(一)基于证据的基因注释 1、转录物比对 黄瓜基因组使用的转录物数据库有：黄瓜EST 和MRNA(NCBI下载)、甜瓜EST(MELOGEN 数据库)和TIGR植物转录数据库。 cDNA、EST比对软件PASA和AAT-gap2 2、蛋白质比对 蛋白质数据来自UniProt数据库 比对软件：AAT-nap和Genewise（一）基于证据的基因注释 1、转录物比对 黄瓜基因组使用的转录物数据库有：黄瓜EST 和mRNA（NCBI下载）、甜瓜EST（MELOGEN 数据库）和TIGR植物转录数据库。 cDNA、EST比对软件PASA和AAT-gap2 2、蛋白质比对 蛋白质数据来自UniProt数据库 比对软件：AAT-nap和Genewise