第六章NCB数据模型 页码,9/15 Q 局部的Seqd 局部的序列辨识器最突出地被使用在数据提交的工具 Sequi n中(见第14章)。每个序列仅当 完整的被提交公共数据库处理后,才能最终得到一个序列号和一个g号。提交过程中, Sequi n分配一个局部辨识器给每个序列。就象许多NCB提供的软件工具一样要求序列辨识 器,局部的1D允许使用这些工具而不需要先提交到公共数据库。 B|0SEQ:生物序列 Bi oseg即生物序列是NCB|数据模型的中心元素。它包括一个简单的连续的核酸分子或蛋白质 分子,它定义了一个线性完整的协调系统。生物序列必须至少有一个序列辨识器( Seql d)。 它包含了分子(DNA,RNA和蛋白质)的物理类型的信息,也有一些注释信息(例如指示特定 生物序列的特定区域的生物特征)。它还有描述信息(例如该分子是从某个组织中获得的, 这描述了整个生物序列)。 然而,生物序列不需要分子的完整序列。它可能是一个分开的序列,例如外显子序列,而不 是所有内含子序列。或者它可能是只有一点标识的基因或物理映射。 序列是相同的 即使实际序列没有完全确定,所有生物序列有一个整数值的完整协调系统。所以对物理映射 或对高分割基因的外显子来说,标识和外显子之间的距离只有从一群胶体中得到。所以当 个完整的序列染色体的协调关系已经精确了解后,那些基因和物理映射是最佳的推测,即和 实际关系的错误概率最小。 不管怎样,任何生物信息都能被注释以相同的信息。例如一个基因特征可以被放在DNA序列的 个区域内,或者是物理映射的某个位置。该映射和序列可以根据共同的基因特征归为 类。这大大简化了能展示这些表面上不相关的数据的软件的编写任务。 序列是不相同的 尽管相同的协调系统有很多优点,不同的生物序列类所代表的方式不同。最一般的类(见图 6.2)简单介绍如下。 实际生物序列 在实际生物序列中我们知道分子类型,可能是它的长度和拓扑结构(例如线性,环状),但 不是实际的序列。它可以代表基因分子(只有外显子序列已经确定)的内含子。长度可能只 能从一群胶体的薮量得到。 原始生物序列 这是大多数人想的序列,一串简单连续的碱基和残基是已知的。因此长度是已知的,序列中 它应该和碱基或残基的数量配合 高散的生物序列 离散的生物序列不包含原始生物序列,但其他生物序列的辨识器。这可以被用于代表只有外 显子已知的基因序列。离散生物序列中的部分将是代表外显子的原生物序列和代表内含子的 实生物序列。 离散生物序列也被用于NCBI来代表整个染色体。这就是 Entrez基因分离的方法(见图6.3) file://E:wcb生物信息学(中译本)\第六章NCB|数据模型.htm 2005-1-18ሔ䚼ⱘSeqId ሔ䚼ⱘᑣ߫䕼䆚᳔఼さߎഄ㹿Փ⫼೼᭄᥂ᦤѸⱘᎹ݋SequinЁ˄㾕㄀14ゴ˅DŽ↣Ͼᑣ߫ҙᔧ ᅠᭈⱘ㹿ᦤѸ᭄݀݅᥂ᑧ໘⧚ৢˈᠡ㛑᳔㒜ᕫࠄϔϾᑣ߫ো੠ϔϾgiোDŽᦤѸ䖛⿟Ёˈ Sequinߚ䜡ϔϾሔ䚼䕼䆚఼㒭↣Ͼᑣ߫DŽህ䈵䆌໮NCBIᦤկⱘ䕃ӊᎹ݋ϔḋ㽕∖ᑣ߫䕼䆚 ఼ˈሔ䚼ⱘIDܕ䆌Փ⫼䖭ѯᎹ݋㗠ϡ䳔㽕ܜᦤѸࠄ᭄݅݀᥂ᑧDŽ BIOSEQ˖⫳⠽ᑣ߫ Bioseqे⫳⠽ᑣ߫ᰃNCBI᭄᥂῵ൟⱘЁᖗܗ㋴DŽᅗࣙᣀϔϾㅔऩⱘ䖲㓁ⱘḌ䝌ߚᄤ៪㲟ⱑ䋼 ߚᄤˈᅗᅮНњϔϾ㒓ᗻᅠᭈⱘण䇗㋏㒳DŽ⫳⠽ᑣ߫ᖙ乏㟇ᇥ᳝ϔϾᑣ߫䕼䆚఼˄SeqId˅DŽ ᅗࣙ৿њߚᄤ˄DNAˈRNA੠㲟ⱑ䋼˅ⱘ⠽⧚㉏ൟⱘֵᙃˈг᳝ϔѯ⊼䞞ֵᙃ˄՟བᣛ⼎⡍ᅮ ⫳⠽ᑣ߫ⱘ⡍ᅮऎඳⱘ⫳⠽⡍ᕕ˅DŽᅗ䖬᳝ᦣ䗄ֵᙃ˄՟བ䆹ߚᄤᰃҢᶤϾ㒘㒛Ё㦋ᕫⱘˈ 䖭ᦣ䗄њᭈϾ⫳⠽ᑣ߫˅DŽ ✊㗠ˈ⫳⠽ᑣ߫ϡ䳔㽕ߚᄤⱘᅠᭈᑣ߫DŽᅗৃ㛑ᰃϔϾߚᓔⱘᑣ߫ˈ՟བ໪ᰒᄤᑣ߫ˈ㗠ϡ ᰃ᠔᳝ݙ৿ᄤᑣ߫DŽ៪㗙ᅗৃ㛑ᰃা᳝ϔ⚍ᷛ䆚ⱘ෎಴៪⠽⧚᯴ᇘDŽ ᑣ߫ᰃⳌৠⱘ ेՓᅲ䰙ᑣ߫≵᳝ᅠܼ⹂ᅮˈ᠔᳝⫳⠽ᑣ᳝߫ϔϾᭈ᭄ؐⱘᅠᭈण䇗㋏㒳DŽ᠔ҹᇍ⠽⧚᯴ᇘ ៪ᇍ催ࡆߚ಴෎ⱘ໪ᰒᄤᴹ䇈ˈᷛ䆚੠໪ᰒᄤП䯈ⱘ䎱⾏া᳝Ңϔ㕸㛊ԧЁᕫࠄDŽ᠔ҹᔧϔ Ͼᅠᭈⱘᑣ߫ᶧ㡆ԧⱘण䇗݇㋏Ꮖ㒣㊒⹂њ㾷ৢˈ䙷ѯ෎಴੠⠽⧚᯴ᇘᰃ᳔Շⱘ᥼⌟ˈे੠ ᅲ䰙݇㋏ⱘ䫭䇃ὖ⥛᳔ᇣDŽ ϡㅵᗢḋˈӏԩ⫳⠽ֵᙃ䛑㛑㹿⊼䞞ҹⳌৠⱘֵᙃDŽ՟བϔϾ෎಴⡍ᕕৃҹ㹿ᬒ೼DNAᑣ߫ⱘ ϔϾऎඳݙ៪ˈ㗙ᰃ⠽⧚᯴ᇘⱘᶤϾԡ㕂DŽ䆹᯴ᇘ੠ᑣ߫ৃҹḍ᥂݅ৠⱘ෎಴⡍ᕕᔦЎϔ ㉏DŽ䖭໻໻ㅔ࣪њ㛑ሩ⼎䖭ѯ㸼䴶ϞϡⳌ݇ⱘ᭄᥂ⱘ䕃ӊⱘ㓪ݭӏࡵDŽ ᑣ߫ᰃϡⳌৠⱘ ሑㅵⳌৠⱘण䇗㋏㒳᳝ᕜ໮Ӭ⚍ˈϡৠⱘ⫳⠽ᑣ߫㉏᠔ҷ㸼ⱘᮍᓣϡৠDŽ᳔ϔ㠀ⱘ㉏˄㾕೒ 6.2˅ㅔऩҟ㒡བϟDŽ ᅲ䰙⫳⠽ᑣ߫ ೼ᅲ䰙⫳⠽ᑣ߫Ё៥Ӏⶹ䘧ߚᄤ㉏ൟˈৃ㛑ᰃᅗⱘ䭓ᑺ੠ᢧᠥ㒧ᵘ˄՟བ㒓ᗻˈ⦃⢊˅ˈԚ ϡᰃᅲ䰙ⱘᑣ߫DŽᅗৃҹҷ㸼෎಴ߚᄤ˄া᳝໪ᰒᄤᑣ߫Ꮖ㒣⹂ᅮ˅ⱘݙ৿ᄤDŽ䭓ᑺৃ㛑া 㛑Ңϔ㕸㛊ԧⱘ᭄䞣ᕫࠄDŽ ॳྟ⫳⠽ᑣ߫ 䖭ᰃ໻໮᭄Ҏᛇⱘᑣ߫ˈϔІㅔऩ䖲㓁ⱘ⺅෎੠⅟෎ᰃᏆⶹⱘDŽ಴ℸ䭓ᑺᰃᏆⶹⱘˈᑣ߫Ё ᅗᑨ䆹੠⺅෎៪⅟෎ⱘ᭄䞣䜡ড়DŽ ⾏ᬷⱘ⫳⠽ᑣ߫ ⾏ᬷⱘ⫳⠽ᑣ߫ϡࣙ⫳ྟॳ৿⠽ᑣ߫ˈԚ݊Ҫ⫳⠽ᑣ߫ⱘ䕼䆚఼DŽ䖭ৃҹ㹿⫼Ѣҷ㸼া᳝໪ ᰒᄤᏆⶹⱘ෎಴ᑣ߫DŽ⾏ᬷ⫳⠽ᑣ߫Ёⱘ䚼ߚᇚᰃҷ㸼໪ᰒᄤⱘॳ⫳⠽ᑣ߫੠ҷ㸼ݙ৿ᄤⱘ ᅲ⫳⠽ᑣ߫DŽ ⾏ᬷ⫳⠽ᑣ߫г㹿⫼ѢNCBIᴹҷ㸼ᭈϾᶧ㡆ԧDŽ䖭ህᰃEntrez෎಴ߚ行ⱘᮍ⊩˄㾕೒6.3˅DŽ ㄀݁ゴ NCBI᭄᥂῵ൟ 义ⷕˈ9/15 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀݁ゴ NCBI᭄᥂῵ൟ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com