出现的概率的比值的矩阵。这些比值可以用相关几率( relatedness odds)矩阵表示。在序列 比对过程中,两个序列从头到尾逐个残基进行比对,所得几率值的乘积就是整个比对的分值 在实际使用时,通常取几率值的对数以简化运算。因此,常用的突变数据矩阵PAM250实 际上是几率值的对数矩阵(表62)。矩阵中值大于0的元素所对应的两个残基之间发生突变 的可能性较大,值小于0的元素所对应的两个残基之间发生突变的可能性较小。 表62突变数据相似性分数矩阵PAM250 s02 T-213 2 G-310-115 N410-1002 D-500-10124 E500-100134 Q5|-1-10011224 H-3-1-10-1-221136 R40-10230-11126 K500-1-121001035 M5|-21-213232-1-2006 1-2-10-21-32-2-22-2-2-22 L-6-3-23-24343-2-233426 V-2|-10-101|-222-222-22424 F4|33-545-2-65-5-245012-19 Y0|-3353-7-2444044-2-1-1-2710 W8|2566174715|323|45260017 C S T P AGIND EQH R KIM I L VIF YW 表中把理化性质相似的氨基酸按组排列在一起,正值表示进化上的保守替代, 值越大,保守性越大 序列分析的难点是要确定那些仅有20%相似性的序列之间是否具有同源关系。PAM250出现的概率的比值的矩阵。这些比值可以用相关几率（relatedness odds）矩阵表示。在序列 比对过程中，两个序列从头到尾逐个残基进行比对，所得几率值的乘积就是整个比对的分值。 在实际使用时，通常取几率值的对数以简化运算。因此，常用的突变数据矩阵 PAM250 实 际上是几率值的对数矩阵（表 6.2）。矩阵中值大于 0 的元素所对应的两个残基之间发生突变 的可能性较大，值小于 0 的元素所对应的两个残基之间发生突变的可能性较小。 表 6.2 突变数据相似性分数矩阵 PAM250 C 12 S 0 2 T -2 1 3 P -3 1 0 6 A -2 1 1 1 2 G -3 1 0 -1 1 5 N -4 1 0 -1 0 0 2 D -5 0 0 -1 0 1 2 4 E -5 0 0 -1 0 0 1 3 4 Q -5 -1 -1 0 0 -1 1 2 2 4 H -3 -1 -1 0 -1 -2 2 1 1 3 6 R -4 0 -1 0 -2 -3 0 -1 -1 1 2 6 K -5 0 0 -1 -1 -2 1 0 0 1 0 3 5 M -5 -2 -1 -2 -1 -3 -2 -3 -2 -1 -2 0 0 6 I -2 -1 0 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 2 5 L -6 -3 -2 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -3 -3 4 2 6 V -2 -1 0 -1 0 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 2 4 2 4 F -4 -3 -3 -5 -4 -5 -2 -6 -5 -5 -2 -4 -5 0 1 2 -1 9 Y 0 -3 -3 -5 -3 -7 -2 -4 -4 -4 0 -4 -4 -2 -1 -1 -2 7 10 W -8 -2 -5 -6 -6 -7 -4 -7 -7 -5 -3 2 -3 -4 -5 -2 -6 0 0 17 C S T P A G N D E Q H R K M I L V F Y W * 表中把理化性质相似的氨基酸按组排列在一起，正值表示进化上的保守替代， 值越大，保守性越大。 序列分析的难点是要确定那些仅有 20%相似性的序列之间是否具有同源关系。PAM250