第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 页码,11/12 点选 Anal ysis按钮可击活(LM) DNA Anal ysi s(DNA分析)窗口,该窗口提供众多的有用的功 能,这些功能可应用于DNA窗口和对象的 Keyset(窗口),这里介绍一些常用的功能 查找基元和人造凝胶 基元可通过在DNA分析窗口的文本框中进入查找队列和选择DNA(为查找核苷序列)或AA(为 査找转译核苷序列)在序列中定位。按 ENTER键开始査找。在 Keyset上查找,转到新的包含有 基元的序列的 Keyset,用于DNA窗口中的查找把Fmap上的基元变为彩色。在两种情况中,查找 的结果都加载到DNA分析窗口中。 基元査找队列可包括核苷碱基的多义密码子。在线帮助文件 dna and ami no aci d nomencl ature”列有DNA和氨基酸的多义密码子。基元可被存储成 Motif对象的类型,而后 按名写入到地址。这是一个aCe文件的例子。 Motif Branch" Match_sequence tRaY Remark"Spl ice branch si te consensus Remark "Y is pYri mi di ne, R is puRi n DNA offset 3 Cleavage"wGG CCw Overhang 0 Remark "unpubl i shed observati ons DNA 注意 Match_sequence是一个 Moti f模型的 Magic Tag(标记),一旦文件被加载,两个基元都可 被査到,通过同时使用查询 Branch: Hael 还有可能产生一个基元的 Keyset,同时查找每一个相匹配的序列,通过触发 Motif Keyset按 钮,并可在文本框中没有输入的情况下开始查找 用 Max Mi smatch按钮指定一些允许的不匹配量可实施模糊査找。 从分析菜单中可运行(RM)琼脂糖凝胶模拟器。基元被用来切断的序列,一个凝胶的图象也被 显示出来。这功能有一名为 Agarose-gel的在线帮助页 其它支持序列和软件 Dump sequence:用户可以用 FASTA格式转存 Fmap Acti ve Zone(Fmap活动区)序列或是所有 KeySet(窗口)中的序列。 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十三章 ACEDB一个基因组信息的数..2005-1-18⚍䗝Analysisᣝ䪂ৃߏ)⌏LM) DNA Analysis (DNAߚᵤにষˈ䆹にষᦤկӫ໮ⱘ᳝⫼ⱘࡳ 㛑ˈ䖭ѯࡳ㛑ৃᑨ⫼ѢDNAにষ੠ᇍ䈵ⱘKeySet˄にষ˅ˈ䖭䞠ҟ㒡ϔѯᐌ⫼ⱘࡳ㛑DŽ ᶹᡒ෎ܗ੠Ҏ䗴ޱ㛊 ෎ܗৃ䗮䖛೼DNAߚᵤにষⱘ᭛ᴀḚЁ䖯ܹᶹᡒ䯳߫੠䗝ᢽDNA˄ЎᶹᡒḌ㣋ᑣ߫˅៪AA˄Ў ᶹᡒ䕀䆥Ḍ㣋ᑣ߫˅೼ᑣ߫ЁᅮԡDŽᣝENTER䬂ᓔྟᶹᡒDŽ೼KeySetϞᶹᡒˈ䕀ࠄᮄⱘ᳝ࣙ৿ ෎ܗⱘᑣ߫ⱘKeySetˈ⫼ѢDNAにষЁⱘᶹᡒᡞFmapϞⱘ෎ܗবЎᔽ㡆DŽ೼ϸ⾡ᚙމЁˈᶹᡒ ⱘ㒧ᵰ䛑ࡴ䕑ࠄDNAߚᵤにষЁDŽ ෎ܗᶹᡒ䯳߫ৃࣙᣀḌ㣋⺅෎ⱘ໮НᆚⷕᄤDŽ೼㒓ᐂࡽ᭛ӊ“DNA and amino acid nomenclature”᳝߫DNA੠⇼෎䝌ⱘ໮НᆚⷕᄤDŽ෎ܗৃ㹿ᄬټ៤Motifᇍ䈵ⱘ㉏ൟˈ㗠ৢˈ ഔDŽ䖭ᰃϔϾace᭛ӊⱘ՟ᄤDŽഄࠄܹݭᣝৡ Motif "Branch" Match_sequence yTrAy Remark "Splice branch site consensus" Remark "Y is pYrimidine, R is puRine" DNA Motif "HaeI" March_sequence "wGGCCw" Offset 3 Cleavage "wGG'CCw" Overhang 0 Remark "unpublished observations" DNA ⊼ᛣMatch_sequenceᰃϔϾMotif῵ൟⱘMagic Tag(ᷛ䆄ˈϔᮺ᭛ӊ㹿ࡴ䕑ˈϸϾ෎ܗ䛑ৃ 㹿ᶹࠄˈ䗮䖛ৠᯊՓ⫼ᶹ䆶˖ Branch:Hael 䖬᳝ৃ㛑ѻ⫳ϔϾ෎ܗⱘKeySetˈৠᯊᶹᡒ↣ϔϾⳌऍ䜡ⱘᑣ߫ˈ䗮䖛㾺থMotif KeySetᣝ 䪂ˈᑊৃ೼᭛ᴀḚЁ≵᳝䕧ܹⱘᚙމϟᓔྟᶹᡒDŽ ⫼Max MisMatchᣝ䪂ᣛᅮϔѯܕ䆌ⱘϡऍ䜡䞣ৃᅲᮑ῵㊞ᶹᡒDŽ Ңߚᵤ㦰ऩЁৃ䖤㸠(RM)⨐㛖㊪ޱ㛊῵ᢳ఼DŽ෎ܗ㹿⫼ᴹߛᮁⱘᑣ߫ˈϔϾޱ㛊ⱘ೒䈵г㹿 ᰒ⼎ߎᴹDŽ䖭ࡳ㛑᳝ϔৡЎAgarose-gelⱘ೼㒓ᐂࡽ义DŽ ݊ᅗᬃᣕᑣ߫੠䕃ӊ Dump sequence: ⫼᠋ৃҹ⫼FASTAḐᓣ䕀ᄬFmap Active Zone(Fmap⌏ࡼऎᑣ߫៪ᰃ᠔᳝ KeySet˄にষ˅Ёⱘᑣ߫DŽ ㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ11/12 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com