上游充通大兽 “三种方法”和“五个标准”原则 SHANGHAI JIAO TONG UNIVERSITY 三种方法是： ⊕ (1)cDNA克隆和poly(A)+mRNA的表达序列标签(expressed sequence tag,EST)测序； (2)比较基因组分析鉴定保守的编码区； (3)计算机预测高丰度、高表达和进化上保守的蛋白编码基因，但是这种 方法在预测中必然会低估其他基因的数目，比如“非编码RNA(cRNA)基 因”。 五个标准： ①开放阅读框(open reading frame,ORF),通过基因组中大的开 放阅读框的鉴定来发现蛋白编码基因； ②DNA序列特征，运用密码偏爱（codon bias)和剪接位点等特异 序列特征有助于锁定基因，再根据计算机程序即可预测近50%的开 放阅读框和20%的完整基因；“三种方法”和“五个标准”原则 三种方法是： （1）cDNA克隆和poly(A)+mRNA的表达序列标签（expressed sequence tag，EST）测序； （2）比较基因组分析鉴定保守的编码区； （3）计算机预测高丰度、高表达和进化上保守的蛋白编码基因，但是这种 方法在预测中必然会低估其他基因的数目，比如“非编码 RNA（ncRNA）基 因”。 五个标准： ①开放阅读框（open reading frame，ORF），通过基因组中大的开 放阅读框的鉴定来发现蛋白编码基因； ②DNA序列特征，运用密码偏爱（codon bias）和剪接位点等特异 序列特征有助于锁定基因，再根据计算机程序即可预测近50％的开 放阅读框和20％的完整基因；