2》等测序的red5进行比时至参考基国组残特录红,使用DE582轮件对比对体菜进行基回定量和 差异分析。 实验二:转录姐差异基因功能富集分斯 [尖验目的与要求] 1)明确转录恒差并基回功能富果分析的日的: 》拿遵是异基国功能富果分种的原理、流位和所使用的软件、数据库和网站。 [失验内客] 1)采前AWID软件叶是异基国进行注释。包括G0富暴分种、KE0G代带通路分新琴: 2》我到与生物学过征相关的基国和你号通惑: 3》在公共数毫库残文献中线到与晨异基国和关的信岛,龙猛出其在特定生物学过红中的生物学功能 和调控作用, 实验三:蛋白互作PPT分斯 [实验目的与要求】 1》明蛋白一蛋白互作分新的目的: 2》拿灌利用5trig数搭库远行Pp1分新的藻作流程。 [失整内客] 1)利周String数据岸构建PPI月络: 2》明确叩1物理反作和功能反作美型: 3》明味Ppl至作潭:Co-8×pression、Co-occurrenc8等 实散四:Cytoscape及cytoscape应月 [尖脸目的与美求】 1》拿提Cyt0sGp8前于网格分所和可视化基本操作: 2)掌经利用Cytoscape逢行网修分析, [尖验内客] 1》利月Cyto8p8构建network: 2)利周Cytoscape可视化network: 3》利月Cytoscape分折network 2 2 2)将测序的 reads 进行比对至参考基因组或转录组,使用 DEseq2 软件对比对结果进行基因定量和 差异分析。 实验二:转录组差异基因功能富集分析 [实验目的与要求] 1)明确转录组差异基因功能富集分析的目的; 2)掌握差异基因功能富集分析的原理、流程和所使用的软件、数据库和网站。 [实验内容] 1)采用 DAVID 软件对差异基因进行注释,包括 GO 富集分析、KEGG 代谢通路分析等; 2)找到与生物学过程相关的基因和信号通路; 3)在公共数据库或文献中找到与差异基因相关的信息,挖掘出其在特定生物学过程中的生物学功能 和调控作用。 实验三:蛋白互作 PPT 分析 [实验目的与要求] 1)明确蛋白-蛋白互作分析的目的; 2)掌握利用 String 数据库进行 PPI 分析的操作流程。 [实验内容] 1)利用 String 数据库构建 PPI 网络; 2)明确 PPI 物理互作和功能互作类型; 3)明确 PPI 互作源:Co-expression、Co-occurrence 等 实验四:Cytoscape 及 cytoscape 应用 [实验目的与要求] 1)掌握 Cytoscape 用于网络分析和可视化基本操作; 2)掌握利用 Cytoscape 进行网络分析。 [实验内容] 1)利用 Cytoscape 构建 network; 2)利用 Cytoscape 可视化 network; 3)利用 Cytoscape 分析 network