树推断出共同祖先和进化方向,而有的却不能。无根树没有层次结构,无根树只说明了节点 之间的关系,没有关于进化发生方向的信息。但是,通过使用外部参考物种(那些明确地最 早从被研究物种中分化出来的物种),可以在无根树中指派根节点。例如,在研究人类和大 猩猩时,可用狒狒作为外部参考物种,树的根节点可以放在连接狒狒与人和大猩猩共同祖先 的分支上。 叉树是一种特殊的树,每个节点最多有两个子节点。在有权值的树中,分支的长度(或 权值)一般与分类单元之间的变化成正比,它是关于生物进化时间或者遗传距离的一种度量 形式。一般假设存在一个分子钟,进化的速率恒定。 系统发生树具有以下性质 (1)如果是一棵有根树,则树根代表在进化历史上是最早的、并且与其它所有分类单元都 有联系的分类单元 (2)如果找不到可以作为树根的单元,则系统发生树是无根树 (3)从根节点出发,到任何一个节点的路径均指明进化时间或者进化距离 图6.1(a)所示的是一棵有根树,而图6.1(b)显示的是一棵无根树,图中的A、B、C、D 为所研究的分类单元 对于给定的分类单元数,有很多棵可能的系统发生树,但是只有一棵树是正确的,分析的目 标就是要寻找这棵正确的树 树根 图6.1系统发生树。(a)有根树;(b)无根树。树推断出共同祖先和进化方向，而有的却不能。无根树没有层次结构，无根树只说明了节点 之间的关系，没有关于进化发生方向的信息。但是，通过使用外部参考物种（那些明确地最 早从被研究物种中分化出来的物种），可以在无根树中指派根节点。例如，在研究人类和大 猩猩时，可用狒狒作为外部参考物种，树的根节点可以放在连接狒狒与人和大猩猩共同祖先 的分支上。 二叉树是一种特殊的树，每个节点最多有两个子节点。在有权值的树中，分支的长度（或 权值）一般与分类单元之间的变化成正比，它是关于生物进化时间或者遗传距离的一种度量 形式。一般假设存在一个分子钟，进化的速率恒定。 系统发生树具有以下性质： （1）如果是一棵有根树，则树根代表在进化历史上是最早的、并且与其它所有分类单元都 有联系的分类单元； （2）如果找不到可以作为树根的单元，则系统发生树是无根树； （3）从根节点出发，到任何一个节点的路径均指明进化时间或者进化距离。 图 6.1(a)所示的是一棵有根树，而图 6.1(b)显示的是一棵无根树，图中的 A、B、C、D 为所研究的分类单元。 对于给定的分类单元数，有很多棵可能的系统发生树，但是只有一棵树是正确的，分析的目 标就是要寻找这棵正确的树