方,环状区域内的碱基与环状区域外的碱基相互配对。由于伪结的预测比较困难,因此,许 多早期的二级结构预测算法完全不考虑伪结,这些算法是在忽略伪结区域存在的前提下预测 其它二级结构单元的。 膨胀环 连续碱基配对 发夹环 皿uu 内环 单链区 图7.6RA二级结构示意图 可以用点矩阵作图的方法来寻找最大配对。将RNA的碱基序列顺序地排布在ⅹ轴上 对于配对的碱基在Y轴相同的位置打上点标记。设RNA序列的长度为n,根据序列建立 个n×n的矩阵R,如果第i个碱基与第j个碱基配对(如A<U、G≌C),则R[,j=1 否则为0。根据所得到的点矩阵图,可以找出最大配对。当然,这是一种非常简单粗糙的方 法 目前RNA二级结构预测有两种主要的方法,一是基于序列比较的方法,另一种方法是 能量最小化方法。基于序列比较的方法主要是通过多重序列比对,根据相似序列具有相似结 构的原理进行二级结构预测。 能量最小化方法在预测RNA分子二级结构时,试图对RNA折叠的自由能进行最小化, 进而搜索最稳定的结构。该方法通过各种能量优化方法或者分子动力学计算评价所有可能配 对的能量,进而发现具有最小能量的结构。 Zuker的Mold程序是使用较多的程序包之 它就是通过一系列的最近邻能量规则 earest neighbor energy rules)来计算一个结构的能量 由于在这种方法中RNA结构被分成了许多相互作用的区域来进行评估,而能量计算时仅仅 计算那些被认为有可能产生相互作用的“邻居”碱基对之间的能量,因此这些规则被称为“最 近邻”规则。最近邻能量规则认为:在标为环区的区域内的所有碱基都有相互作用的可能, 因此在计算这个结构的能量时就必须考虑这一环区内的所有的碱基对的能量。但在不考虑会方，环状区域内的碱基与环状区域外的碱基相互配对。由于伪结的预测比较困难，因此，许 多早期的二级结构预测算法完全不考虑伪结，这些算法是在忽略伪结区域存在的前提下预测 其它二级结构单元的。 可以用点矩阵作图的方法来寻找最大配对。将 RNA 的碱基序列顺序地排布在 X 轴上， 对于配对的碱基在 Y 轴相同的位置打上点标记。设 RNA 序列的长度为 n，根据序列建立一 个ｎ×ｎ的矩阵 R，如果第ｉ个碱基与第ｊ个碱基配对（如 A⇔U、G⇔C），则 R[i，j]=1， 否则为 0。根据所得到的点矩阵图，可以找出最大配对。当然，这是一种非常简单粗糙的方 法。 目前 RNA 二级结构预测有两种主要的方法，一是基于序列比较的方法，另一种方法是 能量最小化方法。基于序列比较的方法主要是通过多重序列比对，根据相似序列具有相似结 构的原理进行二级结构预测。 能量最小化方法在预测 RNA 分子二级结构时，试图对 RNA 折叠的自由能进行最小化， 进而搜索最稳定的结构。该方法通过各种能量优化方法或者分子动力学计算评价所有可能配 对的能量，进而发现具有最小能量的结构。Zuker 的 Mfold 程序是使用较多的程序包之一， 它就是通过一系列的最近邻能量规则(nearest neighbor energy rules)来计算一个结构的能量。 由于在这种方法中 RNA 结构被分成了许多相互作用的区域来进行评估，而能量计算时仅仅 计算那些被认为有可能产生相互作用的“邻居”碱基对之间的能量，因此这些规则被称为“最 近邻”规则。最近邻能量规则认为：在标为环区的区域内的所有碱基都有相互作用的可能， 因此在计算这个结构的能量时就必须考虑这一环区内的所有的碱基对的能量。但在不考虑会