第三章结构数据库 页码,9/10 维结构程序软件中被普遍使用的命令行语言。在 Massachusetts大学由 Eric martz维护的 RasMol主页中可获得 RasMol图像显示, RasMol指南,源代码和基于用户的邮件支持列表等 RasMol操作服务 些对学术界用户免费的新软件程序日益通用,这些软件程序是基于 RasMol软件驱动三维透 视图算法和零星的PDB语法分析的,其中包括MDL公司提供的嵌入到 Netscape中的 Chi me软 件。由 Di rk Wal ther开发的 Java Appl et程序 WebMol是表面上借助 RasMol类型透视图,基于 Java的三维结构浏览器,如图3.3示。 WebMol软件已证明目前在大多数PC机和工作站上使用的 Java字节编码的编译器不足以快速地完成超过200个残基的 RasMol类型软件驱动三维透视图的 显示。这限制了 Webmol的适用对象只是小型结构和分子的实际化学键模型 MDB浏览器:Cn3D Cn3D是一种新的三维结构浏览器,用于浏览MMDB数据记录。由于MMDB数据记录克服了一些PDB 条目数据化学图像模棱两可的缺点,并且所有的键信息是“显性的”,所以Cn3D具有可靠地 显示三维数据库结构的能力,而不需要语法分析,校验和PDB文件读入程序的例外情况处理等 环节。Cn3默认的结构图像更具有资料存储与显示处理的能力,因为它不会受数据错误表达 的影响。但因为Cn3D依靠MDB中ASN.1记录的完整化学图像信息,所以它目前尚不能读入PDB 文件。 Cn3提供了一套“控制面板”,可以在三维图像的一侧隐藏或显现。例如,在三维图像顶端 显现的 Vi ewer Control面板,具有一套看起来象磁带录制机控制键的图像动画控制键,用于 逐个显示NR获得的多个结构“集合总体“或ⅥAST相似性关系图像中的重叠结构。“G0″键使 图像形成动画,当图像以动画形式显示时。用户可以旋转或放缩结构。发行前景被看好的 Cn3D2.0将具有完整的状态存储能力,使结构彩色化描述,以ASN.1结构记录形式存储信息和 手工编制PDB文件或手写文本更新成为可能。这些信息可以被不同工作平台的用户共享 其它三维浏览器:Mage、CAD和VRML 各类文件格式已被用于表示缺少化学细节的数据表达的三维生物高聚物结构数据。普通的浏 览器,例如那些用于处理“宏观”数据的工程软件或虚拟现实浏览器,可用于浏览这些文件 格式。“ Protei n Sci ence”杂志出版了这样一个通用文件格式: Ki demage( Ri chardon和 Ri chardon,1992,1994)。这是第一个被广泛运用的分子结构软件,在因特网和WwW网出现 之前,是个人计算机用户的通用软件。象 Ki demage和VRM这样的文件格式包括三维图像显示 信息,而几乎没有关于基本分子化学图像的信息。并且,在这样的文件中编码各类描述文件 是困难的。分子填充模型、金属框架模型和球棒模型等各自需要单独的RM文件,因为在文 件中必须包括每一个图像物体(圆柱体、线、球体)的明确列表 生物分子三维结构数据库记录目前与例如基于CAD软件的那些“宏观”软件工具是不兼容的, 计算机辅助设计软件技术是成熟并且具有鲁棒性的,一般优于可利用的分子结构软件。但CAD 软件和文件格式由于缺少某种用于蛋白质结构细节观察的“专门“视角和分析功能,而不能 在分子研究领域中完全适用。 查找出版的结构 作为几乎所有结构�功能信息的基础,结构是真正有价值的数据,以至于一些结构科学家 不情愿将他们的数据移交给公共数据库。过去,一些杂志没有要求立刻将结构提交给 Brookhaven Protei n data bank。由于作者从未扰乱或从未选择不将他们的数据提交给公共 数据库,而导致了“不合法”的结构的增加,这种情况往往是由于用于确定结构的准则的某 部分具有多种可能性造成的。随着新的成功的折叠识别技术(如 thread ng)的出现,结构 的‘ho/ dlng back"导致发现机会的丧失。新的计算方法依靠完整的三维结构数据库。 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第三章结构数据库.htm 2005-1-18㒳ϝ㓈㒧ᵘ⿟ᑣ䕃ӊЁ㹿᱂䘡Փ⫼ⱘੑҸ㸠䇁㿔DŽ೼Massachusetts໻ᄺ⬅Eric Martz㓈ᡸⱘ RasMolЏ义Ёৃ㦋ᕫRasMol೒ڣᰒ⼎ˈRasMolᣛफˈ⑤ҷⷕ੠෎Ѣ⫼᠋ⱘ䚂ӊᬃᣕ߫㸼ㄝ RasMol᪡԰᳡ࡵDŽ ϔѯᇍᄺᴃ⬠⫼᠋ܡ䌍ⱘᮄ䕃ӊ⿟ᑣ᮹Ⲟ䗮⫼ˈ䖭ѯ䕃ӊ⿟ᑣᰃ෎ѢRasMol䕃ӊ偅ࡼϝ㓈䗣 㾚೒ㅫ⊩੠䳊᯳ⱘPDB䇁⊩ߚᵤⱘˈ݊ЁࣙᣀMDLL݀ৌᦤկⱘጠܹࠄNetscapeЁⱘChime䕃 ӊDŽ⬅Dirk WaltherᓔথⱘJava Applet⿟ᑣWebMolᰃ㸼䴶Ϟࡽ׳RasMol㉏ൟ䗣㾚೒ˈ෎Ѣ Javaⱘϝ㓈㒧ᵘ⌣㾜఼ˈབ೒3.3⼎DŽWebMol䕃ӊᏆ䆕ᯢⳂࠡ೼໻໮᭄PCᴎ੠Ꮉ԰キϞՓ⫼ⱘ Javaᄫ㡖㓪ⷕⱘ㓪䆥఼ϡ䎇ҹᖿ䗳ഄᅠ៤䍙䖛200Ͼ⅟෎ⱘRasMol㉏ൟ䕃ӊ偅ࡼϝ㓈䗣㾚೒ⱘ ᰒ⼎DŽ䖭䰤ࠊњWebMolⱘ䗖⫼ᇍ䈵াᰃᇣൟ㒧ᵘ੠ߚᄤⱘᅲ䰙࣪ᄺ䬂῵ൟDŽ z MMDB⌣㾜఼˖Cn3D Cn3Dᰃϔ⾡ᮄⱘϝ㓈㒧ᵘ⌣㾜఼ˈ⫼Ѣ⌣㾜MMDB᭄᥂䆄ᔩDŽ⬅ѢMMDB᭄᥂䆄ᔩܟ᳡њϔѯPDB ᴵⳂ᭄᥂࣪ᄺ೒ڣ῵ễϸৃⱘ㔎⚍ˈᑊϨ᠔᳝ⱘ䬂ֵᙃᰃĀᰒᗻⱘāˈ᠔ҹCn3D݋ৃ᳝䴴ഄ ᰒ⼎ϝ㓈᭄᥂ᑧ㒧ᵘⱘ㛑࡯ˈ㗠ϡ䳔㽕䇁⊩ߚᵤˈ᷵偠੠PDB᭛ӊ䇏ܹ⿟ᑣⱘ՟໪ᚙމ໘⧚ㄝ ⦃㡖DŽCn3D咬䅸ⱘ㒧ᵘ೒ڣ᳈݋᳝䌘᭭ᄬټϢᰒ⼎໘⧚ⱘ㛑࡯಴ˈЎᅗϡӮফ᭄᥂䫭䇃㸼䖒 ⱘᕅડDŽԚ಴ЎCn3Dձ䴴MMDBЁASN.1䆄ᔩⱘᅠᭈ࣪ᄺ೒ڣֵᙃˈ᠔ҹᅗⳂࠡᇮϡ㛑䇏ܹPDB ᭛ӊDŽ Cn3Dᦤկњϔ༫Ā᥻ࠊ䴶ᵓāˈৃҹ೼ϝ㓈೒ڣⱘϔջ䱤㮣៪ᰒ⦄DŽ՟བˈ೼ϝ㓈೒ڣ乊ッ ᰒ⦄ⱘViewer Control䴶ᵓˈ݋᳝ϔ༫ⳟ䍋ᴹ䈵⺕ᏺᔩࠊᴎ᥻ࠊ䬂ⱘ೒ࡼڣ᥻⬏ࠊ䬂ˈ⫼Ѣ 䗤Ͼᰒ⼎NMR㦋ᕫⱘ໮Ͼ㒧ᵘĀ䲚ড়ᘏԧĀ៪VASTⳌԐᗻ݇㋏೒ڣЁⱘ䞡঴㒧ᵘDŽ“GO”䬂Փ ೒ڣᔶ៤ࡼˈ⬏ᔧ೒ڣҹࡼ⬏ᔶᓣᰒ⼎ᯊDŽ⫼᠋ৃҹᮟ䕀៪ᬒ㓽㒧ᵘDŽথ㸠ࠡ᱃㹿ⳟདⱘ Cn3D 2.0ᇚ݋᳝ᅠᭈⱘ⢊ᗕᄬټ㛑࡯ˈՓ㒧ᵘᔽ㡆࣪ᦣ䗄ˈҹASN.1㒧ᵘ䆄ᔩᔶᓣᄬټֵᙃ੠ ᠟Ꮉ㓪ࠊPDB᭛ӊ៪᠟ݭ᭛ᴀ᳈ᮄ៤Ўৃ㛑DŽ䖭ѯֵᙃৃҹ㹿ϡৠᎹ԰ᑇৄⱘ⫼᠋݅ѿDŽ z ݊ᅗϝ㓈⌣㾜఼˖MageǃCAD੠VRML ৘㉏᭛ӊḐᓣᏆ㹿⫼Ѣ㸼⼎㔎ᇥ࣪ᄺ㒚㡖ⱘ᭄᥂㸼䖒ⱘϝ㓈⫳⠽催㘮⠽㒧ᵘ᭄᥂DŽ᱂䗮ⱘ⌣ 㾜఼ˈ՟བ䙷ѯ⫼Ѣ໘⧚Āᅣ㾖ā᭄᥂ⱘᎹ⿟䕃ӊ៪㰮ᢳ⦄ᅲ⌣㾜఼ˈৃ⫼Ѣ⌣㾜䖭ѯ᭛ӊ ḐᓣDŽ“Protein Science”ᴖᖫߎ⠜њ䖭ḋϔϾ䗮⫼᭛ӊḐᓣ˖Kinemage˄Richardson੠ Richardsonˈ1992ˈ1994˅DŽ䖭ᰃ㄀ϔϾ㹿ᑓ⊯䖤⫼ⱘߚᄤ㒧ᵘ䕃ӊˈ೼಴⡍㔥੠WWW㔥ߎ⦃ ПࠡˈᰃϾҎ䅵ㅫᴎ⫼᠋ⱘ䗮⫼䕃ӊDŽ䈵Kinemage੠VRML䖭ḋⱘ᭛ӊḐᓣࣙᣀϝ㓈೒ڣᰒ⼎ ֵᙃˈ㗠޴Т≵᳝݇Ѣ෎ᴀߚᄤ࣪ᄺ೒ڣⱘֵᙃDŽᑊϨˈ೼䖭ḋⱘ᭛ӊЁ㓪ⷕ৘㉏ᦣ䗄᭛ӊ ᰃೄ䲒ⱘDŽߚᄤ฿ܙൟ῵ǃ䞥ሲḚᶊ῵ൟ੠⧗Ầ῵ൟㄝ৘㞾䳔㽕ऩ⣀ⱘVRML᭛ӊˈ಴Ў೼᭛ ӊЁᖙ乏ࣙᣀ↣ϔϾ೒ڣ⠽ԧ˄೚᷅ԧǃ㒓ǃ⧗ԧ˅ⱘᯢ⹂߫㸼DŽ ⫳⠽ߚᄤϝ㓈㒧ᵘ᭄᥂ᑧ䆄ᔩⳂࠡϢ՟བ෎ѢCAD䕃ӊⱘ䙷ѯĀᅣ㾖ā䕃ӊᎹ݋ᰃϡݐᆍⱘˈ 䅵ㅫᴎ䕙ࡽ䆒䅵䕃ӊᡔᴃᰃ៤❳ᑊϨ݋᳝剕Ầᗻⱘˈϔ㠀ӬѢৃ߽⫼ⱘߚᄤ㒧ᵘ䕃ӊDŽԚCAD 䕃ӊ੠᭛ӊḐᓣ⬅Ѣ㔎ᇥᶤ⾡⫼Ѣ㲟ⱑ䋼㒧ᵘ㒚㡖㾖ᆳⱘĀϧ䮼Ā㾚㾦੠ߚᵤࡳ㛑ˈ㗠ϡ㛑 ೼ߚᄤⷨお乚ඳЁᅠܼ䗖⫼DŽ z ᶹᡒߎ⠜ⱘ㒧ᵘ ԰Ў޴Т᠔᳝㒧ᵘ�ࡳ㛑ֵᙃⱘ෎⸔ˈ㒧ᵘᰃⳳℷ᳝Ӌؐⱘ᭄᥂ˈҹ㟇Ѣϔѯ㒧ᵘ⾥ᄺᆊ ϡᚙᜓᇚҪӀⱘ᭄᥂⿏Ѹ㒭᭄݀݅᥂ᑧDŽ䖛এˈϔѯᴖᖫ≵᳝㽕∖ゟࠏᇚ㒧ᵘᦤѸ㒭 Brookhaven Protein Data BankDŽ⬅Ѣ԰㗙Ң᳾ᡄх៪Ң᳾䗝ᢽϡᇚҪӀⱘ᭄᥂ᦤѸ㒭݀݅ ᭄᥂ᑧˈ㗠ᇐ㟈њĀϡড়⊩āⱘ㒧ᵘⱘ๲ࡴˈ䖭⾡ᚙމᕔᕔᰃ⬅Ѣ⫼Ѣ⹂ᅮ㒧ᵘⱘޚ߭ⱘᶤ ϔ䚼݋ߚৃ辵໮᳝㛑ᗻ䗴៤ⱘDŽ䱣ⴔᮄⱘ៤ࡳⱘᡬ঴䆚߿ᡔᴃ˄བthreading˅ⱘߎ⦃㒧ᵘ ⱘ“holding back”ᇐ㟈থ⦄ᴎӮⱘϻ༅DŽᮄⱘ䅵ㅫᮍ⊩ձ䴴ᅠᭈⱘϝ㓈㒧ᵘ᭄᥂ᑧDŽ ㄀ϝゴ㒧ᵘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ9/10 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ϝゴ㒧ᵘ᭄᥂ᑧ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com