山国武获论文在线 165最近形成的 mirNA对植物生长的影响不太明显。此外,他们发现了 mIRNA序列与其靶向基 因模拟序列配对时还需遵循一定的规则,在mRNA上第10和11一个碱基需要被诱捕靶标上 的三个核苷酸分隔,否则将无法起到抑制作用。如图2所示,他们将对应miR172构建的人工 靶向基因模拟序列命名为“MM72”,其中MMⅠ72cs构建过程中的三个核苷酸凸起未将 miRl72第10和第11个位点隔开,结果拟南芥表型无明显改变;MM72构建后利用凸起将 170mR172第10和第11个位点隔开,结果拟南芥表型出现反常现象;MM/72sn构建后只有在 miRNA172第11个位点产生错配,结果拟南芥表型亦无明显变化 MIM172cs M|M172 MIM172sn 3m mR172 mR172 mR172 pos. 10 B 图2在诱捕靶标切割位点需要一个凸起 Fig. 2 Requirement of a bulge at the cleavage site for target mimics 175 他们的研究,为深入研究mRNA的功能提供了重要的研究方法,同时,也为利用生物 信息学方法大规模鉴定植物cIM奠定了理论基础。 23用生物信息学方法大规模鉴定eIM 利用人工靶向基因模拟序列可以研究特定的 miRNA的功能,然而对植物体内的eTM的 l80鉴定却还很少,但已经对mRNA与其eIM的绑定规则有了研究,这为用生物信息学方法在植 物体内大规模鉴定eIM,做下了铺垫。最先对植物体内eTM大规模鉴定的是Meng等,他 们主要对拟南芥TAR10( he Arabidopsis Information Resource, release0)和水稻TGR61 ( The Institute for genome research, release6.1)的转录本进行了鉴定,结果在拟南芥和水稻上 分别找到了300个和260个潜在eIM。他们主要用了如下方法:首先,用 FASTA3程序包中的 l85 Ssearch搜索能够与 miRNA反向互补的cDNA序列,程序包可以在EBI( European Bioinformatics lnst的p网站下载[fp/ p.ebi. ac. uk/pub/software/unix/asta/94,在搜索过程中允许互 补位点有一个较大的凸起;其次,编写perl脚本对 rEssearch获得的序列进一步筛选,遵循如下 规则:(1)在与响应mRNA互补配对的中间区域,必须存在一个3至5个核苷酸的凸起;(2)除 了中间的凸起区域,所有的错配数要小于4,且不允许产生连续两个错配;(3)除中间区域外, 190其他地方不允许产生凸起。能够满足这些筛选标准的cDNA,才能作为候选的eIM。此外, 他们还研究了eIM位点在拟南芥和水稻中的分布情况,结果发现这些位点大部分在UTR区http://www.paper.edu.cn - 6 - 中国科技论文在线 165 最近形成的miRNA对植物生长的影响不太明显。此外，他们发现了miRNA序列与其靶向基 因模拟序列配对时还需遵循一定的规则，在miRNA上第10和11一个碱基需要被诱捕靶标上 的三个核苷酸分隔，否则将无法起到抑制作用。如图2所示，他们将对应miR172构建的人工 靶向基因模拟序列命名为“MIM172”，其中MIM172cs构建过程中的三个核苷酸凸起未将 miR172第10和第11个位点隔开，结果拟南芥表型无明显改变；MIM172构建后利用凸起将 170 miR172第10和第11个位点隔开，结果拟南芥表型出现反常现象；MIM172sn构建后只有在 miRNA172第11个位点产生错配，结果拟南芥表型亦无明显变化。 图2 在诱捕靶标切割位点需要一个凸起[37] Fig. 2 Requirement of a bulge at the cleavage site for target mimics. 175 他们的研究，为深入研究miRNA的功能提供了重要的研究方法，同时，也为利用生物 信息学方法大规模鉴定植物 eTM奠定了理论基础。 2.3 用生物信息学方法大规模鉴定eTM 利用人工靶向基因模拟序列可以研究特定的miRNA的功能，然而对植物体内的eTM的 180 鉴定却还很少,但已经对miRNA与其eTM的绑定规则有了研究，这为用生物信息学方法在植 物体内大规模鉴定eTM，做下了铺垫。最先对植物体内eTM大规模鉴定的是Meng等[38]，他 们主要对拟南芥TAIR 10 (The Arabidopsis Information Resource, release 10) 和水稻TIGR 6.1 (The Institute for Genome Research, release 6.1) 的转录本进行了鉴定，结果在拟南芥和水稻上 分别找到了300个和260个潜在eTM。他们主要用了如下方法：首先，用FASTA3程序包中的 185 Ssearch搜索能够与miRNA反向互补的cDNA序列，程序包可以在EBI(European Bioinformatics Institute)的ftp网站下载[ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/fasta/][39,40],在搜索过程中允许互 补位点有一个较大的凸起；其次，编写perl脚本对Ssearch获得的序列进一步筛选，遵循如下 规则：(1)在与响应miRNA互补配对的中间区域，必须存在一个3至5个核苷酸的凸起；(2)除 了中间的凸起区域，所有的错配数要小于4，且不允许产生连续两个错配；(3)除中间区域外， 190 其他地方不允许产生凸起。能够满足这些筛选标准的cDNA，才能作为候选的eTM。此外， 他们还研究了eTM位点在拟南芥和水稻中的分布情况，结果发现这些位点大部分在UTR区