15 Scripts 16 Plugins 17 Scripting in Other Languages 18 Running ImageJ From the Command Line IV ImageJ User Interface 1 9 Tools 19.1 Area Selection Tool ction tools 19.3 Arrow Tool 19.4 Angle Tool 19.5 Point Tool 19.6 Multi-point Tool 19.7 Wand Tool 19. 8 Text Tool 19.9 Magnifying G 19.10 Scrolling Tool 36 19.11 Color Picker Tool 19.12 More Tools Menu 19.13 Arrow 19.14 Brush 19.15 Developer Menu 19.16 Flood Filler 19.17 LUT Menu 19 18 Overlay Brush 19.19 Pencil 19.20 Pixel Inspector 19.21 Spray Can 19 22 Stacks Menu 20 Custom Tools 41 21 Contextual menu 22 Results table 23 Editor 44 24 Log Window 25 Customizing the ImageJ Interface 25.1 Floating Behavior of Main Window 5.2 Pointer 47 v Menu command 26 FileD 26.1 NewN15 Scripts 24 16 Plugins 24 17 Scripting in Other Languages 26 18 Running ImageJ From the Command Line 26 IV ImageJ User Interface 19 Tools 19.1 Area Selection Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 19.2 Line Selection Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 19.3 Arrow Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 19.4 Angle Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 19.5 Point Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 19.6 Multi-point Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 19.7 Wand Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 19.8 Text Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 19.9 Magnifying Glass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 19.10 Scrolling Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 19.11 Color Picker Tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 19.12 More Tools Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 19.13 Arrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 19.14 Brush . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 19.15 Developer Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 19.16 Flood Filler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 19.17 LUT Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 19.18 Overlay Brush . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 19.19 Pencil . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 19.20 Pixel Inspector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 19.21 Spray Can . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 19.22 Stacks Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 20 Custom Tools 41 21 Contextual Menu 42 22 Results Table 43 23 Editor 44 24 Log Window 46 25 Customizing the ImageJ Interface 46 25.1 Floating Behavior of Main Window . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 25.2 Pointer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 V Menu Commands 26 File . 49 26.1 New. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 iii