咐录词汇表 页码,3/ 间的同源基因称为直向同源。参见“ homol ogous"和“ paral ogs”。 PAM matrix:PAM( percent accepted mutati on:默认突变几率)和BL0SUM( bl ocks substi tuti on matrⅰκ:大块替换矩阵)是定义210种可能的氨基酸替换分数的矩阵。这些 分数是通过对数据库中的序列进行比对,计算其替换频率而经验性地获得的,它通常反应了 定的物理化学性质。例如,亮氨酸和异亮氨酸具有相似的亲水性和大小,它们之间的替换 分数就比亮氨酸与谷氨酸之间的替换分数要高。 paral ogs/ paral ogous(共生同源):两个物种A和B的同源基因,分别是共同祖先基因组中 由复制事件而产生的不同拷贝的后代,这被称为共生同源基因。参见“ homol ogous"和 ortho ogs"。 phyl ogenetic studies(系统发生研究):在 Sequin中,指不同物种之间个体的一组相同的 基因,假设这些个体不能相互杂交。 Sequin不允许输入一个单独的生物名称,除非此生物已 在 Defi ni ti on行中编码。实际上,它代表了设定正确的遗传编码的控制方式。 pl atform(平台) 恰当地说,操作系统在计算机上运行应用软件(例如UNX或 Wi ndows95)。而平台通常指计算机的类型,例如 Maci tosh或者PC兼容机 popul ati on studies(种群研究):在 Sequi n中,指同一种群内个体间相同基因的一个序列 集,假设这些个体可以相互杂交。 Sequi n允许输入单独的生物名称,但为了程序正确运行, 还必须为每个序列提供一些用以区分序列来源的信息,例如“ strain"," cl one”或者 i sol ate"。 protei n name(蛋白质名称):在序列记录中,表明蛋白质特征的域。 protei n descri ption(蛋白质描述):在序列记录中,当蛋白质名称未知时就必须使用蛋 白质描述。 server(服务器) 台处理远端客户机发来的请求的计算机。 site(位点):在氨基酸或核苷酸序列比对中的一列残基。在同一位点上的残基被认为是同 源的。 spam:向新闻组或者大量电子邮件用户发送与他们无关的或者根本不感兴趣的邮件广播。类 似于发送垃圾邮件 STS( Sequenced tagged si te:测序标签位点):在实验过程中,STS是可作为PCR引物对的 单拷贝序列,用以在作图过程中在基因组上标定一个单独的位置。数据库中的这个部分也包 含了不同的STS位点,这有利于将STS与数据库中其他部分的数据进行比较,找到未知序列与 已知基因的联系。参考htp://ww.ncbi.nm.nih.gov/ dusts/可以获得更多的信息 Tel net:一种因特网协议或应用程序,可以让用户连接并使用远端的计算机,就好象他物理 上在直接操作这台计算机硬件一样。 URL( Uni form resource locator:统一资源定位符):在使用因特网浏览器时,URL表示正 在访问的站点类型(FTP, Gopher或Web),以及这个站点的位置。参阅表1.2 user(用户):指正在使用客户机-服务器或者其他类型软件的这个人。 Worl d wi de web(万维网):一个文档发布系统,可以处理各种非文字的介质 file://E:\wcb\生物信息学(中译本)\附录词汇表.htm 2005-1-18䯈ⱘৠ⑤෎಴⿄ЎⳈ৥ৠ⑤DŽখ㾕“homologous”੠“paralogs”DŽ PAM matrix˖ PAM˄percent accepted mutation˖咬䅸さব޴੠˅⥛BLOSUM˄blocks substitution matrix˖໻ഫ᳓ᤶⶽ䰉˅ᰃᅮНˎˍˌ⾡ৃ㛑ⱘ⇼෎䝌᳓ᤶߚ᭄ⱘⶽ䰉DŽ䖭ѯ ߚ᭄ᰃ䗮䖛ᇍ᭄᥂ᑧЁⱘᑣ߫䖯㸠↨ᇍˈ䅵ㅫ݊᳓ᤶ乥⥛㗠㒣偠ᗻഄ㦋ᕫⱘˈᅗ䗮ᐌডᑨњ ϔᅮⱘ⠽⧚࣪ᄺᗻ䋼DŽ՟བˈ҂⇼䝌੠ᓖ҂⇼䝌݋᳝ⳌԐⱘ҆∈ᗻ੠໻ᇣˈᅗӀП䯈ⱘ᳓ᤶ ߚ᭄ህ↨҂⇼䝌Ϣ䈋⇼䝌П䯈ⱘ᳓ᤶߚ᭄㽕催DŽ paralogs/paralogous˄݅⫳ৠ⑤˅˖ ϸϾ⠽⾡$੠%ⱘৠ⑤෎಴ˈ߿ߚᰃ݅ৠ⼪ܜ಴෎㒘Ё ⬅໡ࠊџӊ㗠ѻ⫳ⱘϡৠᣋ䋱ⱘৢҷˈ䖭㹿⿄Ў݅⫳ৠ⑤෎಴DŽখ㾕“homologous”੠ “orthologs”DŽ phylogenetic studies˄㋏㒳থ⫳ⷨお˅˖೼SequinЁˈᣛϡৠ⠽⾡П䯈Ͼԧⱘϔ㒘Ⳍৠⱘ ෎಴ˈ؛䆒䖭ѯϾԧϡ㛑ⳌѦᴖѸDŽSequinϡܕ䆌䕧ܹϔϾऩ⣀ⱘ⫳⠽ৡ⿄ˈ䰸䴲ℸ⫳⠽Ꮖ ೼Definition㸠Ё㓪ⷕDŽᅲ䰙Ϟˈᅗҷ㸼њ䆒ᅮℷ⹂ⱘ䘫Ӵ㓪ⷕⱘ᥻ࠊᮍᓣDŽ platform˄ᑇৄ˅˖ ᙄᔧഄ䇈ˈ᪡԰㋏㒳೼䅵ㅫᴎϞ䖤㸠ᑨ⫼䕃ӊ˄՟བUNIX៪ Windows95˅DŽ㗠ᑇৄ䗮ᐌᣛ䅵ㅫᴎⱘ㉏ൟˈ՟བMacintosh៪㗙PCݐᆍᴎDŽ population studies˄⾡㕸ⷨお˅˖೼SequinЁˈᣛৠϔ⾡㕸ݙϾԧ䯈Ⳍৠ෎಴ⱘϔϾᑣ߫ 䲚ˈ؛䆒䖭ѯϾԧৃҹⳌѦᴖѸDŽSequinܕ䆌䕧ܹऩ⣀ⱘ⫳⠽ৡ⿄ˈԚЎњ⿟ᑣℷ⹂䖤㸠ˈ 䖬ᖙ乏Ў↣Ͼᑣ߫ᦤկϔѯ⫼ҹऎߚᑣ߫ᴹ⑤ⱘֵᙃˈ՟བ“strain”ˈ“clone”៪㗙 “isolate”DŽ protein name˄㲟ⱑ䋼ৡ⿄˅˖೼ᑣ߫䆄ᔩЁˈ㸼ᯢ㲟ⱑ䋼⡍ᕕⱘඳDŽ protein description˄㲟ⱑ䋼ᦣ䗄˅˖ ೼ᑣ߫䆄ᔩЁˈᔧ㲟ⱑ䋼ৡ⿄᳾ⶹᯊህᖙ乏Փ⫼㲟 ⱑ䋼ᦣ䗄DŽ server˄᳡ࡵ˖˅఼ϔৄ໘⧚䖰ッᅶ᠋ᴎথᴹⱘ䇋∖ⱘ䅵ㅫᴎDŽ site˄ԡ⚍˅˖೼⇼෎䝌៪Ḍ㣋䝌ᑣ߫↨ᇍЁⱘϔ߫⅟෎DŽ೼ৠϔԡ⚍Ϟⱘ⅟෎㹿䅸Ўᰃৠ ⑤ⱘDŽ spam˖৥ᮄ䯏㒘៪㗙໻䞣⬉ᄤ䚂ӊ⫼᠋থ䗕ϢҪӀ᮴݇ⱘ៪㗙ḍᴀϡᛳ݈䍷ⱘ䚂ӊᑓ᪁DŽ㉏ ԐѢথ䗕ൗഒ䚂ӊDŽ STS˄Sequenced tagged site˖⌟ᑣᷛㅒԡ⚍˅˖೼ᅲ偠䖛⿟ЁˈSTSᰃৃ԰ЎPCRᓩ⠽ᇍⱘ ऩᣋ䋱ᑣ߫ˈ⫼ҹ೼԰೒䖛⿟Ё೼෎಴㒘ϞᷛᅮϔϾऩ⣀ⱘԡ㕂DŽ᭄᥂ᑧЁⱘ䖭Ͼ䚼ߚгࣙ ৿њϡৠⱘSTSԡ⚍ˈ䖭᳝߽ѢᇚSTSϢ᭄᥂ᑧЁ݊Ҫ䚼ߚⱘ᭄᥂䖯㸠↨䕗ˈᡒࠄ᳾ⶹᑣ߫Ϣ Ꮖⶹ෎಴ⱘ㘨㋏DŽখ㗗http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/ ৃҹ㦋ᕫ᳈໮ⱘֵᙃDŽ Telnet˖ϔ⾡಴⡍㔥ण䆂៪ᑨ⫼⿟ᑣˈৃҹ䅽⫼᠋䖲᥹ᑊՓ⫼䖰ッⱘ䅵ㅫᴎˈህད䈵Ҫ⠽⧚ Ϟ೼Ⳉ᥹᪡԰䖭ৄ䅵ㅫᴎ⹀ӊϔḋDŽ URL˄Uniform resource locator˖㒳ϔ䌘⑤ᅮԡヺ˅˖೼Փ⫼಴⡍㔥⌣㾜఼ᯊˈURL㸼⼎ℷ ೼䆓䯂ⱘキ⚍㉏ൟ˄FTPˈGopher៪Web˅ˈҹঞ䖭Ͼキ⚍ⱘԡ㕂DŽখ䯙㸼1.2DŽ user˄⫼᠋˅˖ᣛℷ೼Փ⫼ᅶ᠋ᴎ᳡ࡵ៪఼㗙݊Ҫ㉏ൟ䕃ӊⱘ䖭ϾҎDŽ World Wide Web˄ϛ㓈㔥˅˖ϔϾ᭛ḷথᏗ㋏㒳ˈৃҹ໘⧚৘⾡䴲᭛ᄫⱘҟ䋼DŽ 䰘ᔩ䆡∛㸼 义ⷕˈ3/4 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?䰘ᔩ䆡∛㸼.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com