第四章应用GCG进行序列分析 页码,10/15 。这些提出的翻译区域也可以作为核酸共有序列的特征被加入, 选取蛋白质序列然后选择 Functi ons菜单中 BLAST( Al tschul et al.,1990)。 BLAST程序在 数据库中搜索与査询序列相似的条目,此程序既可以进行远程搜索也可以进行本机搜索。搜 索结果可以从 Output Manager窗口中加以显示。如果被搜索的是一个本机的数据库,结果文 件可以加入 SeaLab Edi tor或 Main li st窗口中,并允许对找到的序列进行进一步分析 对比相关的蛋白质序列,计算对比结果的共有序列,辨识序列中新的特征序列模式,在数据 库中搜索包含此模式的序列或在对比结果的共有序列中搜索已知的蛋白质模式 辨识了一组相关序列的用户可能希望对其进行对比并计算对比结果的共有序列。如果可以在 对比结果中找到保守模式,用户可能希望在数据库中搜索包含这种模式的其它序列。用户可 能还希望在计算出的共有序列搜索已知的蛋白质模式 选取待对比的序列,从 Functi ons菜单中选取 Pi eUp程序创建多序列对比, PileUp程序的输出 文件可从0 utput Manager窗口中加以显示并添加到 SeaLab Edi tor中。用户可以对对比结果的 某个区域重新加以对比并以此替换原有的对比结果。只要选取一个区域并重新运行 Pi l eUp即 可。从 PileUp Opti ons窗口中选取" real i gn a porti on of an exi sting al i gnment(重新对 比一个已存在的对比结果的一部分)",这可能有利于选择一个替代评分矩阵或不同的创建和 扩展处罚。新的输出文件将包含最初的对比结果以及替换原始对比结果的重新对比的区域 用Edⅰt菜单中 Consensus操作计算对比结果的共有序列。如果保守模式可被辨识,从 Functi ons菜单中选取 FindPatterns选项。从共有序列中剪切下此特征序列模式并把它粘贴到 Fi ndPatterns模式选择器中,并在数据库中搜索包含这一模式的序列。 此外,运行 Motif程序可在共有序列中搜索已知的蛋白质模式。 Motif在蛋白质序列中搜索在 PR0STE,蛋白质位点和模式的PR0S|TE字典中已知的蛋白质模式( Bai roch et al 1997)。如果辨识出一个 Motif,则给所有序列增加一个特征,并标出它的位置。图4.9显示 了一个蛋白质序列的匹配、一个共有序列以及 Motif搜索的结果。 使用 Profi le进行相似性搜索并对比相关序列 序列分析的一个新的扩展领域是 Profile技术。一个 profile是一个位置特定的评分矩阵,它 包含了一个序列对比结果中每个位置的所有残基信息。这一点与共有序列不同,共有序列中 只包含每个位置的保守残基的信息。 Profile做好后可用于搜索数据库、数据库划分或在一个 集合中搜索与原始对比结果中的序列相似的序列。它也可以用于把一条单独的序列与一个对 比结果进行对比 使用 Profi l eMake程序( Gri skov et al 1987,1990)可创建一个序列对比结果的 profi le。使用 Profi l esearch程序可用 profi le对数据库进行搜索, Profi l sEgment程序可以 显示搜索结果( Gri skov et a.,1987,.1990)。使用 Profi l eGap程序可将一个序列与 profi le进行对比( Gri skov et al.1987,1990)。 Profi l emake, Profi l esearch, Profi l sEgments以及 Profi l eGap程序都可以从 Functi ons菜单中启动。 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第四章应用GCG进行序列分析.htm 2005-1-18䋼DŽ䖭ѯᦤߎⱘ㗏䆥ऎඳгৃҹ԰ЎḌ䝌᳝݅ᑣ߫ⱘ⡍ᕕ㹿ࡴܹDŽ 䗝প㲟ⱑ䋼ᑣ߫✊ৢ䗝ᢽFunctions㦰ऩЁBLAST˄Altschul et al., 1990˅DŽBLAST⿟ᑣ೼ ᭄᥂ᑧЁ᧰㋶Ϣᶹ䆶ᑣ߫ⳌԐⱘᴵⳂˈℸ⿟ᑣ᮶ৃҹ䖯㸠䖰⿟᧰㋶гৃҹ䖯㸠ᴀᴎ᧰㋶DŽ᧰ ㋶㒧ᵰৃҹҢOutput ManagerにষЁࡴҹᰒ⼎DŽབᵰ㹿᧰㋶ⱘᰃϔϾᴀᴎⱘ᭄᥂ᑧˈ㒧ᵰ᭛ ӊৃҹࡴܹSeqLab Editor៪Main ListにষЁˈᑊܕ䆌ᇍᡒࠄⱘᑣ߫䖯㸠䖯ϔℹߚᵤDŽ ᇍ↨Ⳍ݇ⱘ㲟ⱑ䋼ᑣ߫ˈ䅵ㅫᇍ↨㒧ᵰⱘ᳝݅ᑣ߫ˈ䕼䆚ᑣ߫Ёᮄⱘ⡍ᕕᑣ߫῵ᓣˈ೼᭄᥂ ᑧЁ᧰㋶ࣙ৿ℸ῵ᓣⱘᑣ߫៪೼ᇍ↨㒧ᵰⱘ᳝݅ᑣ߫Ё᧰㋶Ꮖⶹⱘ㲟ⱑ䋼῵ᓣ 䕼䆚њϔ㒘Ⳍ݇ᑣ߫ⱘ⫼᠋ৃ㛑Ꮰᳯᇍ݊䖯㸠ᇍ↨ᑊ䅵ㅫᇍ↨㒧ᵰⱘ᳝݅ᑣ߫DŽབᵰৃҹ೼ ᇍ↨㒧ᵰЁᡒࠄֱᅜ῵ᓣˈ⫼᠋ৃ㛑Ꮰᳯ೼᭄᥂ᑧЁ᧰㋶ࣙ৿䖭⾡῵ᓣⱘ݊ᅗᑣ߫DŽ⫼᠋ৃ 㛑䖬Ꮰᳯ೼䅵ㅫߎⱘ᳝݅ᑣ߫᧰㋶Ꮖⶹⱘ㲟ⱑ䋼῵ᓣDŽ 䗝পᕙᇍ↨ⱘᑣ߫ˈҢFunctions㦰ऩЁ䗝পPileUp⿟ᑣ߯ᓎ໮ᑣ߫ᇍ↨ˈPileUp⿟ᑣⱘ䕧ߎ ᭛ӊৃҢOutput ManagerにষЁࡴҹᰒ⼎ᑊ⏏ࠄࡴSeqLab EditorЁDŽ⫼᠋ৃҹᇍᇍ↨㒧ᵰⱘ ᶤϾऎඳ䞡ᮄࡴҹᇍ↨ᑊҹℸ᳓ᤶॳ᳝ⱘᇍ↨㒧ᵰDŽা㽕䗝পϔϾऎඳᑊ䞡ᮄ䖤㸠PileUpे ৃDŽҢPileUp OptionsにষЁ䗝প"realign a portion of an existing alignment˄䞡ᮄᇍ ↨ϔϾᏆᄬ೼ⱘᇍ↨㒧ᵰⱘϔ䚼ߚˈ˅䖭ৃ㛑᳝߽Ѣ䗝ᢽϔϾ᳓ҷ䆘ߚⶽ䰉៪ϡৠⱘ߯ᓎ੠ ᠽሩ໘㔮DŽᮄⱘ䕧ߎ᭛ӊᇚ᳔ࣙ߱৿ⱘᇍ↨㒧ᵰҹঞ᳓ᤶॳྟᇍ↨㒧ᵰⱘ䞡ᮄᇍ↨ⱘऎඳDŽ ⫼Edit㦰ऩЁConsensus᪡԰䅵ㅫᇍ↨㒧ᵰⱘ᳝݅ᑣ߫DŽབᵰֱᅜ῵ᓣৃ㹿䕼䆚ˈҢ Functions㦰ऩЁ䗝পFindPatterns䗝乍DŽҢ᳝݅ᑣ߫Ёߛ࠾ϟℸ⡍ᕕᑣ߫῵ᓣᑊᡞᅗ㉬䌈ࠄ FindPatterns῵ᓣ䗝ᢽ఼Ёˈᑊ೼᭄᥂ᑧЁ᧰㋶ࣙ৿䖭ϔ῵ᓣⱘᑣ߫DŽ ℸ໪ˈ䖤㸠Motif⿟ᑣৃ೼᳝݅ᑣ߫Ё᧰㋶Ꮖⶹⱘ㲟ⱑ䋼῵ᓣDŽMotif೼㲟ⱑ䋼ᑣ߫Ё᧰㋶೼ PROSITEˈ㲟ⱑ䋼ԡ⚍੠῵ᓣⱘPROSITEᄫ݌ЁᏆⶹⱘ㲟ⱑ䋼῵ᓣ˄Bairoch et al., 1997˅DŽབᵰ䕼䆚ߎϔϾMotifˈ߭㒭᠔᳝ᑣ߫๲ࡴϔϾ⡍ᕕˈᑊᷛߎᅗⱘԡ㕂DŽ೒4.9ᰒ⼎ њϔϾ㲟ⱑ䋼ᑣ߫ⱘऍ䜡ǃϔϾ᳝݅ᑣ߫ҹঞMotif᧰㋶ⱘ㒧ᵰDŽ Փ⫼Profile䖯㸠ⳌԐᗻ᧰㋶ᑊᇍ↨Ⳍ݇ᑣ߫ ᑣ߫ߚᵤⱘϔϾᮄⱘᠽሩ乚ඳᰃProfileᡔᴃDŽϔϾprofileᰃϔϾԡ㕂⡍ᅮⱘ䆘ߚⶽ䰉ˈᅗ ࣙ৿њϔϾᑣ߫ᇍ↨㒧ᵰЁ↣Ͼԡ㕂ⱘ᠔᳝⅟෎ֵᙃDŽ䖭ϔ⚍Ϣ᳝݅ᑣ߫ϡৠˈ᳝݅ᑣ߫Ё াࣙ↣৿Ͼԡ㕂ⱘֱᅜ⅟෎ⱘֵᙃDŽProfileخདৢৃ⫼Ѣ᧰㋶᭄᥂ᑧǃ᭄᥂ᑧߚߦ೼៪ϔϾ 䲚ড়Ё᧰㋶Ϣॳྟᇍ↨㒧ᵰЁⱘᑣ߫ⳌԐⱘᑣ߫DŽᅗгৃҹ⫼Ѣᡞϔᴵऩ⣀ⱘᑣ߫ϢϔϾᇍ ↨㒧ᵰ䖯㸠ᇍ↨DŽ Փ⫼ProfileMake⿟ᑣ˄Gribskov et al., 1987,1990˅ৃ߯ᓎϔϾᑣ߫ᇍ↨㒧ᵰⱘ profileDŽՓ⫼ProfileSearch⿟ᑣৃ⫼profileᇍ᭄᥂ᑧ䖯㸠᧰㋶ˈProfileSegment⿟ᑣৃҹ ᰒ⼎᧰㋶㒧ᵰ˄Gribskov et al., 1987,1990˅DŽՓ⫼ProfileGap⿟ᑣৃᇚϔϾᑣ߫Ϣ profile䖯㸠ᇍ↨(Gribskov et al., 1987,1990)DŽProfileMake, ProfileSearch, ProfileSegmentsҹঞProfileGap⿟ᑣ䛑ৃҹҢFunctions㦰ऩЁਃࡼDŽ ㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ 义ⷕˈ10/15 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀ಯゴᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com