全球首次完成杨树全基因组测序 由美国能源部启动并实施的杨树全基因组测序计划已圆满完成,并于2004年9月21日对 公众开放了全序列数据库。南京林业大学科研人员尹佟明副教授参与了此项研究。杨树基因 组的新闻发布及庆祝会定于12月6日在美国加州举行。该项研究可望使杨树这一重要树种 的品种改良时间大大缩短,用区区几十年跨越千年关。 硏究的完成,使杨树成为继拟南芥和水稻之后,第三个测定全序列的植物,并且是第 个测定全基因组序列的多年生木本植物。杨树因此被广泛接受为研究多年生植物基因组的模 式物种,这使该项工作具有重大的科学意义。杨树同时又是一种重要的工业用材树种,杨树 全基因组计划实施,将为生物能源的开发提供知识贮备,具有重要的实际应用价值。目前, 杨树的改良还处在一种半野生的初级改良阶段,在基因组研究的基础上,通过群体和数量遗 传学的手段在杨树属不同树种间开发有用等位基因,并通过遗传工程的手段进行基因重组, 可望在几十年的时间里完成一般作物几千年的改良历程 杨树全基因组全序列用“鸟枪法测定”,序列库中共含有7,649,993个序列片段,去 除叶绿体基因组的污染,测得的序列大约为8×基因组长度。目前对序列拼接的组装已完成 了483Mb,占杨树基因组物理全长的90%以上,基本上覆盖了杨树基因组常染色体的大部 分。基于基因芯片和单核苷酸多态性检测技术,对小的序列拼接及序列间隙的填充工作正在 进行中,预期这部分工作将于明年完成。南京林业大学尹佟明副教授自2001年以来一直参 与此项研究,对杨树基因组的注释工作将于今年12月初完成 国际杨树基因组计划协作组的总负责人杰瑞先生认为,从世界范围来看,杨树在中国的 林业生产中占有的比重是最大的,因此在杨树基因组信息的应用方面,中国在未来的研究中 可能会居于世界前列。杨树全基因组计划的完成对我国从事林业及生物技术的科学家而言 提供了前所未有的机遇和挑战 Science 15 September 2006 vo.313.no.5793,pp.1596-1604 DO:10.1126/ scIence.1128691 RESEARCH ARTICLES The Genome of Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. Gray) G A. Tuskan, t 3S. DiFazio, dt s Jansson, f J Bohlmann, of 1. Grigoriev, f u Hellsten, 9 N. Putnam, 9 S. Ralph, 6S. Rombauts, 0 A. Salamov, 9 J Schein, 11 L. Sterck,10 A Aerts,R.R Bhalerao, 'R. P. Bhalerao, 12 D. Blaudez, 13W. Boerjan, 10 A. Brun, 3A. Brunner, 4V. Busov, 15 M. Campbell, 16J. Carlson, 17 M. Chalot, 13J Chapman, 9G.L. Chen, 2D. Cooper, P. M Coutinho, 19J Couturier, 13S. Covert, 20 Q. Cronk, 'R. Cunningham, 1 J. Davis, 22S Degroeve, 10 A Dejardin, 23C dePamphilis, 18 J. Detter, B. Dirks, 24 L. Dubchak, 9, 25S. Duplessis, 13J. Ehlting, 7B. Ellis, K. Gendler, 26D. Goodstein 9 M. Gribskov, 27J. Grimwood, 28 A Groover 29 L. Gunter 1 B. Hamberger, 7 B Heinze,30Y. Helariutta, 12, 31, 33 B. Henrissat, 19 D. Holligan, 21R. Holt, 11 W. Huang, N. Islam-Faridi,34S. Jones, 11 M. Jones-Rhoades, 35R Jorgensen, 26C Joshi, 15 J Kangasjarvi, 32 J Karlsson, 5 C. Kelleher, R. Kirkpatrick, 11 M. Kirst, 22 A全球首次完成杨树全基因组测序 由美国能源部启动并实施的杨树全基因组测序计划已圆满完成，并于 2004 年 9 月 21 日对 公众开放了全序列数据库。南京林业大学科研人员尹佟明副教授参与了此项研究。杨树基因 组的新闻发布及庆祝会定于 12 月 6 日在美国加州举行。该项研究可望使杨树这一重要树种 的品种改良时间大大缩短，用区区几十年跨越千年关。 研究的完成，使杨树成为继拟南芥和水稻之后，第三个测定全序列的植物，并且是第一 个测定全基因组序列的多年生木本植物。杨树因此被广泛接受为研究多年生植物基因组的模 式物种，这使该项工作具有重大的科学意义。杨树同时又是一种重要的工业用材树种，杨树 全基因组计划实施，将为生物能源的开发提供知识贮备，具有重要的实际应用价值。目前， 杨树的改良还处在一种半野生的初级改良阶段，在基因组研究的基础上，通过群体和数量遗 传学的手段在杨树属不同树种间开发有用等位基因，并通过遗传工程的手段进行基因重组， 可望在几十年的时间里完成一般作物几千年的改良历程。 杨树全基因组全序列用“鸟枪法测定”，序列库中共含有 7，649，993 个序列片段，去 除叶绿体基因组的污染，测得的序列大约为 8×基因组长度。目前对序列拼接的组装已完成 了 483Mb，占杨树基因组物理全长的 90%以上，基本上覆盖了杨树基因组常染色体的大部 分。基于基因芯片和单核苷酸多态性检测技术，对小的序列拼接及序列间隙的填充工作正在 进行中，预期这部分工作将于明年完成。南京林业大学尹佟明副教授自 2001 年以来一直参 与此项研究，对杨树基因组的注释工作将于今年 12 月初完成。 国际杨树基因组计划协作组的总负责人杰瑞先生认为，从世界范围来看，杨树在中国的 林业生产中占有的比重是最大的，因此在杨树基因组信息的应用方面，中国在未来的研究中 可能会居于世界前列。杨树全基因组计划的完成对我国从事林业及生物技术的科学家而言， 提供了前所未有的机遇和挑战。 Science 15 September 2006: Vol. 313. no. 5793, pp. 1596 - 1604 DOI: 10.1126/science.1128691 RESEARCH ARTICLES The Genome of Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray) G. A. Tuskan,1,3* S. DiFazio,1,4 S. Jansson,5 J. Bohlmann,6 I. Grigoriev,9 U. Hellsten,9 N. Putnam,9 S. Ralph,6 S. Rombauts,10 A. Salamov,9 J. Schein,11 L. Sterck,10 A. Aerts,9 R. R. Bhalerao,5 R. P. Bhalerao,12 D. Blaudez,13 W. Boerjan,10 A. Brun,13 A. Brunner,14 V. Busov,15 M. Campbell,16 J. Carlson,17 M. Chalot,13 J. Chapman,9 G.-L. Chen,2 D. Cooper, 6 P. M. Coutinho,19 J. Couturier,13 S. Covert,20 Q. Cronk,7 R. Cunningham,1 J. Davis,22 S. Degroeve,10 A. Déjardin,23 C. dePamphilis,18 J. Detter,9 B. Dirks,24 I. Dubchak,9,25 S. Duplessis,13 J. Ehlting,7 B. Ellis,6 K. Gendler,26 D. Goodstein,9 M. Gribskov,27 J. Grimwood,28 A. Groover,29 L. Gunter,1 B. Hamberger,7 B. Heinze,30 Y. Helariutta,12,31,33 B. Henrissat,19 D. Holligan,21 R. Holt,11 W. Huang,9 N. Islam-Faridi,34 S. Jones,11 M. Jones-Rhoades,35 R. Jorgensen,26 C. Joshi,15 J. Kangasjärvi,32 J. Karlsson,5 C. Kelleher,6 R. Kirkpatrick,11 M. Kirst,22 A