927综合方法 在实际进行蛋白质二级结构预测时,往往会综合应用各种分析方法和相关数据。综合方 法不仅包括各种预测方法的综合,而且也包括结构实验结果、序列对比结果、蛋白质结构分 类预测结果等信息的综合。 实际应用中最常见的综合方法是同时使用多个软件进行预测,通过分析各个软件的特点 以及各个软件预测结果,最终形成二级结构一致性的预测结果。将序列比对与二级结构预测 相结合也是一种常见的综合方法。 双重预测是另一类综合方法,该方法首先预测蛋白质的结构类型,然后根据不同结构类 型蛋白质的二级结构形成规律预测新蛋白质的二级结构,并根据结构类型解释预测结果。 就像α螺旋和β折叠片的位置可以预测出来一样,其它特定的结构或结构特征,如卷 曲螺旋和跨膜区也可以预测出来。但这类预测的方法没有二级结构预测方法多,主要是由于 这些结构或结构特征的折叠规律尚不十分清楚。尽管如此,若待预测序列在已知结构数据库 中能搜索到相似蛋白,则可以提高预测的准确性 早期人们建立的多种二级结构的预测方法,都是建立在假定蛋白质的二级结构主要是由 局部氨基酸所决定,准确率都不超过65%。随着蛋白质进化信息、长程相互作用信息及全 局信息的加入,蛋白质二级结构预测的准确率有了较大的提高。由于序列信息和结构信息的 不断增长,通过统计得到的蛋白质序列与二级结构关系及规律更加全面,同时也由于预测方 法的不断改进,使得蛋白质二级结构预测的准确率也在不断地提高,预测二级结构的准确率 已经可以达到80%以上。一般认为,如果蛋白质二级结构预测准确率足够高的话,就可以 基本准确地预测一个蛋白质分子的三维空间结构。但目前所取得的成果还难以达到这一目 标。虽然二级结构的预测准确率还不能满足准确推测蛋白质分子三维空间结构的要求,但其 预测结果仍能提供许多有用的结构信息,尤其当蛋白质的结构尚未解出时更是如此。通过对 多种预测结果的综合分析,再结合光谱实验数据,往往可以提高预测的准确度。由于二级结 构预测很好地反映了局域序列片段的结构倾向性,因此在进行全新蛋白质设计时,常根据二 级结构预测结果来设计二级结构单元 928氨基酸残基之间的距离9.2.7 综合方法 在实际进行蛋白质二级结构预测时，往往会综合应用各种分析方法和相关数据。综合方 法不仅包括各种预测方法的综合，而且也包括结构实验结果、序列对比结果、蛋白质结构分 类预测结果等信息的综合。 实际应用中最常见的综合方法是同时使用多个软件进行预测，通过分析各个软件的特点 以及各个软件预测结果，最终形成二级结构一致性的预测结果。将序列比对与二级结构预测 相结合也是一种常见的综合方法。 双重预测是另一类综合方法，该方法首先预测蛋白质的结构类型，然后根据不同结构类 型蛋白质的二级结构形成规律预测新蛋白质的二级结构，并根据结构类型解释预测结果。 就像 α 螺旋和 β 折叠片的位置可以预测出来一样，其它特定的结构或结构特征，如卷 曲螺旋和跨膜区也可以预测出来。但这类预测的方法没有二级结构预测方法多，主要是由于 这些结构或结构特征的折叠规律尚不十分清楚。尽管如此，若待预测序列在已知结构数据库 中能搜索到相似蛋白，则可以提高预测的准确性。 早期人们建立的多种二级结构的预测方法，都是建立在假定蛋白质的二级结构主要是由 局部氨基酸所决定，准确率都不超过 65%。随着蛋白质进化信息、长程相互作用信息及全 局信息的加入，蛋白质二级结构预测的准确率有了较大的提高。由于序列信息和结构信息的 不断增长，通过统计得到的蛋白质序列与二级结构关系及规律更加全面，同时也由于预测方 法的不断改进，使得蛋白质二级结构预测的准确率也在不断地提高，预测二级结构的准确率 已经可以达到 80%以上。一般认为，如果蛋白质二级结构预测准确率足够高的话，就可以 基本准确地预测一个蛋白质分子的三维空间结构。但目前所取得的成果还难以达到这一目 标。虽然二级结构的预测准确率还不能满足准确推测蛋白质分子三维空间结构的要求，但其 预测结果仍能提供许多有用的结构信息，尤其当蛋白质的结构尚未解出时更是如此。通过对 多种预测结果的综合分析，再结合光谱实验数据，往往可以提高预测的准确度。由于二级结 构预测很好地反映了局域序列片段的结构倾向性，因此在进行全新蛋白质设计时，常根据二 级结构预测结果来设计二级结构单元。 9.2.8 氨基酸残基之间的距离