第十二章鼠类和人类公用物理图谱数据库的使用 页码,5/1 快的网络连接,最好将同时浏览的图谱的数目限制在3个以内 图谱被整理后,将会打开一个新的窗口,以肩并肩的方式演示被选中的图(如图12.6),两 个或多个图中均用到的标记物用线相连,应注意有时也存在矛盾现象。 要得到演示图谱中一个标记物的其它信息,可双击它的名称。浏览器窗口将会返回前一页并 演示所选标记物在GDB中的词条。这个词条将会包括与GDB中其它信息的超链接( hyperl i nk) (如目录词条)和一些其它的生物数据库 要得到制图方法的信息或关于一张特定图的其它信息,双击其垂直的主干,得到一张网页 描述图谱并给出详尽的信息。(警告:不要关掉 Mapi ew,后的浏览器窗口,由于Java安全性的 一个特点,微程序只有当浏览器窗口开着时才能演示关于所选标记物的信息)。 Mapi ew(图片演示)中的演示可通过选择iew(演示)菜单中的 Marker Names(标记物名 称)或 Di spl ay Options(演示选项)来调整。这些选项可以让用户开或者关某些图的演 改变图谱的相对摆放顺序、并熟练选择标记物的名称。标记物被演示时默认为使用其基因座D 片断名。但有时候如果使用最初实验室里的命名,信息量将会更大,因为这会对标记物的 本质提供一些线索(例如,它是微卫星重复片断,还是一段表达序列) 要在图上搜索一个特定的标记物,应从Edit(编辑)菜单中选择Find(寻找)一项。输入 个或多个标记物的名称再按0K按钮。标记物的任何别名都能使用,也可用一个单*号,被选中 的标记物高亮度显示并滚动到视野内 来自个体来源的基因组范围图谱 尽管一级数据库,如Eηtrez和GDB是已发表的图谱的重要来源,但是它们还没有能替代原始数 据的东西。有能力制作自己的物理图谱的实验室一般都有自己的网址,连向它们的图谱数据 库。通过从这一渠道直接获取资料,我们可以看到制图实验室所使用的图的形式、下载原始 数据、并且了解实验室制图时的协议。另外,一些图在出现于Eηtrez和GDB前经常被丢掉。 Entrez和GDB数据库选择的表达方式,对那些希望将新的标记物定位于已知物理图谱上的研究 者来说,只提供了最小的帮助 基因组的基因图谱 尽管本章讨论的是物理图谱的来源,但若不涉及基因图谱,这些讨论就不能算全面,因为后 者是制作许多物理图谱时工作的基本骨架,也是许多制图项目的起点。有两种基因组范围的 基因图谱可供选择。 Genethon图( Dib et a.,19%6)含5264个多样性微卫星重复片断,间 隔1.6cM。完整的数据库文件,以及图谱的 PostScri pt方式图形表示,在 Gene thon的FTP站点 上均可获得,这些图通过GDB也可以获得 第二大基因图谱由 Cooperati ve Human Li nkage Center(公用人类链接中心)( Murray et a|.,1994)制造,CHLC图由10775个标记物组成,大多数为微卫星重复片断,间隔3.7cM。 人类基因组的转录物图 在1996年10月, Horno sapiens的一个全基因组转录物图由一个国际合作的研究实验室发表于 Science上( Schuler et a.,1996)。这个图由~15000个不同的表达序列组成,由放射性 杂交法定位,与 Genethon基因图谱衍生的框架相近。通过对酵母人工染色体作STS含量法又增 添了1000个表达序列。在这张图中,大约1/5的标记物有已知的或是假定的功能,而余下的代 表了未知功能的表达序列。制成图的序列一般由 Uni geneset衍生而来,它是一个由NCB管理 的公用重复ESTs数据库。 file://E:\wcb\生物信息学(中译本)\第十二章鼠类和人类公用物理图谱 2005-1-18ᖿⱘ㔥㒰䖲᥹ˈ᳔དᇚৠᯊ⌣㾜ⱘ೒䈅ⱘ᭄Ⳃ䰤ࠊ೼ϾҹݙDŽ ೒䈅㹿ᭈ⧚ৢˈᇚӮᠧᓔϔϾᮄⱘにষˈҹ㙽ᑊ㙽ⱘᮍᓣⓨ⼎㹿䗝Ёⱘ೒˄བ೒12.6˅ˈϸ Ͼ៪໮Ͼ೒Ёഛ⫼ࠄⱘᷛ䆄⠽⫼㒓Ⳍ䖲ˈᑨ⊼ᛣ᳝ᯊгᄬ೼⶯Ⳓ⦄䈵DŽ 㽕ᕫࠄⓨ⼎೒䈅ЁϔϾᷛ䆄⠽ⱘ݊ᅗֵᙃˈৃঠߏᅗⱘৡ⿄DŽ⌣㾜఼にষᇚӮ䖨ಲࠡϔ义ᑊ ⓨ⼎᠔䗝ᷛ䆄⠽೼GDBЁⱘ䆡ᴵDŽ䖭Ͼ䆡ᴵᇚӮࣙᣀϢGDBЁ݊ᅗֵᙃⱘ䍙䫒᥹˄hyperlink˅ ˄བⳂᔩ䆡ᴵ˅੠ϔѯ݊ᅗⱘ⫳⠽᭄᥂ᑧDŽ 㽕ᕫࠊࠄ೒ᮍ⊩ⱘֵᙃ៪݇Ѣϔᓴ⡍ᅮ೒ⱘ݊ᅗֵᙃˈঠߏൖ݊ⳈⱘЏᑆˈᕫࠄϔᓴ㔥义ˈ ᦣ䗄೒䈅ᑊ㒭ߎ䆺ሑⱘֵᙃDŽ˄䄺ਞ˖ϡ㽕݇ᥝMapviewৢⱘ⌣㾜఼にষˈ⬅ѢJavaᅝܼᗻⱘ ϔϾ⡍⚍ˈᖂ⿟ᑣা᳝ᔧ⌣㾜఼にষᓔⴔᯊᠡ㛑ⓨ⼎݇Ѣ᠔䗝ᷛ䆄⠽ⱘֵᙃ˅DŽ Mapview˄೒⠛ⓨ⼎˅Ёⱘⓨ⼎ৃ䗮䖛䗝ᢽView˄ⓨ⼎˅㦰ऩЁⱘMarker Names˄ᷛ䆄⠽ৡ ⿄˅៪Display Options˄ⓨ⼎䗝乍˅ᴹ䇗ᭈDŽ䖭ѯ䗝乍ৃҹ䅽⫼᠋ᓔ៪㗙݇ᶤѯ೒ⱘⓨ⼎ǃ ᬍব೒䈅ⱘⳌᇍᨚᬒ乎ᑣǃᑊ❳㒗䗝ᢽᷛ䆄⠽ⱘৡ⿄DŽᷛ䆄⠽㹿ⓨ⼎ᯊ咬䅸ЎՓ⫼݊෎಴ᑻD ˉ⠛ᮁৡDŽԚ᳝ᯊ׭བᵰՓ⫼᳔߱ᅲ偠ᅸ䞠ⱘੑৡˈֵᙃ䞣ᇚӮ᳈໻ˈ಴Ў䖭Ӯᇍᷛ䆄⠽ⱘ ᴀ䋼ᦤկϔѯ㒓㋶˄՟བˈᅗᰃᖂि᯳䞡໡⠛ᮁˈ䖬ᰃϔ↉㸼䖒ᑣ߫˅DŽ 㽕೼೒Ϟ᧰㋶ϔϾ⡍ᅮⱘᷛ䆄⠽ˈᑨҢEdit˄㓪䕥˅㦰ऩЁ䗝ᢽFind˄ᇏᡒ˅ϔ乍DŽ䕧ܹϔ Ͼ៪໮Ͼᷛ䆄⠽ⱘৡ⿄ݡᣝOKᣝ䪂DŽᷛ䆄⠽ⱘӏԩ߿ৡ䛑㛑Փ⫼ˈгৃ⫼ϔϾऩ োˈ㹿䗝Ё ⱘᷛ䆄⠽催҂ᑺᰒ⼎ᑊ⒮ࠄࡼ㾚䞢ݙDŽ ᴹ㞾Ͼԧᴹ⑤ⱘ෎಴㒘㣗ೈ೒䈅 ሑㅵϔ㑻᭄᥂ᑧˈབEntrez੠GDBᰃᏆথ㸼ⱘ೒䈅ⱘ䞡㽕ᴹ⑤ˈԚᰃᅗӀ䖬≵᳝㛑᳓ҷॳྟ᭄ ᥂ⱘϰ㽓DŽ᳝㛑ࠊ࡯԰㞾Ꮕⱘ⠽⧚೒䈅ⱘᅲ偠ᅸϔ㠀䛑᳝㞾Ꮕⱘ㔥ഔˈ䖲৥ᅗӀⱘ೒䈅᭄᥂ ᑧDŽ䗮䖛Ң䖭ϔ⏴䘧Ⳉ᥹㦋প䌘᭭ˈ៥Ӏৃҹⳟࠊࠄ೒ᅲ偠ᅸ᠔Փ⫼ⱘ೒ⱘᔶᓣǃϟ䕑ॳྟ ᭄᥂ǃᑊϨњ㾷ᅲ偠ᅸࠊᯊ೒ⱘण䆂DŽ঺໪ˈϔѯ೒೼ߎ⦃ѢEntrez੠GDBࠡ㒣ᐌ㹿϶ᥝDŽ Entrez੠GDB᭄᥂ᑧ䗝ᢽⱘ㸼䖒ᮍᓣˈᇍ䙷ѯᏠᳯᇚᮄⱘᷛ䆄⠽ᅮԡѢᏆⶹ⠽⧚೒䈅Ϟⱘⷨお 㗙ᴹ䇈ˈাᦤկњ᳔ᇣⱘᐂࡽDŽ ෎಴㒘ⱘ෎಴೒䈅 ሑㅵᴀゴ䅼䆎ⱘᰃ⠽⧚೒䈅ⱘᴹ⑤ˈԚ㢹ϡ⍝ঞ෎಴೒䈅ˈ䖭ѯ䅼䆎ህϡ㛑ㅫܼ䴶ˈ಴Ўৢ 㗙ᰃࠊ԰䆌໮⠽⧚೒䈅ᯊᎹ԰ⱘ෎ᴀ偼ᶊˈгᰃ䆌໮ࠊ೒乍Ⳃⱘ䍋⚍DŽ᳝ϸ⾡෎಴㒘㣗ೈⱘ ෎಴೒䈅ৃկ䗝ᢽDŽGenethon೒˄Dib et al., 1996˅৿5264Ͼ໮ḋᗻᖂि᯳䞡໡⠛ᮁˈ䯈 䱨1.6cMDŽᅠᭈⱘ᭄᥂ᑧ᭛ӊˈҹঞ೒䈅ⱘPostScriptᮍᓣ೒ᔶ㸼⼎ˈ೼GenethonⱘFTPキ⚍ Ϟഛৃ㦋ᕫˈ䖭ѯ೒䗮䖛GDBгৃҹ㦋ᕫDŽ ㄀Ѡ໻෎಴೒䈅⬅Cooperative Human Linkage Center˄݀⫼Ҏ㉏䫒᥹Ёᖗ˅˄Murray et al., 1994˅ࠊ䗴ˈCHLC೒⬅10775Ͼᷛ䆄⠽㒘៤ˈ໻໮᭄Ўᖂि᯳䞡໡⠛ᮁˈ䯈䱨3.7cMDŽ Ҏ㉏෎಴㒘ⱘ䕀ᔩ⠽೒ ೼1996ᑈ10᳜ˈHorno sapiensⱘϔϾܼ෎಴㒘䕀ᔩ⠽೒⬅ϔϾ೑䰙ড়԰ⱘⷨおᅲ偠ᅸথ㸼Ѣ ScienceϞ˄Schuler et al., 1996˅DŽ䖭Ͼ೒⬅̚15000Ͼϡৠⱘ㸼䖒ᑣ߫㒘៤ˈ⬅ᬒᇘᗻ ᴖѸ⊩ᅮԡˈϢGenethon෎಴೒䈅㸡⫳ⱘḚᶊⳌ䖥DŽ䗮䖛ᇍ䝉↡ҎᎹᶧ㡆ԧ԰STS৿䞣⊩জ๲ ⏏њ1000Ͼ㸼䖒ᑣ߫DŽ೼䖭ᓴ೒Ёˈ໻㑺1/5ⱘᷛ䆄⠽᳝Ꮖⶹⱘ៪ᰃ؛ᅮⱘࡳ㛑ˈ㗠ԭϟⱘҷ 㸼њ᳾ⶹࡳ㛑ⱘ㸼䖒ᑣ߫DŽࠊ៤೒ⱘᑣ߫ϔ㠀⬅UniGeneset㸡⫳㗠ᴹˈᅗᰃϔϾ⬅NCBIㅵ⧚ ⱘ݀⫼䞡໡ESTs᭄᥂ᑧDŽ ㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅᭄᥂ᑧⱘՓ⫼ 义ⷕˈ5/18 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com