第十四章提交DNA序列到数据库 页码,2/2 日前,假设所有的序列记录提交都通过电子方式:例如通过互联网,通过电子邮件,或者 (最起码)通过常规方式邮寄一张计算机磁盘。供电子方式提交的URLs和Emai|地址列于本 章末尾,这两种提交方式取代了早期使用的授权软件的方法,该方法现在已经过时了。不过 通过授权软件来提交仍然可被接受(在本文出版时),但是使用授权软件的提交者应该注意 其局限性和可以选择更好的方法 提交什么内容? 这三个数据库都需要同样的最终结果:充分注解的、具生物学意义的、便于计算的良好记 录,该记录允许其他科学家利用提交该记录的生物学家已获得的工作成果,并且提供了与蛋 白质、参考文献和基因组数据库(参见第5章)的联系。这些数据库是所有通过实验获得的序 列的宝库,因此最新测序的mRNA或基因区域的序列可以提交到某个数据库,其工作人员将协 助提交者提供足够的信息以使该序列对其他研究者有使用价值。一套丰富的生物特征和其他 注解是可得到的,但其中重要的部分无疑是那些可用于分析的内容。这些部分包括核苷酸和 蛋白质序列:CDS(编码序列,又称编码区)、基因、mRNA特征(如:表现分子生物学中心法 则的特征);序列得以确定的生物;以及关于参考文献的引用,这些引用将此序列连接到有 关的信息领域并将给出证明该序列存在的实验细节 DNA/RNA 提交的过程相当简单,但必须小心谨慎,才能提供准确(无错误和无载体污染)和生物学上 尽量良好的信息,以保证其得到科学界的最充分利用。无论提交形式如何,在开始提交以 前,都要解决以下几个问题 序列的性质 该序列来源于基因组还是mRNA?数据库的用户想知道被测序的DNA分子的来源。例如:尽管 CDNA是在DNA(不是RNA)上进行测序的,在细胞中的分子表现型却是mRNA。同样对于rRNA基 因的基因组测序而言,测序的分子几乎全都是DNA分子。将rRNA复制成DNA,就象直接对rRNA 测序一样,尽管是可能的,但很少这样做。记住:既然被提交的基因必须有独特的分子类 型,它就不会表现出(例如)一种基因组和mRNA分子的混合类型,否则实际上不会从一个活 细胞中提取出来。 序列是合成的,但不是人造的吗? 合成分子在核苷酸数据库中有一个特殊的分类,在此环境中,序列被按照实验排列,而这在 自然环境中是不会出现的(如:蛋白质表达的载体序列)。DNA数据库不接受计算机产生的尸 列(如:同源序列),在数据库中的所有序列都是从有问题的实际分子序列中通过实验获得 的,但是它们可以被汇聚成测序训练猎枪 序列有多精确? 在数据库文献中很少提到这个问题,但假设被提交的序列尽可能精确,这通常意味着整个提 交序列至少包括两相覆盖域(相反方向)。证实最终提交的序列也同样重要,它必须无载体 的污染(这可以用在载体数据库中 BLASTN查寻证实:参见其后的第7章),可以以已知的限制 图谱检验,消除序列重组的可能性,或确认正确的序列集合。 生物体 给每条记录分配正确的生物是至关重要的,尽管在大多数情况下这是很容易做到的。所有的 DNA序列记录必须有一个生物分配给它们,从数据库中的记录出现在系统发生树上的位置可以 得到许多推论。如果它们被错误的安置了,可能会翻译错误的遗传密码,并产生被错误截取 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十四章提交DNA序列到数据库.htm2005-1-18Ⳃࠡˈ؛䆒᠔᳝ⱘᑣ߫䆄ᔩᦤѸ䛑䗮䖛⬉ᄤᮍᓣ˖՟བ䗮䖛Ѧ㘨㔥ˈ䗮䖛⬉ᄤ䚂ӊˈ៪㗙 ˄᳔䍋ⷕ˅䗮䖛ᐌ㾘ᮍᓣ䚂ᆘϔᓴ䅵ㅫᴎ⺕ⲬDŽկ⬉ᄤᮍᓣᦤѸⱘURLs੠E_mailഄഔ߫Ѣᴀ ゴ᳿ሒ, 䖭ϸ⾡ᦤѸᮍᓣপҷњᮽᳳՓ⫼ⱘᥜᴗ䕃ӊⱘᮍ⊩ˈ䆹ᮍ⊩⦄೼Ꮖ㒣䖛ᯊњDŽϡ䖛 䗮䖛ᥜᴗ䕃ӊᴹᦤѸҡ✊ৃ㹿᥹ফ˄೼ᴀ᭛ߎ⠜ᯊ˅ˈԚᰃՓ⫼ᥜᴗ䕃ӊⱘᦤѸ㗙ᑨ䆹⊼ᛣ ݊ሔ䰤ᗻ੠ৃҹ䗝ᢽ᳈དⱘᮍ⊩DŽ ᦤѸҔМݙᆍ˛ 䖭ϝϾ᭄᥂ᑧ䛑䳔㽕ৠḋⱘ᳔㒜㒧ᵰ˖ߚܙ⊼㾷ⱘǃ݋⫳⠽ᄺᛣНⱘǃ֓Ѣ䅵ㅫⱘ㡃ད䆄 ᔩˈ䆹䆄ᔩܕ䆌݊Ҫ⾥ᄺᆊ߽⫼ᦤѸ䆹䆄ᔩⱘ⫳⠽ᄺᆊᏆ㦋ᕫⱘᎹ԰៤ᵰˈᑊϨᦤկњϢ㲟 ⱑ䋼ǃখ㗗᭛⤂੠෎಴㒘᭄᥂ᑧ˄খ㾕㄀ゴ˅ⱘ㘨㋏DŽ䖭ѯ᭄᥂ᑧᰃ᠔᳝䗮䖛ᅲ偠㦋ᕫⱘᑣ ߫ⱘᅱᑧˈ಴ℸ᳔ᮄ⌟ᑣⱘmRNA៪෎಴ऎඳⱘᑣ߫ৃҹᦤѸࠄᶤϾ᭄᥂ᑧˈ݊Ꮉ԰Ҏਬᇚण ࡽᦤѸ㗙ᦤկ䎇໳ⱘֵᙃҹՓ䆹ᑣ߫ᇍ݊Ҫⷨお㗙᳝Փ⫼ӋؐDŽϔ༫Єᆠⱘ⫳⠽⡍ᕕ੠݊Ҫ ⊼㾷ᰃৃᕫࠄⱘˈԚ݊Ё䞡㽕ⱘ䚼ߚ᮴⭥ᰃ䙷ѯৃ⫼ѢߚᵤⱘݙᆍDŽ䖭ѯ䚼ࣙߚᣀḌ㣋䝌੠ 㲟ⱑ䋼ᑣ߫˖CDS˄㓪ⷕᑣ߫ˈজ⿄㓪ⷕऎ˅ǃ෎಴ǃmRNA⡍ᕕ˄བ˖㸼⦄ߚᄤ⫳⠽ᄺЁᖗ⊩ ߭ⱘ⡍ᕕ˅˗ᑣ߫ᕫҹ⹂ᅮⱘ⫳⠽˗ҹঞ݇Ѣখ㗗᭛⤂ⱘᓩ⫼ˈ䖭ѯᓩ⫼ᇚℸᑣ߫䖲᥹ࠄ᳝ ݇ⱘֵᙃ乚ඳᑊᇚ㒭ߎ䆕ᯢ䆹ᑣ߫ᄬ೼ⱘᅲ偠㒚㡖DŽ DNA/RNA ᦤѸⱘ䖛⿟ⳌᔧㅔऩˈԚᖙ乏ᇣᖗ䇼ᜢˈᠡ㛑ᦤկޚ˄⹂᮴䫭䇃੠᮴䕑ԧ∵ᶧ˅੠⫳⠽ᄺϞ ሑ䞣㡃དⱘֵᙃˈҹֱ䆕݊ᕫࠄ里ᄺ⬠ⱘ᳔߽ߚܙ⫼DŽ᮴䆎ᦤѸᔶᓣབԩˈ೼ᓔྟᦤѸҹ ࠡˈ䛑㽕㾷އҹϟ޴Ͼ䯂乬DŽ ᑣ߫ⱘᗻ䋼 䆹ᑣ߫ᴹ⑤Ѣ෎಴㒘䖬ᰃmRNA˛᭄᥂ᑧⱘ⫼᠋ᛇⶹ䘧㹿⌟ᑣⱘDNAߚᄤⱘᴹ⑤DŽ՟བ˖ሑㅵ cDNAᰃ೼DNA˄ϡᰃRNA˅Ϟ䖯㸠⌟ᑣⱘˈ೼㒚㚲Ёⱘߚᄤ㸼⦄ൟैᰃmRNADŽৠḋᇍѢrRNA෎ ಴ⱘ෎಴㒘⌟ᑣ㗠㿔ˈ⌟ᑣⱘߚᄤ޴Тܼ䛑ᰃDNAߚᄤDŽᇚrRNA໡ࠊ៤DNAˈህ䈵Ⳉ᥹ᇍrRNA ⌟ᑣϔḋˈሑㅵᰃৃ㛑ⱘˈԚᕜᇥ䖭ḋخDŽ䆄ԣ˖᮶✊㹿ᦤѸⱘ෎಴ᖙ乏᳝⣀⡍ⱘߚᄤ㉏ ൟˈᅗህϡӮ㸼⦄ߎ˄՟བ˅ϔ⾡෎಴㒘੠mRNAߚᄤⱘ⏋ড়㉏ൟˈ৺߭ᅲ䰙ϞϡӮҢϔϾ⌏ 㒚㚲ЁᦤপߎᴹDŽ ᑣ߫ᰃড়៤ⱘˈԚϡᰃҎ䗴ⱘ৫˛ ড়៤ߚᄤ೼Ḍ㣋䝌᭄᥂ᑧЁ᳝ϔϾ⡍⅞ⱘߚ㉏ˈ೼ℸ⦃๗Ёˈᑣ߫㹿ᣝ✻ᅲ偠ᥦ߫ˈ㗠䖭೼ 㞾✊⦃๗ЁᰃϡӮߎ⦃ⱘ˄བ˖㲟ⱑ䋼㸼䖒ⱘ䕑ԧᑣ߫˅DŽDNA᭄᥂ᑧϡ᥹ফ䅵ㅫᴎѻ⫳ⱘᑣ ߫˄བ˖ৠ⑤ᑣ߫˅ˈ೼᭄᥂ᑧЁⱘ᠔᳝ᑣ߫䛑ᰃҢ᳝䯂乬ⱘᅲ䰙ߚᄤᑣ߫Ё䗮䖛ᅲ偠㦋ᕫ ⱘˈԚᰃᅗӀৃҹ㹿∛㘮៤⌟ᑣ䆁㒗⣢ᵾDŽ ᑣ᳝߫໮㊒⹂˛ ೼᭄᥂ᑧ᭛⤂Ёᕜᇥᦤࠄ䖭Ͼ䯂乬ˈԚ؛䆒㹿ᦤѸⱘᑣ߫ሑৃ㛑㊒⹂ˈ䖭䗮ᐌᛣੇⴔᭈϾᦤ Ѹᑣ߫㟇ᇥࣙᣀϸⳌ㽚Ⲫඳ˄Ⳍডᮍ৥˅DŽ䆕ᅲ᳔㒜ᦤѸⱘᑣ߫гৠḋ䞡㽕ˈᅗᖙ乏᮴䕑ԧ ⱘ∵ᶧ˄䖭ৃҹ⫼೼䕑ԧ᭄᥂ᑧЁBLASTNᶹᇏ䆕ᅲ˖খ㾕݊ৢⱘ㄀ゴ˅ˈৃҹҹᏆⶹⱘ䰤ࠊ ೒䈅Ẕ偠ˈ⍜䰸ᑣ߫䞡㒘ⱘৃ㛑ᗻˈ៪⹂䅸ℷ⹂ⱘᑣ߫䲚ড়DŽ ⫳⠽ԧ 㒭↣ᴵ䆄ᔩߚ䜡ℷ⹂ⱘ⫳⠽ᰃ㟇݇䞡㽕ⱘˈሑㅵ೼໻໮᭄ᚙމϟ䖭ᰃᕜᆍᯧࠄخⱘDŽ᠔᳝ⱘ DNAᑣ߫䆄ᔩᖙ乏᳝ϔϾ⫳⠽ߚ䜡㒭ᅗӀˈҢ᭄᥂ᑧЁⱘ䆄ᔩߎLTD೼⦃㒳থ⫳ᷥϞⱘԡ㕂ৃҹ ᕫࠄ䆌໮᥼䆎DŽབᵰᅗӀ㹿䫭䇃ⱘᅝ㕂њˈৃ㛑Ӯ㗏䆥䫭䇃ⱘ䘫Ӵᆚⷕˈᑊѻ⫳㹿䫭䇃៾প ㄀कಯゴᦤѸDNAᑣ߫ࠄ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ2/21 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कಯゴᦤѸDNAᑣ߫ࠄ᭄᥂ᑧ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com