第十二章鼠类和人类公用物理图谱数据库的使用 页码,6/1 转录物图是通过将八家不同实验室的图谱数据综合而得到的。为协调制图方法的些微不同, 表达序列被放在由 Genethon基因图谱衍生的框架上。结果,该图的最大分辨率为~2CM。很多 情况下,可以从各个实验室的数据库里得到针对某一部分数据更好的制图信息,特别是the Whi tehead insti tute和 Stanford Uni versi ty的。 浏览NCB转录物图 转录物图可在两个网址上得到。数据的“亲本”站点为NCB。在那儿可以找到含有全基因组 转录物图的 Science文章的全文,以及彩色的图象,但一般都只有装饰性的墙面图案。另外, 也有搜索页可以让浏览者对特别感兴趣的基因进行查询,或是通过对功能未知,但其读码框 与某已知功能的蛋白质相近的表达序列图谱进行搜索 NCB网址的一个限制就是它不能在低分辨率标记物分布柱形图上提供转录物图的图形。但是 通过 Mapi ew微程序就可以得到其图形显示。从GDB的首页,沿着What'sNew的链接,可找到 全基因组转录物图(到本书出版时链接形式可能已有所不同)。同样,可以认为转录物图也 是 Entrez网将要制作的一部分 任何支持网络浏览器的计算机系统都可用来浏览NCB转录物图,要求是应连向 Internet并支 持TCP/P。通过 nternet服务器可能形成一个 dedi cated网络连接或是一个拨号连接。因为这 个网址图形不多,所以连接速度不要求很快 首先,点击 Science转录物图网页所在的浏览器,得到转录物图的主页,通过其鲜快的桃红背 景很容易认出它。现在,寻找并点击标有 Reasearch Tool s Page(研究工具页)的链接。 般这个链接很不起眼(它在该页的右方,图的下方),这个链接会引向一个有几种搜索方式 的窗口,你可以按址、按假定功能或只按序列进行搜索 要想搜索基因组的一个特定区域中特殊目的基因的图谱,可选择标有 Map Search(搜索图 谱)的链接,得到含有一列染色体的页面。选择感兴趣的染色体,得到与图12.7相似的页 面。现在,在标有 Interval(间隔)栏中,输入两个 Gene thon基因标记物来定义你感兴趣的 区域 Genethon图可从GDB得到,或直接在上面所给的URL上的 Gene thon中得到。例如,如图12.7所 示,要搜索位于染色体18的 Gene thon图上32cM和34cM中的表达序列,可输入D18S464 D18S153,再按 Select Markers(选择标记物)键开始搜索,得到列有目标区域中表达序列 的页面(图12.7),其中每个EST位于不同列,并有简短说明。附言“ Hi ghl y si mi l ar to 或“ Si mi l ar to”说明它不对应已知基因,但与 Swi ss-Prot中的某个基因相似 每个转录物的名称都是一个超文字链接。选择此链接会产生一个页面,对转录物进行详细说 明。在可获得信息中有重叠基因表、形成转录物群的ESTS、CDNA的准备原始材料,转录物的 克隆1D(在1.M.A.G. E Consorti um的网页可得到大多数ESTs的克隆号)、 Swiss-Prot相似性 搜索结果,以及 Entrez中关于其序列和词条信息的链接。 要想根据名称或假定功能搜索一个图中的转录物,应回到搜索页并选择 Text search(主题搜 索)。接着会弹出一页,上面有一个或多个搜索项。你可以搜索以下类型的内容, Gen Bank中 的一个通道号、一个标记物或地点名称、在转录物 Gen Bank词条的说明区内找到的一个说明性 词语、或是在 Swiss-Prot词条的说明区内找到的说明性词语,转录物与之很相似。你可以同 时限定很多搜索项,这样搜索系统会挑出含所有项的那些词条。 按 Search搜索键提交搜索,将会出现一列符合条件的转录物,其形式与前所述搜索的图谱相 似。例如搜索 krabi n(角蛋白)通常会得到17种 keratin和与 keratin相似的转录物,并指出 它们在图中的位置 file://E:\wcb\生物信息学(中译本)\第十二章鼠类和人类公用物理图谱 2005-1-18䕀ᔩ⠽೒ᰃ䗮䖛ᇚܿᆊϡৠᅲ偠ᅸⱘ೒䈅᭄᥂㓐ড়㗠ᕫࠄⱘDŽЎण䇗ࠊ೒ᮍ⊩ⱘѯᖂϡৠˈ 㸼䖒ᑣ߫㹿ᬒ೼⬅Genethon෎಴೒䈅㸡⫳ⱘḚᶊϞDŽ㒧ᵰˈ䆹೒ⱘ᳔໻ߚ䕼⥛Ў̚2cMDŽᕜ໮ ᚙމϟˈৃҹҢ৘Ͼᅲ偠ᅸⱘ᭄᥂ᑧ䞠ᕫࠄ䩜ᇍᶤϔ䚼ߚ᭄᥂᳈དⱘࠊֵ೒ᙃˈ⡍߿ᰃthe Whitehead Institute੠Stanford UniversityⱘDŽ ⌣㾜NCBI䕀ᔩ⠽೒ 䕀ᔩ⠽೒ৃ೼ϸϾ㔥ഔϞᕫࠄDŽ᭄᥂ⱘĀ҆ᴀāキ⚍ЎNCBIDŽ೼䙷ܓৃҹᡒࠄ಴෎ܼ᳝৿㒘 䕀ᔩ⠽೒ⱘScience᭛ゴⱘܼ᭛ˈҹঞᔽ㡆ⱘ೒䈵ˈԚϔ㠀䛑া᳝㺙佄ᗻⱘ๭䴶೒ḜDŽ঺໪ˈ г᳝᧰㋶义ৃҹ䅽⌣㾜㗙ᇍ⡍߿݈ᛳ䍷ⱘ෎಴䖯㸠ᶹ䆶ˈ៪ᰃ䗮䖛ᇍࡳ㛑᳾ⶹˈԚ݊䇏ⷕḚ ϢᶤᏆⶹࡳ㛑ⱘ㲟ⱑ䋼Ⳍ䖥ⱘ㸼䖒ᑣ߫೒䈅䖯㸠᧰㋶DŽ NCBI㔥ഔⱘϔϾ䰤ࠊህᰃᅗϡ㛑೼Ԣߚ䕼⥛ᷛ䆄⠽ߚᏗ᷅ᔶ೒Ϟᦤկ䕀ᔩ⠽೒ⱘ೒ᔶDŽԚᰃ 䗮䖛Mapviewᖂ⿟ᑣህৃҹᕫࠄ೒݊ᔶᰒ⼎DŽҢGDBⱘ佪义ˈ⊓ⴔWhat’s Newⱘ䫒᥹ˈৃᡒࠄ ܼ෎಴㒘䕀ᔩ⠽೒˄ࠄᴀкߎ⠜ᯊ䫒᥹ᔶᓣৃ㛑Ꮖ᳝᠔ϡৠ˅DŽৠḋˈৃҹ䅸Ў䕀ᔩ⠽೒г ᰃEntrez㔥ᇚ㽕ࠊ԰ⱘϔ䚼ߚDŽ ӏԩᬃᣕ㔥㒰⌣㾜఼ⱘ䅵ㅫᴎ㋏㒳䛑ৃ⫼ᴹ⌣㾜NCBI䕀ᔩ⠽೒ˈ㽕∖ᰃᑨ䖲৥Internetᑊᬃ ᣕTCP/IPDŽ䗮䖛Internet᳡ࡵৃ఼㛑ᔶ៤ϔϾdedicated㔥㒰䖲᥹៪ᰃϔϾᢼো䖲᥹DŽ಴Ў䖭 Ͼ㔥ഔ೒ᔶϡ໮ˈ᠔ҹ䖲᥹䗳ᑺϡ㽕∖ᕜᖿDŽ 佪ܜ⚍ˈߏScience䕀ᔩ⠽೒㔥义᠔೼ⱘ⌣㾜఼ˈᕫࠄ䕀ᔩ⠽೒ⱘЏ义ˈ䗮䖛݊剰ᖿⱘḗ㑶㚠 ᱃ᕜᆍᯧ䅸ߎᅗDŽ⦄೼ˈᇏᡒᑊ⚍ߏ᳝ᷛReasearch Tools Page˄ⷨおᎹ݋义˅ⱘ䫒᥹DŽϔ 㠀䖭Ͼ䫒᥹ᕜϡ䍋ⴐ˄ᅗ೼䆹义ⱘেᮍˈ೒ⱘϟᮍ˅ˈ䖭Ͼ䫒᥹Ӯᓩ৥ϔϾ᳝޴᧰辵㋶ᮍᓣ ⱘにষˈԴৃҹᣝഔǃᣝ؛ᅮࡳ㛑៪াᣝᑣ߫䖯㸠᧰㋶DŽ 㽕ᛇ᧰㋶෎಴㒘ⱘϔϾ⡍ᅮऎඳЁ⡍⅞Ⳃⱘ෎಴ⱘ೒䈅ˈৃ䗝ᢽ᳝ᷛMap Search˄᧰㋶೒ 䈅˅ⱘ䫒᥹ˈᕫࠄ᳝৿ϔ߫ᶧ㡆ԧⱘ义䴶DŽ䗝ᢽᛳ݈䍷ⱘᶧ㡆ԧˈᕫࠄϢ೒12.7ⳌԐⱘ义 䴶DŽ⦄೼ˈ೼᳝ᷛInterval˄䯈䱨˅ᷣЁˈ䕧ܹϸϾGenethon෎಴ᷛ䆄⠽ᴹᅮНԴᛳ݈䍷ⱘ ऎඳDŽ Genethon೒ৃҢGDBᕫࠄ៪ˈⳈ᥹೼Ϟ䴶᠔㒭ⱘURLϞⱘGenethonЁᕫࠄDŽ՟བˈབ೒12.7᠔ ⼎ˈ㽕᧰㋶ԡѢᶧ㡆ԧ18ⱘGenethon೒Ϟ32cM੠34cMЁⱘ㸼䖒ᑣ߫ˈৃ䕧ܹD18S464ˉ D18S1153ˈݡᣝSelect Markers˄䗝ᢽᷛ䆄⠽˅䬂ᓔྟ᧰㋶ˈᕫࠄ᳝߫ⳂᷛऎඳЁ㸼䖒ᑣ߫ ⱘ义䴶˄೒12.7˅ˈ݊Ё↣ϾESTԡѢϡৠ߫ˈᑊ᳝ㅔⷁ䇈ᯢDŽ䰘㿔“Highly similar to” ៪“Similar to”䇈ᯢᅗϡᇍᑨᏆⶹ෎಴ˈԚϢSwiss-ProtЁⱘᶤϾ෎಴ⳌԐDŽ ↣Ͼ䕀ᔩ⠽ⱘৡ⿄䛑ᰃϔϾ䍙᭛ᄫ䫒᥹DŽ䗝ᢽℸ䫒᥹Ӯѻ⫳ϔϾ义䴶ˈᇍ䕀ᔩ⠽䖯㸠䆺㒚䇈 ᯢDŽ೼ৃ㦋ᕫֵᙃЁ᳝䞡঴෎಴㸼ǃᔶ៤䕀ᔩ⠽㕸ⱘESTsǃcDNAⱘޚྟॳ໛ᴤ᭭ˈ䕀ᔩ⠽ⱘ ܟ䱚ID˄೼I.M.A.G.E Consortiumⱘ㔥义ৃᕫࠄ໮໻᭄ESTsⱘܟ䱚ো˅ǃSwiss-ProtⳌԐᗻ ᧰㋶㒧ᵰˈҹঞEntrezЁ݇Ѣ݊ᑣ߫੠䆡ᴵֵᙃⱘ䫒᥹DŽ 㽕ᛇḍ᥂ৡ⿄៪؛ᅮࡳ㛑᧰㋶ϔϾ೒Ёⱘ䕀ᔩ⠽ˈᑨಲࠄ᧰㋶义ᑊ䗝ᢽText Search˄Џ乬᧰ ㋶˅DŽ᥹ⴔӮᔍߎϔ义ˈϞ䴶᳝ϔϾ៪໮Ͼ᧰㋶乍DŽԴৃҹ᧰㋶ҹϟ㉏ൟⱘݙᆍˈGenBankЁ ⱘϔϾ䗮䘧োǃϔϾᷛ䆄⠽៪ഄ⚍ৡ⿄ǃ೼䕀ᔩ⠽GenBank䆡ᴵⱘ䇈ᯢऎݙᡒࠄⱘϔϾ䇈ᯢᗻ 䆡䇁ǃ៪ᰃ೼Swiss-Prot䆡ᴵⱘ䇈ᯢऎݙᡒࠄⱘ䇈ᯢᗻ䆡䇁ˈ䕀ᔩ⠽ϢПᕜⳌԐDŽԴৃҹৠ ᯊ䰤ᅮᕜ໮᧰㋶乍ˈ䖭ḋ᧰㋶㋏㒳Ӯᣥߎ৿᠔᳝乍ⱘ䙷ѯ䆡ᴵDŽ ᣝSearch᧰㋶䬂ᦤѸ᧰㋶ˈᇚӮߎ⦃ϔ߫ヺড়ᴵӊⱘ䕀ᔩ⠽ˈ݊ᔶᓣϢࠡ᠔䗄᧰㋶ⱘ೒䈅Ⳍ ԐDŽ՟བ᧰㋶kerabin˄㾦㲟ⱑ˅䗮ᐌӮᕫࠄ17⾡keratin੠ϢkeratinⳌԐⱘ䕀ᔩ⠽ˈᑊᣛߎ ᅗӀ೼೒Ёⱘԡ㕂DŽ ㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅᭄᥂ᑧⱘՓ⫼ 义ⷕˈ6/18 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कѠゴ哴㉏੠Ҏ㉏݀⫼⠽⧚೒䈅... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com