第四章应用GCG进行序列分析 页码,9/15 用查询序列搜索数据库,将找到的条目与查询序列进行对比并产生进化系统树 克隆并测序一个未知功能基因的用户可能希望在一个数据库中搜索相似的序列。如果搜索到 了,用户可能进一步希望创建与查询序列最相似的序列的多序列对比并产生数据的种系图 Edi tor中添加一个查询序列并从 Functi ons菜单中选取 FASTA程序。 FASTA程序 ( Pearson and Li pman,1988)在数据库中搜索与查询序列相似的序列。输出文件可从 Output Manager窗口中加以显示并直接添加到 SeaLab Edi tor中。在这个输出文件中数据库条目与查 询序列局部相似性最好的区域被加以标记。如果要显示的话,每个数据库条目只有这种区域 可以显示在 SeaLab Edi tor中。不要的条目可以从 SeqLab Edi tor中一起被删除 从 Functi ons菜单中选中Pi!eup程序创建这些序列的多序列对比。输出可从 Output Manager窗 口中加以显示并添加到 Sealab Edi to中更新已经存在的未对比序列。必要时可对这一对比结 果进行编辑,并且数据库条目的有用的特征表格信息也可以添加给査询序列 从 Functi ons菜单中选取 PaupSearch程序,程序提供了一个PAUP(进化系统简约性分析 ( Phyl ogenetic Anal ysi s Usi ng Parsi mony))( Swofford,1996)中树搜索方式的GC接 口。 PaupDi spl ay程序为PAUP中的树操作,鉴定以及显示方式提供了一个GC接口。 FASTA搜索 的输出,前6个序列的对比结果以及这一对比结果产生的进化树如图4.8所示 拼接交叠序列片段产生一连续序列,寻找并翻译这一序列的编码区域并在数据库中搜索相似 序列 克隆了一个基因,把它分解克隆为一组有交叠的序列片段并进行了测序的用户可能希望把这 些序列片段重新组装为一条连续的序列。一旦 conti g拼接完成,用户可能希望在序列中寻找 阅读框架,翻译并在数据库中搜索相似序列 Fragment Assmbly System的程序可用于拼接交叠序列片段。 Gel Start程序创建一个项目 Gel Enter程序把序列片段复制到项目中。 Gel Merge程序寻找片段之间的交叠并把它们拼接成 conti g。 Gel assembl e程序是一个编辑器,可用于编辑这些连续的部分并解决片段之间的冲突 问题。所有这些程序都可以从 Functi ons菜单中选取。一旦拼接完成,最终构成此 conti g的连 续序列可以被保存为一个序列文件并添加到 SeqLab Edi tor中。 使用Map、 Frames、 Test Code( Fiekett,1982)或 Codon preference( Gri skov et al.1983 程序可预测序列中的编码区(所有这些程序可以从 Functi ons菜单中选中)。使用Edit菜单的 Sel ect Range功能选择这些程序预测的区域并使用Edit菜单中的翻译操作把它们翻译为蛋白 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第四章应用GCG进行序列分析.htm 2005-1-18⫼ᶹ䆶ᑣ߫᧰㋶᭄᥂ᑧˈᇚᡒࠄⱘᴵⳂϢᶹ䆶ᑣ߫䖯㸠ᇍ↨ᑊѻ⫳䖯࣪LTD㒳ᷥ ܟ䱚ᑊ⌟ᑣϔϾ᳾ⶹࡳ㛑෎಴ⱘ⫼᠋ৃ㛑Ꮰᳯ೼ϔϾ᭄᥂ᑧЁ᧰㋶ⳌԐⱘᑣ߫DŽབᵰ᧰㋶ࠄ њˈ⫼᠋ৃ㛑䖯ϔℹᏠᳯ߯ᓎϢᶹ䆶ᑣ᳔߫ⳌԐⱘᑣ߫ⱘ໮ᑣ߫ᇍ↨ᑊѻ⫳᭄᥂ⱘ⾡㋏೒DŽ ᕔSeqLab EditorЁ⏏ࡴϔϾᶹ䆶ᑣ߫ᑊҢFunctions㦰ऩЁ䗝পFASTA⿟ᑣDŽFASTA⿟ᑣ (Pearson and Lipman, 1988)೼᭄᥂ᑧЁ᧰㋶Ϣᶹ䆶ᑣ߫ⳌԐⱘᑣ߫DŽ䕧ߎ᭛ӊৃҢOutput ManagerにষЁࡴҹᰒ⼎ᑊⳈ᥹⏏ࠄࡴSeqLab EditorЁDŽ೼䖭Ͼ䕧ߎ᭛ӊЁ᭄᥂ᑧᴵⳂϢᶹ 䆶ᑣ߫ሔ䚼ⳌԐᗻ᳔དⱘऎඳ㹿ࡴҹᷛ䆄DŽབᵰ㽕ᰒ⼎ⱘ䆱ˈ↣Ͼ᭄᥂ᑧᴵⳂা᳝䖭⾡ऎඳ ৃҹᰒ⼎೼SeqLab EditorЁDŽϡ㽕ⱘᴵⳂৃҹҢSeqLab EditorЁϔ䍋㹿ߴ䰸DŽ ҢFunctions㦰ऩЁ䗝ЁPileUp⿟ᑣ߯ᓎ䖭ѯᑣ߫ⱘ໮ᑣ߫ᇍ↨DŽ䕧ߎৃҢOutput Managerに ষЁࡴҹᰒ⼎ᑊ⏏ࠄࡴSeqLab EditorЁ᳈ᮄᏆ㒣ᄬ೼ⱘ᳾ᇍ↨ᑣ߫DŽᖙ㽕ᯊৃᇍ䖭ϔᇍ↨㒧 ᵰ䖯㸠㓪䕥ˈᑊϨ᭄᥂ᑧᴵⳂⱘ᳝⫼ⱘ⡍ᕕ㸼Ḑֵᙃгৃҹ⏏ࡴ㒭ᶹ䆶ᑣ߫DŽ ҢFunctions㦰ऩЁ䗝পPaupSearch⿟ᑣˈ⿟ᑣᦤկњϔϾPAUP˄䖯࣪LTD㒳ㅔ㑺ᗻߚᵤ ˄Phylogenetic Analysis Using Parsimony˅˅(Suofford, 1996)Ёᷥ᧰㋶ᮍᓣⱘGCG᥹ ষDŽPaupDisplay⿟ᑣЎPAUPЁⱘᷥ᪡԰ˈ䡈ᅮҹঞᰒ⼎ᮍᓣᦤկњϔϾGCG᥹ষDŽFASTA᧰㋶ ⱘ䕧ߎࠡˈϾᑣ߫ⱘᇍ↨㒧ᵰҹঞ䖭ϔᇍ↨㒧ᵰѻ⫳ⱘ䖯࣪ᷥབ೒4.8᠔⼎DŽ ᣐ᥹Ѹ঴ᑣ߫⠛↉ѻ⫳ϔ䖲㓁ᑣ߫ˈᇏᡒᑊ㗏䆥䖭ϔᑣ߫ⱘ㓪ⷕऎඳᑊ೼᭄᥂ᑧЁ᧰㋶ⳌԐ ᑣ߫ ܟ䱚њϔϾ෎಴ˈᡞᅗߚ㾷ܟ䱚Ўϔ㒘᳝Ѹ঴ⱘᑣ߫⠛↉ᑊ䖯㸠њ⌟ᑣⱘ⫼᠋ৃ㛑Ꮰᳯᡞ䖭 ѯᑣ߫⠛↉䞡ᮄ㒘㺙Ўϔᴵ䖲㓁ⱘᑣ߫DŽϔᮺcontigᣐ᥹ᅠ៤ˈ⫼᠋ৃ㛑Ꮰᳯ೼ᑣ߫Ёᇏᡒ 䯙䇏Ḛᶊˈ㗏䆥ᑊ೼᭄᥂ᑧЁ᧰㋶ⳌԐᑣ߫DŽ Fragment Assmbly Systemⱘ⿟ᑣৃ⫼Ѣᣐ᥹Ѹ঴ᑣ߫⠛↉DŽGelStart⿟ᑣ߯ᓎϔϾ乍ⳂDŽ GelEnter⿟ᑣᡞᑣ߫⠛↉໡ࠄࠊ乍ⳂЁDŽGelMerge⿟ᑣᇏᡒ⠛↉П䯈ⱘѸ঴ᑊᡞᅗӀᣐ᥹៤ contigDŽGelAssemble⿟ᑣᰃϔϾ㓪䕥఼ˈৃ⫼Ѣ㓪䕥䖭ѯ䖲㓁ⱘ䚼ߚᑊ㾷އ⠛↉П䯈ⱘކさ 䯂乬DŽ᠔᳝䖭ѯ⿟ᑣ䛑ৃҹҢFunctions㦰ऩЁ䗝পDŽϔᮺᣐ᥹ᅠ៤ˈ᳔㒜ᵘ៤ℸcontigⱘ䖲 㓁ᑣ߫ৃҹ㹿ֱᄬЎϔϾᑣ߫᭛ӊᑊ⏏ࠄࡴSeqLab EditorЁDŽ Փ⫼MapǃFramesǃTestCode(Fiekett, 1982)៪Codon Preference(Gribskov et al., 1983) ⿟ᑣৃ乘⌟ᑣ߫Ёⱘ㓪ⷕऎ˄᠔᳝䖭ѯ⿟ᑣৃҹҢFunctions㦰ऩЁ䗝Ё˅DŽՓ⫼Edit㦰ऩⱘ Select Rangeࡳ㛑䗝ᢽ䖭ѯ⿟ᑣ乘⌟ⱘऎඳᑊՓ⫼Edit㦰ऩЁⱘ㗏䆥᪡԰ᡞᅗӀ㗏䆥Ў㲟ⱑ ㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ 义ⷕˈ9/15 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com