第十三章 ACEDB一个基因组信息的数据库 页码,10/12 Q 图13.7 Gene Bank-到-ace的语法分析程序的输出 加入结果列 在序列的分析中,非常必要的是从众多的査找和预测程序中确认结果。任何可确认核苷序列 区域的结果都可被输入到 ACEDB中,并可显示为是Fmap文件上的一个有染色框的列 当Fmap的序列对象被显示时,为各个单独的涉及 Sequence(序列)对象的" Method(方法)”绘 制一个结果列。 Methods(方法)是决定一结果列怎样被显示和怎样被 Bli xem处理的对象。这里 有一个 BLASTN方法对象的例子 Method blasTN Col our LI GHTBlUE Score_by_wi dth Score_bounds 100 400 Right_priority 5.2 Bli xem N Mothed(方法)对象用一个 Magi c Tag(标签)变量,如在其他地方[9]描述的。 涉及方法的序列模型的部分如下: Homol DNA Homol ?Sequence XREF DNA_homol Me thod Float Int UNI QUE IntInt UNI QUE int Pop Homol ?Protei n XREF DNA_homol ? Method Float Int UNI QUE Int Int UNI QUE int Motif Homol Moti f XREF DNA_homol Method Float Int UNI QUE IntInt UNI QUE int Feature Method int int UNi que Float UNI QUE Text Homo是用来定位数据的 Magic Tag(标签),目的是绘制数据库查询查出的结果列。方法顾及 到DNA、蛋白质、和基元(如PROS|TE基元,见13.4图,11列)等诸方面的同源物 这里有一个从 BLAST查询中查出的由 MSPcrunch产生的ace文件的例子 Sequence MyShortSeq DNA homol Z47047 BLASTN 900 1 180 1 180 dna homo行定义一个 BLAST MSP:用 BLAST方法, MyShortSeq的碱基1-180的和分值为900的 Z47047碱基1-180相似。 来自于预测程序的结果(它们不会导致来自另一序列的同等物,例如,图13.4中 Hi dden Markov model内涵子预测,15列)在“ Feature" Magi c Tag(标记)下被储存。一个aCe文件的 例子如下: Sequence MyshortSeq Feature I NTRON HMM 100 120 10. 12 多种(混合)分析功能 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第十三章 ACEDB一个基因组信息的数..2005-1-18೒13.7 GeneBank-ࠄ-aceⱘ䇁⊩ߚᵤ⿟ᑣⱘ䕧ߎ ߫㒧ᵰܹࡴ ೼ᑣ߫ⱘߚᵤЁˈ䴲ᐌᖙ㽕ⱘᰃҢӫ໮ⱘᶹᡒ੠乘⌟⿟ᑣЁ⹂䅸㒧ᵰDŽӏԩৃ⹂䅸Ḍ㣋ᑣ߫ ऎඳⱘ㒧ᵰ䛑ৃ㹿䕧ܹࠄACEDBЁˈᑊৃᰒ⼎ЎᰃFmap᭛ӊϞⱘϔϾ᳝ᶧ㡆Ḛⱘ߫DŽ ᔧFmapⱘᑣ߫ᇍ䈵㹿ᰒ⼎ᯊˈЎ৘Ͼऩ⣀ⱘ⍝ঞSequence(ᑣ߫ᇍ䈵ⱘ“Method(ᮍ⊩)”㒬 ࠊϔϾ㒧ᵰ߫DŽMethods(ᮍ⊩ᰃއᅮϔ㒧ᵰ߫ᗢḋ㹿ᰒ⼎੠ᗢḋ㹿Blixem໘⧚ⱘᇍ䈵DŽ䖭䞠 ᳝ϔϾBLASTNᮍ⊩ᇍ䈵ⱘ՟ᄤ: Method BLASTN Colour LIGHTBLUE Score_by_width Score_bounds 100 400 Right_priority 5.2 Blastn Blixem N Mothed(ᮍ⊩ᇍ䈵⫼ϔϾMagic Tag(ᷛㅒব䞣ˈབ೼݊Ҫഄᮍ[9]ᦣ䗄ⱘDŽ ⍝ঞᮍ⊩ⱘᑣ߫῵ൟⱘ䚼ߚབϟ˖ Homol DNA Homol ?Sequence XREF DNA_homol ?Method Float Int UNIQUE Int Int UNIQUE int Pop Homol ?Protein XREF DNA_homol ?Method Float Int UNIQUE Int Int UNIQUE int Motif Homol ?Motif XREF DNA_homol ?Method Float Int UNIQUE Int Int UNIQUE int Feature Method Int Int UNIQUE Float UNIQUE Text Homolᰃ⫼ᴹᅮԡ᭄᥂ⱘMagic Tag(ᷛㅒˈⳂⱘᰃ㒬ࠊ᭄᥂ᑧᶹ䆶ᶹߎⱘ㒧ᵰ߫DŽᮍ⊩乒ঞ ࠄDNAǃ㲟ⱑ䋼ǃ੠෎ܗ˄བPROSITE ෎ܗˈ㾕13.4೒ˈ11߫˅ㄝ䇌ᮍ䴶ⱘৠ⑤⠽DŽ 䖭䞠᳝ϔϾҢBLASTᶹ䆶Ёᶹߎⱘ⬅MSPcrunchѻ⫳ⱘace᭛ӊⱘ՟ᄤDŽ Sequence MyShortSeq DNA_homol Z47047 BLASTN 900 1 180 1 180 DNA_homol㸠ᅮНϔϾBLAST MSP˖⫼BLASTᮍ⊩ˈMyShortSeqⱘ⺅෎1-180ⱘ੠ߚؐЎ900ⱘ Z47047⺅෎1-180ⳌԐDŽ ᴹ㞾Ѣ乘⌟⿟ᑣⱘ㒧ᵰ˄ᅗӀϡӮᇐ㟈ᴹ㞾঺ϔᑣ߫ⱘৠㄝ⠽ˈ՟བˈ೒13.4ЁHidden Markov Modelݙ⎉ᄤ乘⌟ˈ15߫˅೼“Feature”Magic Tag(ᷛ䆄ϟ㹿ټᄬDŽϔϾace᭛ӊⱘ ՟ᄤབϟ˖ Sequence MyShortSeq Feature INTRON_HMM 100 120 10.12 ໮⾡⏋ড়ߚᵤࡳ㛑 ㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄᥂ᑧ 义ⷕˈ10/12 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀कϝゴ ACEDBϔϾ෎಴㒘ֵᙃⱘ᭄... 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com