实际使用的限制: 实际上,分子动力学模拟方法和随机模拟方法一样都面临着两个基本限制:一个是有限观测时间 的限制;另一个是有限系统大小的限制。通常人们感兴趣的是体系在热力学极限下(即粒子数目趋于 无穷时)的性质。但是计算机模拟允许的体系大小要比热力学极限小得多,因此可能会出现有限尺寸 效应。为了减小有限尺寸效应,人们往往引入周期性、全反射、漫反射等边界条件。当然边界条件的 引入显然会影响体系的某些性质。 数值求解时的离散化方法: 对体系的分子运动方程组采用计算机进行数值求解时,需要将运动方程离散化为有限差分方程(参见 第四章)。常用的求解方法有欧拉法、龙格-库塔法、辛普生法等(参见附录D。数值计算的误差阶 数显然取决于所采用的数值求解方法的近似阶数。原则上,只要计算机计算速度足够大,内存足够多, 我们可以使计算误差足够小实际使用的限制： 实际上，分子动力学模拟方法和随机模拟方法一样都面临着两个基本限制：一个是有限观测时间 的限制；另一个是有限系统大小的限制。通常人们感兴趣的是体系在热力学极限下（即粒子数目趋于 无穷时）的性质。但是计算机模拟允许的体系大小要比热力学极限小得多，因此可能会出现有限尺寸 效应。为了减小有限尺寸效应，人们往往引入周期性、全反射、漫反射等边界条件。当然边界条件的 引入显然会影响体系的某些性质。 数值求解时的离散化方法： 对体系的分子运动方程组采用计算机进行数值求解时，需要将运动方程离散化为有限差分方程(参见 第四章)。常用的求解方法有欧拉法、龙格-库塔法、辛普生法等（参见附录 D）。数值计算的误差阶 数显然取决于所采用的数值求解方法的近似阶数。原则上，只要计算机计算速度足够大，内存足够多， 我们可以使计算误差足够小