第七章序列比对和数据库搜索 页码,3/2 先如何,它们的功能在进化中已经改变了( Gonzalez et al.,1994)。这就好象火车变成了 铁路餐车,虽然对二者的外部结构的观察揭示了它们结构的历史,但是仅仅根据这一信息往 往会得出有关其功能的错误结论。当一个基因适应了一个新的功能时,保守位置通常也会发 生一些形式上的变化,比如,当蛋白具有催化功能时,活性为点的残基相当保守,而当蛋白 功能改变时,这些残基将会发生漂移。 Human-ZCr MATGOKLMRAVRVFEFGGPEVLKLRSDI AVPI PKDHOVLI KVHACGVNPVETYI RSGTYS Ecol i-OOR MATRI EFHKHGGPEVLOA-VEFTPADPAENEI OVENKAI GI NFI DTYI RSGLYP Human -ZCr RKPLLPYTPGSDVAGVI EAVGDNASAFKKGDRVETSSTI SGGYAEYALAADHTVYKLPEK Ecol i-OOR -PPSLPSGLGTEAAGI VSKVGSGVKHI KAGDRWVYAQSALGAYSSVHNI I ADKAAI LPAA 大大大★ 大大大大大 luman -ZCr LDFKOGAAI GI PYFTAYRALI HSACVKAGESVLVHGASGGVGLAACQL ARAYGLKI LGTA Ecol i-OOR I SFEOAAASFLKGLTVYYLLRKTYEI KPDEOFLFHAAAGGVGLI ACOWAKALGAKLI GTV Human-ZCr GTEEGOKI VLONGAHEVFNHREVNYI DK I KKYVGEKGI DI II EMLANVNLSKDLSLLSHG Ecol i-QOR GTAOKAQSALKAGAWQVI NYREEDLVERLKEI TGGKKVRVVYDSVGRDTWERSLDCLORR Human -ZCr GRVIVVG-SRGTI EI NPROTMAKES----SI I GVTLFSSTKEEFOQYAAALOAGMEI GWL ECol i-OOR GLMVSFGNSSGAVTGVNLGI LNOKGSLYVTRPSLOGYI TTREELTEASNELFSLIASGVI 大大大 大大★ Human -ZCr KPVI GSQ--YPLEKVAEAHENI I HGSGATGKMI LLL Ecol i-OOR KVDVAEOQKYPLKDAORAHE-I LESRATOGSSLLI P 图72、最佳全局比对:对人类晶状物( Swi ss-Prot008257)和E.col苯醌氧化还原酶 ( Swi ss-- Prot p28304)的氨基酸序列进行比对。这是一个由 CLUSTAL W程序( Hi ggi ns et a.,1996)得到的最佳全局比对结果。在比对下方,星号表示残基相同,打点表示这个残基 是保守的。 早期的序列比对方法只应用于那些在全长范围内具有简单相似性的一些序列。全序列比就 是对序列进行全程扫描,进行比较。以上讨论的胰蛋白酶和ξ晶状物之间的比较就属于全序 列比对。具有简单的球形结构域的蛋白一般可以使用全序列比对的策略,以为所有的同源序 列尚未经过实质上的变化 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第七章序列比对和数据库搜索.htm 2005-1-18ܜབԩˈᅗӀⱘࡳ㛑೼䖯࣪ЁᏆ㒣ᬍবњ˄Gonzalez et al.,1994˅DŽ䖭ህད䈵☿䔺ব៤њ 䪕䏃令䔺ˈ㱑✊ᇍѠ㗙ⱘ໪䚼㒧ᵘⱘ㾖ᆳᧁ⼎њᅗӀ㒧ᵘⱘग़৆ˈԚᰃҙҙḍ᥂䖭ϔֵᙃᕔ ᕔӮᕫߎ᳝݊݇ࡳ㛑ⱘ䫭䇃㒧䆎DŽᔧϔϾ෎಴䗖ᑨњϔϾᮄⱘࡳ㛑ᯊˈֱᅜԡ㕂䗮ᐌгӮথ ⫳ϔѯᔶᓣϞⱘব࣪↨ˈབˈᔧ㲟ⱑ݋᳝ࡳ࣪ڀ㛑ᯊˈ⌏ᗻЎ⚍ⱘ⅟෎Ⳍᔧֱᅜˈ㗠ᔧ㲟ⱑ ࡳ㛑ᬍবᯊˈ䖭ѯ⅟෎ᇚӮথ⫳ⓖ⿏DŽ Human-ZCr MATGQKLMRAVRVFEFGGPEVLKLRSDIAVPIPKDHQVLIKVHACGVNPVETYIRSGTYS Ecoli-QOR ------MATRIEFHKHGGPEVLQA-VEFTPADPAENEIQVENKAIGINFIDTYIRSGLYP . . ******. . . * …. . . * *.* ..****** * Human-ZCr RKPLLPYTPGSDVAGVIEAVGDNASAFKKGDRVFTSSTISGGYAEYALAADHTVYKLPEK Ecoli-QOR -PPSLPSGLGTEAAGIVSKVGSGVKHIKAGDRVVYAQSALGAYSSVHNIIADKAAILPAA * ** *.. **.. ** . * **** . . * *. ** Human-ZCr LDFKQGAAIGIPYFTAYRALIHSACVKAGESVLVHGASGGVGLAACQIARAYGLKILGTA Ecoli-QOR ISFEQAAASFLKGLTVYYLLRKTYEIKPDEQFLFHAAAGGVGLIACQWAKALGAKLIGTV . * * ** . * * * .. .* * * * *.***** *** *.* * *..** Human-ZCr GTEEGQKIVLQNGAHEVFNHREVNYIDKIKKYVGEKGIDIIIEMLANVNLSKDLSLLSHG Ecoli-QOR GTAQKAQSALKAGAWQVINYREEDLVERLKEITGGKKVRVVYDSVGRDTWERSLDCLQRR ** . . *. ** .* * ** …. * * * . .. . . . . * * . Human-ZCr GRVIVVG-SRGTIEINPROTMAKES----SIIGVTLFSSTKEEFQQYAAALQAGMEIGWL Ecoli-QOR GLMVSFGNSSGAVTGVNLGILNQKGSLYVTRPSLQGYITTREELTEASNELFSLIASGVI * .. * * *.. . . . . . .*.** . . * . . * . Human-ZCr KPVIGSQ--YPLEKVAEAHENIIHGSGATGKMILLL Ecoli-QOR KVDVAEQQKYPLKDAQRAHE-ILESRATQGSSLLIP * . * *** *** *. . * .*. ೒7.2ǃ᳔Շܼሔ↨ᇍ˖ᇍҎ㉏ȗ᱊⢊⠽˄Swiss-Prot Q08257˅੠E.coli㣃䝠⇻࣪䖬ॳ䝊 ˄Swiss-Prot P28304˅ⱘ⇼෎䝌ᑣ߫䖯㸠↨ᇍDŽ䖭ᰃϔϾ⬅CLUSTAL W⿟ᑣ˄Higgins et al., 1996˅ᕫࠄⱘ᳔Շܼሔ↨ᇍ㒧ᵰDŽ೼↨ᇍϟᮍˈ᯳ো㸼⼎⅟෎Ⳍৠˈᠧ⚍㸼⼎䖭Ͼ⅟෎ ᰃֱᅜⱘDŽ ᮽᳳⱘᑣ߫↨ᇍᮍ⊩াᑨ⫼Ѣ䙷ѯ೼ܼ䭓㣗ೈ݋ݙ᳝ㅔऩⳌԐᗻⱘϔѯᑣ߫DŽܼᑣ߫↨ᇍህ ᰃᇍᑣ߫䖯㸠ܼ⿟ᠿᦣˈ䖯㸠↨䕗DŽҹϞ䅼䆎ⱘ㛄㲟ⱑ䝊੠ȗ᱊⢊⠽П䯈ⱘ↨䕗ህሲѢܼᑣ ߫↨ᇍDŽ݋᳝ㅔऩⱘ⧗ᔶ㒧ᵘඳⱘ㲟ⱑϔ㠀ৃҹՓ⫼ܼᑣ߫↨ᇍⱘㄪ⬹ˈҹЎ᠔᳝ⱘৠ⑤ᑣ ߫ᇮ᳾㒣䖛ᅲ䋼Ϟⱘব࣪ ㄀ϗゴᑣ߫↨ᇍ੠᭄᥂ᑧ᧰㋶ 义ⷕˈ3/28 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ϗゴᑣ߫↨ᇍ੠᭄᥂ᑧ᧰㋶.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com