第三章结构数据库 页码,4/10 列包括A、B、C、D四个氨基酸序列。由胰岛素的生物化学背景知识知道A、B蛋白质链源自同 基因,在翻译修饰的过程中,胰岛素序列被切为如PDB记录所示的两段。这个信息没有在三 维结构数据库中被记录。单字母链命名方案与所枚举的大齐分子量聚合物,如衣壳病毒,的 三维结构是有困难的,因为单字母链识别器的可识别总数是有限的 PDB记录中的隐性序列蕴涵在由PDB文件中的ATOM记录及相应(X,Y,Z)位置坐标构成的化学 立体结构中。在解决诸如核酸序列后向编码或非标准氨基酸识别等利用显性序列无法明确解 决的问题时,隐性序列是十分有用的。实践中,许多PDB文件浏览器,如 Rasmol,仅用隐性序 列重构PDB记录蛋白质的化学图象,而忽略由 SEORES引导的显性序列信息。若要求这类软件打 印某不完整的分子序列,其打印结果序列在现实中将并不存在。所以说隐性序列尚不足于重 构完整的化学图像 举例说明,假设在PDB文件 SEORES条目中存在一个序列 ELVI SISALI NES,但缺少子序列ISA的 (X,Y,Z)位置坐标信息,阅读隐性序列的软件会错误地构建ELⅥSLNS的化学图象。用于 测试软件是否仅依赖隐性序列去分析结构信息的样本测试结构3TS1( Brick等,1989)在Java 维结构浏览器 Webmol中的图像如图3.3所示 PDB序列验证 为合理地检验来自PDB记录的序列,必须先获得ATOM记录中的隐性序列。这一步并不繁琐。若 结构因间断而不完整,则给定链会拥有一套隐性序列框架。每个框架与 SEORES条目中相应链 的显性序列相对应。用这种方式可产生包括可能丢失坐标信息的那部分生物序列在内的完整 化学图象。而这种验证需以MMDB、 mmcIF数据库的建立为物质基础。 由PDB结构记录衍生出来的单字母编码类型蛋白质、核酸序列检验样本最好来自 NCBI Entrez 体系的MMDB。如对胰岛素这样的序列记录系统地建立了数据库附录,利用附录: db|3NS|A,pdb|3NS|B,pdb3|Ns|C,pdb|3NS|D,可以由 Entrez中被分割的蛋白质序 列恢复完整的序列。PDB文件中包含 Swi ss-Port蛋白质数据库 DBXREF序列记录的参考说明。以 下两点需要注意:其一,因为检验程序在链接过程中未被实现,所以 Swiss-Port中的序列不 需与结构 对应;其二,许多PDB文件分类简单而含糊不清,这一点在一些源自不同种类 的分子复合物的三维结构中有所表现 【MDB:NCB的分子建模数据库】 概述 NCBI的分子模型数据库MMDD( Hogue等,1996)是 NCBI Entrez体系( Schuler等,1996)的 部分。其中囊括了由晶体衍射和核磁共振实验研究得到的所有PDB( Bernstein等,1977)生 物分子三维结构。MMDB是ASN.1记录格式,而非PDB记录格式的数据库。MDB结构与原始的PDB 结构相比,增加了一些附加信息,包括经程序验证的显性化学图像信息,一致的二级结构衍 生定义,与 MEDLINE相匹配的引用,基于源自生物实体的蛋白质或核酸链进行分类的分子匹 配 MDB数据库服务 NCB的MMDB提供了诸如被检验序列的 BLAST检索,结构-序列匹配,文件格式转换,编程界面 显示等服务。 结构记录文本查询 正如其它三维结构服务那样,MMDB数据库可利用 WW Entrez及 Network entrez( Schuler 等,1996)进行文本查询。MMDB亦称为 Entrez structure组分。MMDB检索域包含PDB、MMDB的 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第三章结构数据库.htm 2005-1-18߫ࣙᣀ$ǃ%ǃ&ǃ'ಯϾ⇼෎䝌ᑣ߫DŽ⬅㛄ቯ㋴ⱘ⫳⠽࣪ᄺ㚠᱃ⶹ䆚ⶹ䘧$ǃ%㲟ⱑ䋼䫒⑤㞾ৠ ϔ෎಴ˈ೼㗏䆥ׂ佄ⱘ䖛⿟Ёˈ㛄ቯ㋴ᑣ߫㹿ߛЎབPDB䆄ᔩ᠔⼎ⱘϸ↉DŽ䖭Ͼֵᙃ≵᳝೼ϝ 㓈㒧ᵘ᭄᥂ᑧЁ㹿䆄ᔩDŽऩᄫ↡䫒ੑৡᮍḜϢ᠔ᵮВⱘ໻唤ߚᄤ䞣㘮ড়⠽ˈབ㸷໇⮙↦ˈⱘ ϝ㓈㒧ᵘᰃ᳝ೄ䲒ⱘˈ಴Ўऩᄫ↡䫒䆚߿఼ⱘৃ䆚߿ᘏ᭄ᰃ᳝䰤ⱘDŽ PDB䆄ᔩЁⱘ䱤ᗻᑣ߫㭈⎉೼⬅PDB᭛ӊЁⱘATOM䆄ᔩঞⳌᑨ˄;ˈ<ˈ=˅ԡ㕂തᷛᵘ៤ⱘ࣪ᄺ ゟԧ㒧ᵘЁDŽ೼㾷އ䇌བḌ䝌ᑣ߫ৢ৥㓪ⷕ៪䴲ᷛޚ෎⇼䝌䆚߿ㄝ߽⫼ᰒᗻᑣ߫᮴⊩ᯢ⹂㾷 އⱘ䯂乬ᯊˈ䱤ᗻᑣ߫ᰃकߚ⫼᳝ⱘDŽᅲ䏉Ёˈ䆌໮PDB᭛ӊ⌣㾜఼ˈབRasmolˈҙ⫼䱤ᗻᑣ ߫䞡ᵘPDB䆄ᔩ㲟ⱑ䋼ⱘ࣪ᄺ೒䈵ˈ㗠ᗑ⬹⬅SEQRESᓩᇐⱘᰒᗻᑣֵ߫ᙃDŽ㢹㽕∖䖭㉏䕃ӊᠧ ॄᶤϡᅠᭈⱘߚᄤᑣ߫ˈ݊ᠧॄ㒧ᵰᑣ߫೼⦄ᅲЁᇚᑊϡᄬ೼DŽ᠔ҹ䇈䱤ᗻᑣ߫ᇮϡ䎇Ѣ䞡 ᵘᅠᭈⱘ࣪ᄺ೒ڣDŽ В՟䇈ᯢˈ؛䆒೼PDB᭛ӊSEQRESᴵⳂЁᄬ೼ϔϾᑣ߫ELVISISALINESˈԚ㔎ᇥᄤᑣ߫ISAⱘ ˄;ˈ<ˈ=˅ԡ㕂തֵᷛᙃˈ䯙䇏䱤ᗻᑣ߫ⱘ䕃ӊӮ䫭䇃ഄᵘᓎELVISLINESⱘ࣪ᄺ೒䈵DŽ⫼Ѣ ⌟䆩䕃ӊᰃ৺ҙձ䌪䱤ᗻᑣ߫এߚᵤ㒧ᵘֵᙃⱘḋᴀ⌟䆩㒧ᵘ3TS1˄Brickㄝˈ1989˅೼Java ϝ㓈㒧ᵘ⌣㾜఼WebmolЁⱘ೒ڣབ೒3.3᠔⼎DŽ z PDBᑣ߫偠䆕 Ўড়⧚ഄẔ偠ᴹ㞾PDB䆄ᔩⱘᑣ߫ˈᖙ乏ܜ㦋ᕫATOM䆄ᔩЁⱘ䱤ᗻᑣ߫DŽ䖭ϔℹᑊϡ㐕⧤DŽ㢹 㒧ᵘ಴䯈ᮁ㗠ϡᅠᭈˈ߭㒭ᅮ䫒Ӯᢹ᳝ϔ༫䱤ᗻᑣ߫ḚᶊDŽ↣ϾḚᶊϢSEQRESᴵⳂЁⳌᑨ䫒 ⱘᰒᗻᑣ߫ⳌᇍᑨDŽ⫼䖭⾡ᮍᓣৃѻ⫳ࣙᣀৃ㛑϶༅തֵᷛᙃⱘ䙷䚼ߚ⫳⠽ᑣ߫೼ݙⱘᅠᭈ ࣪ᄺ೒䈵DŽ㗠䖭⾡偠䆕䳔ҹMMDBǃmmCIF᭄᥂ᑧⱘᓎゟЎ⠽䋼෎⸔DŽ ⬅PDB㒧ᵘ䆄ᔩ㸡⫳ߎᴹⱘऩᄫ↡㓪ⷕ㉏ൟ㲟ⱑ䋼ǃḌ䝌ᑣ߫Ẕ偠ḋᴀ᳔དᴹ㞾NCBI Entrez ԧ㋏ⱘMMDBDŽབᇍ㛄ቯ㋴䖭ḋⱘᑣ߫䆄ᔩ㋏㒳ഄᓎゟњ᭄᥂ᑧ䰘ᔩˈ߽⫼䰘ᔩ˖ pdb|3INS|Aˈ pdb|3INS| Bˈpdb|3INS|Cˈ pdb|3INS|Dˈৃҹ⬅EntrezЁ㹿ࡆߚⱘ㲟ⱑ䋼ᑣ ߫ᘶ໡ᅠᭈⱘᑣ߫DŽPDB᭛ӊЁࣙ৿Swiss-Port㲟ⱑ䋼᭄᥂ᑧDBXREFᑣ߫䆄ᔩⱘখ㗗䇈ᯢDŽҹ ϟϸ⚍䳔㽕⊼ᛣ˖݊ϔˈ಴ЎẔ偠⿟ᑣ೼䫒᥹䖛⿟Ё᳾㹿ᅲ⦄ˈ᠔ҹSwiss-PortЁⱘᑣ߫ϡ 䳔Ϣ㒧ᵘϔǃϔᇍᑨ˗݊Ѡˈ䆌໮PDB᭛ӊߚ㉏ㅔऩ㗠৿㊞ϡ⏙ˈ䖭ϔ⚍೼ϔѯ⑤㞾ϡৠ⾡㉏ ⱘߚᄤ໡ড়⠽ⱘϝ㓈㒧ᵘЁ᳝᠔㸼⦄DŽ ǏMMDB˖NCBIⱘߚᄤᓎ῵᭄᥂ᑧǐ z ὖ䗄 NCBIⱘߚᄤ῵ൟ᭄᥂ᑧMMDD˄Hogueㄝˈ1996˅ᰃNCBI Entrezԧ㋏˄Schulerㄝˈ1996˅ⱘϔ 䚼ߚDŽ݊Ёಞᣀњ⬅᱊ԧ㸡ᇘ੠Ḍ⺕݅ᤃᅲ偠ⷨおᕫࠄⱘ᠔᳝PDB˄Bernsteinㄝˈ1977˅⫳ ⠽ߚᄤϝ㓈㒧ᵘDŽMMDBᰃASN.1䆄ᔩḐᓣˈ㗠䴲PDB䆄ᔩḐᓣⱘ᭄᥂ᑧDŽMMDB㒧ᵘϢॳྟⱘPDB 㒧ᵘⳌ↨ˈ๲ࡴњϔѯ䰘ࡴֵᙃˈࣙᣀ㒣⿟ᑣ偠䆕ⱘᰒᗻ࣪ᄺ೒ڣֵᙃˈϔ㟈ⱘѠ㑻㒧ᵘ㸡 ⫳ᅮНˈϢMEDLINEⳌऍ䜡ⱘᓩ⫼ˈ෎Ѣ⑤㞾⫳⠽ᅲԧⱘ㲟ⱑ䋼៪Ḍ䝌䫒䖯㸠ߚ㉏ⱘߚᄤऍ 䜡DŽ z MMDB᭄᥂ᑧ᳡ࡵ NCBIⱘMMDBᦤկњ䇌བ㹿Ẕ偠ᑣ߫ⱘBLASTẔ㋶ˈ㒧ᵘᑣ߫ऍ䜡ˈ᭛ӊḐᓣ䕀ᤶˈ㓪⿟⬠䴶 ᰒ⼎ㄝ᳡ࡵDŽ z 㒧ᵘ䆄ᔩ᭛ᴀᶹ䆶 ℷབ݊ᅗϝ㓈㒧ᵘ᳡ࡵ䙷ḋˈMMDB᭄᥂ᑧৃ߽⫼WWW EntrezঞNetwork Entrez˄Schuler ㄝˈ1996˅䖯㸠᭛ᴀᶹ䆶DŽMMDBѺ⿄ЎEntrez Structure㒘ߚDŽMMDBẔ㋶ඳࣙ৿PDBǃMMDBⱘ ㄀ϝゴ㒧ᵘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ4/10 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ϝゴ㒧ᵘ᭄᥂ᑧ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com