·710 智能系统学报 第11卷 medicine:a network-based approach to human disease[J]. [10]RUEPP A,WAEGELE B,LECHNER M,et al.CORUM: Nature reviews genetics,2011,12(1):56-68. the comprehensive resource of mammalian protein comple- [2]BADER G D,HOGUE C W V.An automated method for xes-2009[J].Nucleic acids research,2010,38 (S1): finding molecular complexes in large protein interaction net- D497-D501. works[J].BMC bioinformatics,2003,4:2. [11]ZHANG Z Y.Community structure detection in complex [3]ALTAF-UL-AMIN M,SHINBO Y,MIHARA K,et al.De- networks with partial background information J].EPL velopment and implementation of an algorithm for detection europhysics letters),2013,101(4):48005. of protein complexes in large interaction networks[J].BMC [12]ASHBURNER M,BALL C A,BLAKE J A,et al.Gene bioinformatics,2006,7:207. Ontology:tool for the unification of biology[].Nature ge- [4]KENLEY E C,CHO Y R.Detecting protein complexes and netics,2000,25(1）):25-29. functional modules from protein interaction networks:A [13]SCHAEFER C F,ANTHONY K,KRUPA S,et al.PID: graph entropy approach[]].Proteomics,2011,11(19): the pathway interaction database[J].Nucleic acids re- 3835-3844. search,2009,37(S1):D674-D679 [5]MENCHE J,SHARMA A,KITSAK M,et al.Uncovering 作者简介： disease-disease relationships through the incomplete interac- 刘光明.男，1986年生，博士研究 tome[JJ.Science,.2015,347(6224):1257601 生，主要研究方向为复杂网络、数据挖 [6]NEWMAN M E J.Fast algorithm for detecting community 掘、蛋白质功能模块。 structure in networks[J].Physical review e,2004,69(6): 066133. [7]WAGSTAFF K,CARDIE C,ROGERS S,et al.Constrain- ed k-means clustering with background knowledge [C]// 杨柳.女，1980年生，博士研究生 Proceedings of the Eighteenth International Conference on 主要研究方向为机器学习、数据挖掘。 Machine Learning.San Francisco,CA,USA:Morgan Kauf- mann Publishers Inc.,2001:577-584. [8]LEE DD,SEUNG H S.Learning the parts of objects by non-negative matrix factorization J].Nature,1999,401 (6755):788-791 高盼盼，女，1989年生，硕士研究 [9]TURANALP M E,CAN T.Discovering functional interac- 生，主要研究方向为基于药物副作用的 tion patterns in protein-protein interaction networks[J]. 分子机理的研究、数据挖掘。 BMC bioinformatics,2008,9:276.ｍｅｄｉｃｉｎｅ： ａ ｎｅｔｗｏｒｋ⁃ｂａｓｅｄ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｈｕｍａｎ ｄｉｓｅａｓｅ［ Ｊ］． Ｎａｔｕｒｅ ｒｅｖｉｅｗｓ ｇｅｎｅｔｉｃｓ， ２０１１， １２（１）： ５６⁃６８． ［２］ＢＡＤＥＲ Ｇ Ｄ， ＨＯＧＵＥ Ｃ Ｗ Ｖ． Ａｎ ａｕｔｏｍａｔｅｄ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｆｉｎｄｉｎｇ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ ｉｎ ｌａｒｇｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｎｅｔ⁃ ｗｏｒｋｓ［Ｊ］． ＢＭＣ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２００３， ４： ２． ［３］ＡＬＴＡＦ⁃ＵＬ⁃ＡＭＩＮ Ｍ， ＳＨＩＮＢＯ Ｙ， ＭＩＨＡＲＡ Ｋ， ｅｔ ａｌ． Ｄｅ⁃ ｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ａｎｄ ｉｍｐｌｅｍｅｎｔａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ ｉｎ ｌａｒｇｅ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｎｅｔｗｏｒｋｓ［ Ｊ］． ＢＭＣ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２００６， ７： ２０７． ［４］ＫＥＮＬＥＹ Ｅ Ｃ， ＣＨＯ Ｙ Ｒ． Ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｍｏｄｕｌｅｓ ｆｒｏｍ ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｎｅｔｗｏｒｋｓ： Ａ ｇｒａｐｈ ｅｎｔｒｏｐｙ ａｐｐｒｏａｃｈ ［ Ｊ］． Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ， ２０１１， １１ （ １９）： ３８３５⁃３８４４． ［５］ＭＥＮＣＨＥ Ｊ， ＳＨＡＲＭＡ Ａ， ＫＩＴＳＡＫ Ｍ， ｅｔ ａｌ． Ｕｎｃｏｖｅｒｉｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ⁃ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ ｉｎｔｅｒａｃ⁃ ｔｏｍｅ［Ｊ］． Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２０１５， ３４７（６２２４）： １２５７６０１． ［６］ＮＥＷＭＡＮ Ｍ Ｅ Ｊ． Ｆａｓｔ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｉｎ ｎｅｔｗｏｒｋｓ［Ｊ］． Ｐｈｙｓｉｃａｌ ｒｅｖｉｅｗ ｅ， ２００４， ６９（６）： ０６６１３３． ［７］ＷＡＧＳＴＡＦＦ Ｋ， ＣＡＲＤＩＥ Ｃ， ＲＯＧＥＲＳ Ｓ， ｅｔ ａｌ． Ｃｏｎｓｔｒａｉｎ⁃ ｅｄ ｋ⁃ｍｅａｎｓ ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ｗｉｔｈ ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ ［ Ｃ］ ／ ／ Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｉｇｈｔｅｅｎｔｈ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ ｏｎ Ｍａｃｈｉｎｅ Ｌｅａｒｎｉｎｇ． Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ， ＣＡ， ＵＳＡ： Ｍｏｒｇａｎ Ｋａｕｆ⁃ ｍａｎｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ Ｉｎｃ．， ２００１： ５７７⁃５８４． ［８］ＬＥＥ Ｄ Ｄ， ＳＥＵＮＧ Ｈ Ｓ． Ｌｅａｒｎｉｎｇ ｔｈｅ ｐａｒｔｓ ｏｆ ｏｂｊｅｃｔｓ ｂｙ ｎｏｎ⁃ｎｅｇａｔｉｖｅ ｍａｔｒｉｘ ｆａｃｔｏｒｉｚａｔｉｏｎ ［ Ｊ］． Ｎａｔｕｒｅ， １９９９， ４０１ （６７５５）： ７８８⁃７９１． ［９］ＴＵＲＡＮＡＬＰ Ｍ Ｅ， ＣＡＮ Ｔ． Ｄｉｓｃｏｖｅｒｉｎｇ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｉｎｔｅｒａｃ⁃ ｔｉｏｎ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎ⁃ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｎｅｔｗｏｒｋｓ ［ Ｊ ］． ＢＭＣ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２００８， ９： ２７６． ［１０］ＲＵＥＰＰ Ａ， ＷＡＥＧＥＬＥ Ｂ， ＬＥＣＨＮＥＲ Ｍ， ｅｔ ａｌ． ＣＯＲＵＭ： ｔｈｅ ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｏｆ ｍａｍｍａｌｉａｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｍｐｌｅ⁃ ｘｅｓ⁃２００９［ Ｊ］． Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２０１０， ３８ （ Ｓ１）： Ｄ４９７⁃Ｄ５０１． ［１１］ ＺＨＡＮＧ Ｚ Ｙ． Ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｎｅｔｗｏｒｋｓ ｗｉｔｈ ｐａｒｔｉａｌ ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ［ Ｊ ］． ＥＰＬ （ｅｕｒｏｐｈｙｓｉｃｓ ｌｅｔｔｅｒｓ）， ２０１３， １０１（４）： ４８００５． ［１２］ＡＳＨＢＵＲＮＥＲ Ｍ， ＢＡＬＬ Ｃ Ａ， ＢＬＡＫＥ Ｊ Ａ， ｅｔ ａｌ． Ｇｅｎｅ Ｏｎｔｏｌｏｇｙ： ｔｏｏｌ ｆｏｒ ｔｈｅ ｕｎｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｂｉｏｌｏｇｙ［Ｊ］． Ｎａｔｕｒｅ ｇｅ⁃ ｎｅｔｉｃｓ， ２０００， ２５（１）： ２５⁃２９． ［１３］ＳＣＨＡＥＦＥＲ Ｃ Ｆ， ＡＮＴＨＯＮＹ Ｋ， ＫＲＵＰＡ Ｓ， ｅｔ ａｌ． ＰＩＤ： ｔｈｅ ｐａｔｈｗａｙ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｄａｔａｂａｓｅ ［ Ｊ］． Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ ｒｅ⁃ ｓｅａｒｃｈ， ２００９， ３７（Ｓ １）： Ｄ６７４⁃Ｄ６７９． 作者简介： 刘光明，男，１９８６ 年生，博士研究 生，主要研究方向为复杂网络、数据挖 掘、蛋白质功能模块。 杨柳，女，１９８０ 年生，博士研究生， 主要研究方向为机器学习、数据挖掘。 高盼盼，女，１９８９ 年生，硕士研究 生，主要研究方向为基于药物副作用的 分子机理的研究、数据挖掘。 ·７１０· 智 能 系 统 学 报 第 １１ 卷