29.6 NoiseD 110 9.7 Shadows 29.8 Binary b 112 29.9 Math 9.10 FFTD 29.11 Filters 124 9.12 Batch 29. 13 Image Calculator 128 9.14 Subtract Background 29. 15 Repeat Command [R] 30 AnalyzeD 132 30.1 Measure..m 132 30.2 Analyze Particles 132 30.3 Summarize 30.4 Distribution 135 30.5 Label 136 30.6 Clear results 30.7 Set Measurements 30.8 Set Scale 30.9 Calibrate 30.10 Histogram [h] 30.11 Plot Profile [k] 142 30.12 Surface Plot 30 13 Gels 144 30.14 Tools 146 31 Plugins 156 B11 Macros 31.2 Shortcuts 31.3 Utilities 158 31.4 Newp 161 31.5 Compile and Run 32.1 Show All[I 163 32.2 Put Behind [tab 32.3 Cascade 32.4 Tile 33 HeloD 164 33.1 ImageJ Website 164 33.2 Imagej News 164 33.3 Documentation 164 33.4 Installation 33.5 Mailing Lis 164 33.6 Dey. resources 164 33.7 Plugins 164 33.8 Macros 164 33.9 Macro Functions 33.10 Update ImageJ 165 33.11 Refresh Menus29.6 Noise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 29.7 Shadows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 29.8 Binary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112 29.9 Math . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 29.10 FFT. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120 29.11 Filters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 29.12 Batch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 29.13 Image Calculator. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128 29.14 Subtract Background. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129 29.15 Repeat Command [R] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 30 Analyze . 132 30.1 Measure. . . [m] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132 30.2 Analyze Particles. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132 30.3 Summarize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 30.4 Distribution. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 30.5 Label . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 30.6 Clear Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 30.7 Set Measurements. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 30.8 Set Scale. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 30.9 Calibrate. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139 30.10 Histogram [h] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140 30.11 Plot Profile [k] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142 30.12 Surface Plot. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143 30.13 Gels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144 30.14 Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146 31 Plugins . 156 31.1 Macros . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156 31.2 Shortcuts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157 31.3 Utilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158 31.4 New. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161 31.5 Compile and Run. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162 32 Window . 163 32.1 Show All [ ] ] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 32.2 Put Behind [tab] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 32.3 Cascade . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 32.4 Tile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163 33 Help . 164 33.1 ImageJ Website. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.2 ImageJ News. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.3 Documentation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.4 Installation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.5 Mailing List. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.6 Dev. Resources. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.7 Plugins. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.8 Macros. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.9 Macro Functions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164 33.10 Update ImageJ. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165 33.11 Refresh Menus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165 v