第十四章提交DNA序列到数据库 页码,9/2 在 Sequi n期间经常存盘是一个好习惯,可以避免无意中的数据丢失。 提交单个的序列 最简单的交包含一个单个的没有中断的核苷酸序列和一个或多个蛋白质产物序列。这些序列 典型地来自于传统的基于基因的生物学研究,并且这样的提交在大多数情况下可以通过互联 网(请看上例 BankI t)或 Sequi n来完成, Sequi n提供了许多已经确认的好处和对于各种网络连 接的独立性。 Sequi n开始时出现一个窗口,提示用户开始一个新的提交或者打开一个包含记录的文件(图 14.7)。在最初的提交建立以后,记录可以保存下来存为文件和在最终传送到数据库之前进 行编辑,如果 Sequi n被配置为网络敏感,该窗口将允许下载已存在的将要更新的数据记录。 图14.7 图14.7 Sequi n的初始窗口,提供了开始一个提交的几个选择,为了由原始序列文件和其它 信息的最小集生成一个提交,选择开始新的提交( Start New Submi ssi on),一旦初始记录 建立起来,就可以存成一个文件。若要读已存的文件或任何其它存成文件的ASN.1记录,选择 读已存在的记录( Read Exi sting Record),若 Sequi n配置为网络连接,将会显示按钮 Downl oad from entrez,该按钮用来下载记录用于更新 通过完成几个表格可以建立一个新的提交(图14.8-14.15)。这些表格使用文件夹标签来将 窗口划分为几页,这样允许输入所有必需数据而不必一个大的计算机屏幕,这些表格项有前 页和后一页的按钮,当用户到达一个表格的最后一页时,下一页按钮变成了下一个表格按 钮 开始一个新的提交过程,第一步是请求一个暂时性的标题(图14.8):然后询问联系人、序 列作者和他们的学术联系的信息(图14.9)。对于所有的提交来说,这个表格是一致的,联 系人、序列作者、和他们的学术联系页通过按输出菜单按钮可以存储下来,在开始其它提交 时可通过选择输入菜单按钮读入该文件。然而,因为种群、系统发生和变异研究是作为一个 记录一次引入的,存储提交表格页面就不太必要了。 图14.8 图14.8提交页用来从手稿中为 Sequi n:输入一个暂时的标题;即使该文章没有写,或者试图发 表,对于提交的描述也是必要的。该页也允许提交者要求直到文章发表再公布序列或指测序 列公布的日期。 图14.9 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十四章提交DNA序列到数据库.htm2005-1-18೼Sequinᳳ䯈㒣ᐌᄬⲬᰃϔϾདдᛃˈৃҹ䙓ܡ᮴ᛣЁⱘ᭄᥂϶༅DŽ ᦤѸऩϾⱘᑣ߫ ᳔ㅔऩⱘѸࣙ৿ϔϾऩϾⱘ≵᳝ЁᮁⱘḌ㣋䝌ᑣ߫੠ϔϾ៪໮Ͼ㲟ⱑ䋼ѻ⠽ᑣ߫DŽ䖭ѯᑣ߫ ݌ഄൟᴹ㞾ѢӴ㒳ⱘ෎Ѣ෎಴ⱘ⫳⠽ᄺⷨおˈᑊϨ䖭ḋⱘᦤѸ೼໻໮᭄ᚙމϟৃҹ䗮䖛Ѧ㘨 㔥˄䇋ⳟϞ՟BankIt˅៪Sequinᴹᅠ៤,Sequinᦤկњ䆌໮Ꮖ㒣⹂䅸ⱘད໘੠ᇍѢ৘⾡㔥㒰䖲 ᥹ⱘ⣀ゟᗻDŽ Sequinᓔྟᯊߎ⦃ϔϾにষˈᦤ⼎⫼᠋ᓔྟϔϾᮄⱘᦤѸ៪㗙ᠧᓔϔϾࣙ৿䆄ᔩⱘ᭛ӊ˄೒ 14.7˅DŽ೼᳔߱ⱘᦤѸᓎゟҹৢˈ䆄ᔩৃҹֱᄬϟᴹᄬЎ᭛ӊ੠೼᳔㒜Ӵ䗕ࠄ᭄᥂ᑧПࠡ䖯 㸠㓪䕥ˈབᵰSequin㹿䜡㕂Ў㔥㒰ᬣᛳˈ䆹にষᇚܕ䆌ϟ䕑Ꮖᄬ೼ⱘᇚ㽕᳈ᮄⱘ᭄᥂䆄ᔩDŽ ೒14.7 ೒14.7 Sequin ⱘ߱ྟにষˈᦤկњᓔྟϔϾᦤѸⱘ޴Ͼ䗝ᢽˈЎњ⬅ॳྟᑣ߫᭛ӊ੠݊ᅗ ֵᙃⱘ᳔ᇣ䲚⫳៤ϔϾᦤѸˈ䗝ᢽᓔྟᮄⱘᦤѸ˄Start New Submission˅ˈϔᮺ߱ྟ䆄ᔩ ᓎゟ䍋ᴹˈህৃҹᄬ៤ϔϾ᭛ӊDŽ㢹㽕䇏Ꮖᄬⱘ᭛ӊ៪ӏԩ݊ᅗᄬ៤᭛ӊⱘASN.1䆄ᔩˈ䗝ᢽ 䇏Ꮖᄬ೼ⱘ䆄ᔩ˄Read Existing Record˅ˈ㢹Sequin䜡㕂Ў㔥㒰䖲᥹ˈᇚӮᰒ⼎ᣝ䪂 Download from Entrezˈ䆹ᣝ䪂⫼ᴹϟ䕑䆄ᔩ⫼Ѣ᳈ᮄDŽ 䗮䖛ᅠ៤޴Ͼ㸼ḐৃҹᓎゟϔϾᮄⱘᦤѸ˄೒14.8ˉ14.15˅DŽ䖭ѯ㸼ḐՓ⫼᭛ӊ།ᷛㅒᴹᇚ にষߚߦЎ޴义ˈ䖭ḋܕ䆌䕧ܹ᠔᳝ᖙ䳔᭄᥂㗠ϡᖙϔϾ໻ⱘ䅵ㅫᴎሣᐩˈ䖭ѯ㸼Ḑ乍᳝ࠡ ϔ义੠ৢϔ义ⱘᣝ䪂ˈᔧ⫼᠋ࠄ䖒ϔϾ㸼Ḑⱘ᳔ৢϔ义ᯊˈϟϔ义ᣝ䪂ব៤њϟϔϾ㸼Ḑᣝ 䪂DŽ ᓔྟϔϾᮄⱘᦤѸ䖛⿟ˈ㄀ϔℹᰃ䇋∖ϔϾ᱖ᯊᗻⱘᷛ乬˄೒14.8˅˖✊ৢ䆶䯂㘨㋏Ҏǃᑣ ߫԰㗙੠ҪӀⱘᄺᴃ㘨㋏ⱘֵᙃ˄೒14.9˅DŽᇍѢ᠔᳝ⱘᦤѸᴹ䇈ˈ䖭Ͼ㸼Ḑᰃϔ㟈ⱘˈ㘨 ㋏Ҏǃᑣ߫԰㗙ǃ੠ҪӀⱘᄺᴃ㘨㋏义䗮䖛ᣝ䕧ߎ㦰ऩᣝ䪂ৃҹᄬټϟᴹˈ೼ᓔྟ݊ᅗᦤѸ ᯊৃ䗮䖛䗝ᢽ䕧ܹ㦰ऩᣝ䪂䇏ܹ䆹᭛ӊDŽ✊㗠ˈ಴Ў⾡㕸ǃ㋏㒳থ⫳੠বᓖⷨおᰃ԰ЎϔϾ 䆄ᔩϔ⃵ᓩܹⱘˈᄬټᦤѸ㸼Ḑ义䴶ህϡ໾ᖙ㽕њDŽ ೒14.8 ೒14.8 ᦤѸ义⫼ᴹҢ᠟〓ЁЎSequin䕧ܹϔϾ᱖ᯊⱘᷛ乬˗ेՓ䆹᭛ゴ≵᳝ݭ៪ˈ㗙䆩೒থ 㸼ˈᇍѢᦤѸⱘᦣ䗄гᰃᖙ㽕ⱘDŽ䆹义гܕ䆌ᦤѸ㗙㽕∖Ⳉࠄ᭛ゴথ㸼ݡ݀Ꮧᑣ߫៪ᣛ⌟ᑣ ߫݀Ꮧⱘ᮹ᳳDŽ ೒14.9 ㄀कಯゴᦤѸDNAᑣ߫ࠄ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ9/21 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कಯゴᦤѸDNAᑣ߫ࠄ᭄᥂ᑧ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com