据库PDB、蛋白质二级结构数据库DSSP中的蛋白质)进行统计分析,可以发现各种氨基 酸形成不同二级结构的倾向,从而形成一系列关于二级结构预测的规则 与经验性方法相似的另一种办法是结构规律提取方法,这是更一般的方法。该方法从蛋 白质结构数据库中提取关于蛋白质结构形成的一般性规则,指导建立未知结构的蛋白质的模 型。有许多提取结构规律的方法,如通过视觉观察的方法,基于统计分析和序列多重比对的 方法,利用人工神经网络提取规律的方法 同源模型化方法通过同源序列分析或者模式匹配预测蛋白质的空间结构或者结构单元 (如锌指结构、螺旋-转角-螺旋结构、DNA结合区域等)。其原理基于下述事实:每一个 自然蛋白质具有一个特定的结构,但许多不同的序列会采用同一个基本的折叠,也就是说, 具有相似序列的蛋白质倾向于折叠成相似的空间结构。一对自然进化的蛋白质,如果它们的 序列具有25~30%的等同部分或者更多,则可以假设这两个蛋白质折叠成相似的空间结构。 这样,如果一个未知结构的蛋白质与一个已知结构的蛋白质具有足够的序列相似性,那么可 以根据相似性原理给未知结构的蛋白质构造一个近似的三维模型。如果目标蛋白质序列的某 部分与已知结构的蛋白质的某一结构域区域相似,则可以认为目标蛋白质具有相同的结构 域或者功能区域。在蛋白质结构预测方面,预测结果最可靠的方法是同源模型化方法 蛋白质的同源性比较往往是借助于序列比对而进行的,通过序列比对可以发现蛋白质之 间进化的关系。在蛋白质结构分析方面,通过序列比对可以发现序列保守模式或突变模式, 这些序列模式中包含着非常有用的三维结构信息。利用同源模型化方法可以预测10~30%蛋 白质的结构。然而,许多具有相似结构的蛋白质是远程同源的,它们的等同序列不到25%。 也就是说,具有相似空间结构的蛋白质序列等同程度可能小于25%。这些蛋白质的同源性 不能被传统的序列比对方法所识别。如果通过一个未知序列搜索一个蛋白质序列数据库,并 且搜索条件为序列等同程度小于25%的话,那么将会得到大量不相关的蛋白质。因此,搜 索远程同源蛋白质就像在干草堆里寻找一根针。寻找远程同源蛋白质是一项困难的任务,处 理这项任务的技术称为“线索( THREADING)技术”。对于一个未知结构的蛋白质,仅当我 们找不到等同序列大于25%的已知结构的同源蛋白质时,才通过线索技术寻找已知结构的 远程同源蛋白质,进而预测其结构。找到一个远程同源蛋白质后,就可以利用远程同源建模 方法来建立蛋白质的结构模型。据库 PDB、蛋白质二级结构数据库 DSSP 中的蛋白质）进行统计分析，可以发现各种氨基 酸形成不同二级结构的倾向，从而形成一系列关于二级结构预测的规则。 与经验性方法相似的另一种办法是结构规律提取方法，这是更一般的方法。该方法从蛋 白质结构数据库中提取关于蛋白质结构形成的一般性规则，指导建立未知结构的蛋白质的模 型。有许多提取结构规律的方法，如通过视觉观察的方法，基于统计分析和序列多重比对的 方法，利用人工神经网络提取规律的方法。 同源模型化方法通过同源序列分析或者模式匹配预测蛋白质的空间结构或者结构单元 （如锌指结构、螺旋-转角-螺旋结构、DNA 结合区域等）。其原理基于下述事实：每一个 自然蛋白质具有一个特定的结构，但许多不同的序列会采用同一个基本的折叠，也就是说， 具有相似序列的蛋白质倾向于折叠成相似的空间结构。一对自然进化的蛋白质，如果它们的 序列具有 25∼30%的等同部分或者更多，则可以假设这两个蛋白质折叠成相似的空间结构。 这样，如果一个未知结构的蛋白质与一个已知结构的蛋白质具有足够的序列相似性，那么可 以根据相似性原理给未知结构的蛋白质构造一个近似的三维模型。如果目标蛋白质序列的某 一部分与已知结构的蛋白质的某一结构域区域相似，则可以认为目标蛋白质具有相同的结构 域或者功能区域。在蛋白质结构预测方面，预测结果最可靠的方法是同源模型化方法。 蛋白质的同源性比较往往是借助于序列比对而进行的，通过序列比对可以发现蛋白质之 间进化的关系。在蛋白质结构分析方面，通过序列比对可以发现序列保守模式或突变模式， 这些序列模式中包含着非常有用的三维结构信息。利用同源模型化方法可以预测 10∼30%蛋 白质的结构。然而，许多具有相似结构的蛋白质是远程同源的，它们的等同序列不到 25%。 也就是说，具有相似空间结构的蛋白质序列等同程度可能小于 25%。这些蛋白质的同源性 不能被传统的序列比对方法所识别。如果通过一个未知序列搜索一个蛋白质序列数据库，并 且搜索条件为序列等同程度小于 25%的话，那么将会得到大量不相关的蛋白质。因此，搜 索远程同源蛋白质就像在干草堆里寻找一根针。寻找远程同源蛋白质是一项困难的任务，处 理这项任务的技术称为“线索（THREADING）技术”。对于一个未知结构的蛋白质，仅当我 们找不到等同序列大于 25%的已知结构的同源蛋白质时，才通过线索技术寻找已知结构的 远程同源蛋白质，进而预测其结构。找到一个远程同源蛋白质后，就可以利用远程同源建模 方法来建立蛋白质的结构模型