第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 页码,8/1 测的基因。 要査看基因的分值,先点种该基因,然后选Gene-> Sel ected选项。这使基因的各特性高亮成 绿色。选 Show sel ected则显示一个关于各分值的表格。(见表格13.1的例示) 参数的变化可调整基因的预测。菜单选项 Parameter显示了两组变量。 Assembly变量,它们与 从外显子和内涵子中组建基因有关; Genefi nder变量,它们决定着组建外显子的起始点和各 特性的范围。这些参数列于表13.2中。 这些参数可被存储成 Method(方法)项目,可让数据库的管理员设定一套最佳的参数,这可 通过修改一组已知结构的调试基因的参数,直到预测的最大值与调试组相一致为止。在调试 过程中,检测分值的表格有助于决定众多序列中那些更有可能是预测的基因,并有助于参数 的修改。不过实际过程中, Genefi nder的预计序列也会与Fmap列中的有矛盾。Fmap提供 种机制来修改那些有明显不当之处的预测基因。选取(RM) GeneFi nder的一种特性(如,转 译的起始编码,结合位点,或结束编码)可击活带选项的菜单来选定、取消一个特性。用这 些选项,可使一基因被完全确定,或使基因包括或排除某一具体的特性。设定活动区是另 种机制来排除特定区域(以外,中?)的所有 Genefi nder特性;那些排除区域在 Summary Bar (见图13.4)上标记成兰色。作为最后的措施,预测基因可被手动修改,是通过在文本框中 显示temp_gene项目并在从下拉菜单中选取(RM) Update。在这种情况下,建议设定 Ori gi n (见图13.4),以确定一个基本的转译起始编码。编辑后,有必要从下拉菜单(RM点击Fmap 的白色背景)中选取 Recal cul ate来刷新显示。可选 Genefi nder菜单中的选项来在数据库中把 预测基因存储成 Sequence(序列)项目。但是,无论保存还是编辑项目都要写入( wri te access to)到数据库中 表格13.7S.p0 mbe rhp6的6 enefi nder分值 表格13.2 Genef1nder参数 I porting Sequence iMagic Tags Fmap中显示的 mport Sequence选项(RM背景活动窗口)可用来向Fmap输入序列而不用直接 写入到数据库中。但,要分析序列基本上还是需要写入到数据库中,且输入的序列是作为 个aCe文件,如下例所示。 DNA "Myshor tSeq Dna"MyShor tSeq macaca acccacaccacaccacaccacacccacacccacacacaccacacccac acaccacacccacaccaactctctctcatctacctt tactcgcgctgtcacacct tacc ggctttctgaccgaaattaaaaaaaatgaaaatgaaatcctgttctt tagccctacaaca 这个文件创建一个 Sequence(序列)对象和一个DNA对象。选择 Sequence(序列)对象 MyShi rSeq 会在Fmap中既显示 Sequence(序列)对象和又显示DNA对象。虽然,这是一种非常不引人注意的 操作,但非常重要的是要注意到数据库总会知道要创建一个 Sequence(序列)对象,并且核酸 序列必需和 Sequence(序列)对象一道显示。如果序列对象 MyShi rSeq以文本格式显示,则格 式如下: MysShor tSeq DNA MyShor tSeq 180 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十三章 ACEDB一个基因组信息的数..2005-1-18⌟ⱘ෎಴DŽ 㽕ᶹⳟ෎಴ⱘߚˈؐܜ辵⚍䆹෎಴ˈ✊ৢ䗝Gene->Selected䗝乍DŽ䖭Փ෎಴ⱘ৘⡍ᗻ催҂៤ 㓓㡆DŽ䗝Show Selected ߭ᰒ⼎ϔϾ݇Ѣ৘ߚؐⱘ㸼ḐDŽ˄㾕㸼Ḑ13.1ⱘ՟⼎˅ খ᭄ⱘব࣪ৃ䇗ᭈ෎಴ⱘ乘⌟DŽ㦰ऩ䗝乍Parameterᰒ⼎њϸ㒘ব䞣DŽAssemblyব䞣ˈᅗӀϢ Ң໪ᰒᄤ੠ݙ⎉ᄤЁ㒘ᓎ෎಴᳝݇˗GeneFinderব䞣ˈᅗӀއᅮⴔ㒘ᓎ໪ᰒᄤⱘ䍋ྟ⚍੠৘ ⡍ᗻⱘ㣗ೈDŽ䖭ѯখ᭄߫Ѣ㸼13.2ЁDŽ 䖭ѯখ᭄ৃ㹿ᄬټ៤Method˄ᮍ⊩˅乍Ⳃˈৃ䅽᭄᥂ᑧⱘㅵ⧚ਬ䆒ᅮϔ༫᳔Շⱘখ᭄ˈ䖭ৃ 䗮䖛ׂᬍϔ㒘Ꮖⶹ㒧ᵘⱘ䇗䆩෎಴ⱘখ᭄ˈⳈࠄ乘⌟ⱘ᳔໻ؐϢ䇗䆩㒘Ⳍϔ㟈ЎℶDŽ೼䇗䆩 䖛⿟ЁˈẔ⌟ߚؐⱘ㸼Ḑ᳝ࡽѢއᅮӫ໮ᑣ߫Ё䙷ѯ᳈᳝ৃ㛑ᰃ乘⌟ⱘ෎಴ˈᑊ᳝ࡽѢখ᭄ ⱘׂᬍDŽϡ䖛ᅲ䰙䖛⿟ЁˈGeneFinder ⱘ乘䅵ᑣ߫гӮϢFmap ߫Ёⱘ᳝⶯ⳒDŽFmapᦤկϔ ⾡ᴎࠊᴹׂᬍ䙷ѯ᳝ᯢᰒϡᔧП໘ⱘ乘⌟෎಴DŽ䗝প˄RM˅GeneFinderⱘϔ⾡⡍ᗻ˄བˈ䕀 䆥ⱘ䍋ྟ㓪ⷕˈ㒧ড়ԡ⚍ˈ៪㒧ᴳ㓪ⷕ˅ৃߏᏺ⌏䗝乍ⱘ㦰ऩᴹ䗝ᅮǃপ⍜ϔϾ⡍ᗻDŽ⫼䖭 ѯ䗝乍ˈৃՓϔ෎಴㹿ᅠܼ⹂ᅮˈ៪Փ෎಴ࣙᣀ៪ᥦ䰸ᶤϔ݋ԧⱘ⡍ᗻDŽ䆒ᅮ⌏ࡼऎᰃ঺ϔ ⾡ᴎࠊᴹᥦ䰸⡍ᅮऎඳ˄ҹ໪ˈЁ˛˅ⱘ᠔᳝GeneFinder⡍ᗻ˗䙷ѯᥦ䰸ऎඳ೼Summary Bar ˄㾕೒13.4˅Ϟᷛ䆄៤݄㡆DŽ԰Ў᳔ৢⱘ᥾ᮑˈ乘⌟෎಴ৃ㹿᠟ࡼׂᬍˈᰃ䗮䖛೼᭛ᴀḚЁ ᰒ⼎temp_gene乍Ⳃᑊ೼Ңϟᢝ㦰ऩЁ䗝প˄RM˅UpdateDŽ೼䖭⾡ᚙމϟˈᓎ䆂䆒ᅮOrigin ˄㾕೒13.4˅ˈҹ⹂ᅮϔϾ෎ᴀⱘ䕀䆥䍋ྟ㓪ⷕDŽ㓪䕥ৢˈ᳝ᖙ㽕Ңϟᢝ㦰ऩ˄RM ⚍ߏFmap ⱘⱑ㡆㚠᱃˅Ё䗝পRecalculateᴹࠋᮄᰒ⼎DŽৃ䗝GeneFinder㦰ऩЁⱘ䗝乍ᴹ೼᭄᥂ᑧЁᡞ 乘⌟෎಴ᄬټ៤Sequence(ᑣ߫乍ⳂDŽԚᰃˈ᮴䆎ֱᄬ䖬ᰃ㓪䕥乍Ⳃ䛑㽕ݭ)ܹwrite access to)ࠄ᭄᥂ᑧЁDŽ 㸼Ḑ13.1 S.pombe rhp6ⱘGenefinderߚؐ 㸼Ḑ13.2 Genefinderখ᭄ Importing Sequence ੠Magic Tags FmapЁᰒ⼎ⱘImport Sequence䗝乍˄RM 㚠᱃⌏ࡼにষ˅ৃ⫼ᴹ৥Fmap䕧ܹᑣ߫㗠ϡ⫼Ⳉ᥹ ݭܹࠄ᭄᥂ᑧЁDŽԚˈ㽕ߚᵤᑣ߫෎ᴀϞ䖬ᰃ䳔㽕ݭܹࠄ᭄᥂ᑧЁˈϨ䕧ܹⱘᑣ߫ᰃ԰Ўϔ Ͼace᭛ӊˈབϟ՟᠔⼎DŽ Sequence "MysortSeq" DNA "MyShortSeq" Dna "MyShortSeq" cacacacaccacacccacaccacaccacaccacacccacacccacacacaccacacccac acaccacacccacaccaactctctctcatctacctttactcgcgctgtcacaccttaccc ggctttctgaccgaaattaaaaaaaatgaaaatgaaatcctgttctttagccctacaaca 䖭Ͼ᭛ӊ߯ᓎϔϾSequence(ᑣ߫ᇍ䈵੠ϔϾDNAᇍ䈵DŽ䗝ᢽSequence(ᑣ߫ᇍ䈵MyShirSeq Ӯ೼FmapЁ᮶ᰒ⼎Sequence(ᑣ߫ᇍ䈵੠জᰒ⼎DNAᇍ䈵DŽ㱑✊ˈ䖭ᰃϔ⾡䴲ᐌϡᓩҎ⊼ᛣⱘ ᪡԰ˈԚ䴲ᐌ䞡㽕ⱘᰃ㽕⊼ᛣࠄ᭄᥂ᑧᘏӮⶹ䘧㽕߯ᓎϔϾSequence(ᑣ߫ᇍ䈵ˈᑊϨḌ䝌 ᑣ߫ᖙ䳔੠Sequence˄ᑣ߫˅ᇍ䈵ϔ䘧ᰒ⼎DŽབᵰᑣ߫ᇍ䈵MyShirSeqҹ᭛ᴀḐᓣᰒ⼎ˈ߭Ḑ ᓣབϟ˖ MyShortSeq DNA MyShortSeq 180 ㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ8/12 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com