基于距离的系统发生树构建方法的基本思路是:给定一种序列之间距离的度量,在该距 离度量下构建一棵系统发生树,使得该树能够最好地反映已知序列之间的距离。这种方法采 用两两距离,建立一个距离矩阵,如表72所示,根据距离矩阵构造系统发生树。 表6210条核酸序列的距离矩阵 2 6 8 2|00516 055000031 004830.02210.0253 005820.06510.06850.0549 600094004160.0450003840.0549 7|001250.058400619005510.06100157 0.02840.06870.07220.065400754 0.03170.0285 009250.12210.12590.11850.13700.0820007860.0927 100.19210.21830.2228020540.23090.17980.17950.18330.1860 这里的距离代表两条序列之间各位点核苷酸替换数的估计值 821最小二乘法 在很多情况下,这种距离矩阵传达了大部分进化信息。运用前面介绍的序列比较程序, 可以计算出序列之间的距离。但是,在进行序列比较时,应根据比较的对象是DNA序列还 是蛋白质序列,正确选用不同的打分矩阵。 为了便于分析,首先定义一种连续加和距离函数,在该函数下,两个分类单元之间的距 离与系统发生树中连接这两个分类单元的分支总长度成正比。这样,如果分类单元a和分类 单元b由经过中间节点v的两条边相连,两条边的长度分别为da和d,则它们之间的距离 为dn+dh。这样,可以在系统发生树中确定a和b的相对位置。进一步,假设三个分类单 元之间的距离分别为d、d、de,如果分类单元a和分类单元b由经过中间节点v的两条边 相连,再经过节点u与分类单元c相连,则可以通过求解线性方程计算出系统发生树的各种 内部距离 例,如果有三个分类单元,其两两距离如下 dh=05 dx=09,基于距离的系统发生树构建方法的基本思路是：给定一种序列之间距离的度量，在该距 离度量下构建一棵系统发生树，使得该树能够最好地反映已知序列之间的距离。这种方法采 用两两距离，建立一个距离矩阵，如表 7.2 所示，根据距离矩阵构造系统发生树。 表 6.2 10 条核酸序列的距离矩阵。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 2 0.0516 3 0.0550 0.0031 4 0.0483 0.0221 0.0253 5 0.0582 0.0651 0.0685 0.0549 6 0.0094 0.0416 0.0450 0.0384 0.0549 7 0.0125 0.0584 0.0619 0.0551 0.0651 0.0157 8 0.0284 0.0687 0.0722 0.0654 0.0754 0.0317 0.0285 9 0.0925 0.1221 0.1259 0.1185 0.1370 0.0820 0.0786 0.0927 10 0.1921 0.2183 0.2228 0.2054 0.2309 0.1798 0.1795 0.1833 0.1860 这里的距离代表两条序列之间各位点核苷酸替换数的估计值。 8.2.1 最小二乘法 在很多情况下，这种距离矩阵传达了大部分进化信息。运用前面介绍的序列比较程序， 可以计算出序列之间的距离。但是，在进行序列比较时，应根据比较的对象是 DNA 序列还 是蛋白质序列，正确选用不同的打分矩阵。 为了便于分析，首先定义一种连续加和距离函数，在该函数下，两个分类单元之间的距 离与系统发生树中连接这两个分类单元的分支总长度成正比。这样，如果分类单元 a 和分类 单元 b 由经过中间节点 v 的两条边相连，两条边的长度分别为 dav 和 dbv，则它们之间的距离 为 dav+ dbv。这样，可以在系统发生树中确定 a 和 b 的相对位置。进一步，假设三个分类单 元之间的距离分别为 dab、dac、dbc,如果分类单元 a 和分类单元 b 由经过中间节点 v 的两条边 相连，再经过节点 u 与分类单元 c 相连,则可以通过求解线性方程计算出系统发生树的各种 内部距离。 例，如果有三个分类单元，其两两距离如下： dab = 0.5; dac = 0.9;