第九章系统发育分析 页码,28/37 随机进化树中的任何一个都要小得多。接下来会进行第二次实验,但是将从18S数据集中删陈 被子植物的数据。分类群可以根据名字或者编号被临时删除,而被子植物恰好是数据文件中 的前10个分类群。在这种情况下,g统计要比拥有500个特征符和10个分类群的系统的临界值 (-0.16;:p=0.5)大得多(正数),显示出18S序列没有系统发育信号来解决这些样本的关 系。用这些18S数据以及10个被子植物得到的MP分值是312分,这个分值只比最好的随机进化 树分值稍微好一点。 图910 用 PHYLIP程序进行自引导分析的工作流程。SE0B0T接受一个 PHYLIP格式的文件作为输入数 据,然后按照用户指定的数目(比如1000次)将其加倍。输出文件中的结果可以用来计算 1000个距离矩阵:如果是DNA数据,就用 DNADIST:如果是蛋白质数据,就使用PR0TD|ST。在 这个步骤中,真书的数据(核苷酸,氨基酸)被屏蔽,由两个序列之间的分歧数量取代。然 后, NEI GHB0R程序将会为这些(1000个)矩阵的每一个都建立一个进化树。然后, CONSENSE 程序将100个进化树较少到1个,并且在树枝上标注自引导数值。存在于输出文件中的 CONSENSE进化树的拓扑结构可以用任何文本编辑软件打开,而进化树文件可以为出版发行作 进一步处理。 Treetool和TREEⅥ酬w允许用户对进化树进行操作和处理(重新确定树根,重新 排布树枝,将系统树图转化为家族图谱,等等),并且可以将文件存储为常用的图形格式 (就像PCT)。虽然这些程序不在 PHYLIP软件包中(用虚线方框标注),他们都是免费可得 的(见本章结尾的列表)。图示还显示了一些在自引导分析过程中进行数据处理时所用到的 不同的文件格式。受篇幅限制,每个文件都截去了许多内容,这些截去的内容在框中处于右 方和底部 参考文献 Adachi J and Hasegama, M(1996). MOLPHY Versi on 2. 3. Programs for Mol ecul ar phyl genetics based on maxi mum I i kel i hood (Tokyo: I nsti tute of Statusti cal Mathematics) Avi se J C(1994). Mol ecul ar Markers, Natural and Evol uti on( New york: chapman Hal D) Bal dauf, S L, Pal mer, J D, and Dool i ttle, W F(1996. The root of the uni versal tree and the and the orugi n Efron, B (1979). Bootsrappi ng methods: Another l ook at the jackkni fe. Ann. Stat. 7, 1-26 Dayhoff, M 0., Schwarez, R M, and Orcutt, B C (1978). a model of evol uti onary change n protei ns In Atl as of protei n sequence and structure M.O. Dayhoff, ed (washi ngton, DC, Nati onal Bi omedi cal Research Foundati on), pp 345-362 Fai th, D P. and Trueman, J W H (1996). When the topol ogy-depnsent permutation test (T-PTP)i ng the nul I hypothesis of nonmonophyl y, (brejecti ng the nul I hypothesis of no structure, "(c)Fel senstein, J(1985. Confi dence interval s on phyl ogei es: An approach usi ng the bootstrap. Evol uti on39, 783-791 Fel senstei n, J (1997). An al ternati ve l esst-approsch to inferri ng phyl ogen es from pai rwi se di stances. Syst. Bi ol. 46, 101-111 228 PHYLOGENETIC ANALYSIS file://E:wcb生物信息学(中译本)\第九章系统发育分析.htm 2005-1-18䱣ᴎ䖯࣪ᷥЁⱘӏԩϔϾ䛑㽕ᇣᕫ໮DŽ᥹ϟᴹӮ䖯㸠㄀Ѡ⃵ᅲ偠ˈԚᰃᇚҢ18S᭄᥂䲚Ёߴ䰸 㹿ᄤỡ⠽ⱘ᭄᥂DŽߚ㉏㕸ৃҹḍ᥂ৡᄫ៪㗙㓪ো㹿Јᯊߴ䰸ˈ㗠㹿ᄤỡ⠽ᙄདᰃ᭄᥂᭛ӊЁ ⱘࠡ10Ͼߚ㉏㕸DŽ೼䖭⾡ᚙމϟˈJ㒳䅵㽕↨ᢹ᳝500Ͼ⡍ᕕヺ੠10Ͼߚ㉏㕸ⱘ㋏㒳ⱘЈ⬠ؐ ˄-0.16; p=0.5˅໻ᕫ໮˄ℷ᭄˅ˈᰒ⼎ߎ18Sᑣ߫≵᳝㋏㒳থ㚆ֵোᴹ㾷އ䖭ѯḋᴀⱘ݇ ㋏DŽ⫼䖭ѯ18S᭄᥂ҹঞ10Ͼ㹿ᄤỡ⠽ᕫࠄⱘMPߚؐᰃ312ߚˈ䖭Ͼߚؐা↨᳔དⱘ䱣ᴎ䖯࣪ ᷥߚ⿡ؐᖂདϔ⚍DŽ ೒9.10 ⫼PHYLIP⿟ᑣ䖯㸠㞾ᓩᇐߚᵤⱘᎹ԰⌕⿟DŽSEQBOOT᥹ফϔϾPHYLIPḐᓣⱘ᭛ӊ԰Ў䕧᭄ܹ ᥂ˈ✊ৢᣝ✻⫼᠋ᣛᅮⱘ᭄Ⳃ˄↨བ1000⃵˅ᇚ݊סࡴDŽ䕧ߎ᭛ӊЁⱘ㒧ᵰৃҹ⫼ᴹ䅵ㅫ 1000Ͼ䎱⾏ⶽ䰉˖བᵰᰃDNA᭄᥂ˈህ⫼DNADIST˗བᵰᰃ㲟ⱑ䋼᭄᥂ˈህՓ⫼PROTDISTDŽ೼ 䖭Ͼℹ偸Ёˈⳳкⱘ᭄᥂˄Ḍ㣋䝌ˈ⇼෎䝌˅㹿ሣ㬑ˈ⬅ϸϾᑣ߫П䯈ⱘߚFAX᭄䞣পҷDŽ✊ ৢˈNEIGHBOR⿟ᑣᇚӮЎ䖭ѯ˄1000Ͼ˅ⶽ䰉ⱘ↣ϔϾ䛑ᓎゟϔϾ䖯࣪ᷥDŽ✊ৢˈCONSENSE ⿟ᑣᇚ1000Ͼ䖯࣪ᷥ䕗ᇥࠄϾˈᑊϨ೼ᷥᵱϞᷛ⊼㞾ᓩᇐ᭄ؐDŽᄬ೼Ѣ䕧ߎ᭛ӊЁⱘ CONSENSE䖯࣪ᷥⱘᢧᠥ㒧ᵘৃҹ⫼ӏԩ᭛ᴀ㓪䕥䕃ӊᠧᓔˈ㗠䖯࣪ᷥ᭛ӊৃҹЎߎ⠜থ㸠԰ 䖯ϔℹ໘⧚DŽTreetool੠TREEVIEWܕ䆌⫼᠋ᇍ䖯࣪ᷥ䖯㸠᪡԰੠໘⧚˄䞡ᮄ⹂ᅮᷥḍˈ䞡ᮄ ᥦᏗᷥᵱˈᇚ㋏㒳ᷥ೒䕀࣪Ўᆊᮣ೒䈅ˈㄝㄝ˅ˈᑊϨৃҹᇚ᭛ӊᄬټЎᐌ⫼ⱘ೒ᔶḐᓣ ˄ህڣPICT˅DŽ㱑✊䖭ѯ⿟ᑣϡ೼PHYLIP䕃ӊࣙЁ˄⫼㰮㒓ᮍḚᷛ⊼˅ˈҪӀ䛑ᰃܡ䌍ৃᕫ ⱘ˄㾕ᴀゴ㒧ሒⱘ߫㸼˅DŽ೒⼎䖬ᰒ⼎њϔѯ೼㞾ᓩᇐߚᵤ䖛⿟Ё䖯㸠᭄᥂໘⧚ᯊ᠔⫼ࠄⱘ ϡৠⱘ᭛ӊḐᓣDŽফ㆛ᐙ䰤ࠊ↣ˈϾ᭛ӊ䛑៾এњ䆌໮ݙᆍˈ䖭ѯ៾এⱘݙᆍ೼ḚЁ໘Ѣে ᮍ੠ᑩ䚼DŽ খ㗗᭛⤂ Adachi J.and Hasegama,M.(1996).MOLPHY Version2.3.Programs for Molecular phylogenetics based on maximum likelihood(Tokyo:Institute of Statustical Mathematics). Avise J.C.(1994).Molecular Markers,Natural and Evolution(New York: Chapman & Hall). Baldauf,S.L,Palmer,J.D.,and Doolittle,W.F.(1996).The root of the universal tree and the and the orugin Efron,B.(1979).Bootsrapping methods:Another look at the jackknife.Ann.Stat.7,1-26. Dayhoff,M.O.,Schwarez,R.M.,and Orcutt,B.C.(1978).A model of evolutionary change in proteins.In Atlas of protein sequence and structure M.O.Dayhoff,ed. (washington,DC.,National Biomedical Research Foundation),pp 345-362. Faith,D.P.,and Trueman,J.W.H.(1996).When the topology-depnsent permutation test (T-PTP)ing the null hypothesis of nonmonophyly,(b)rejecting the null hypothesis of "no structure,"(c)Felsenstein,J.(1985).Confidence intervals on phylogeies:An approach using the bootstrap.Evolution39,783-791. Felsenstein,J.(1997).An alternative lesst-approsch to inferring phylogenies from pairwise distances.Syst.Biol.46,101-111. 228 PHYLOGENETIC ANALYSIS ㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ 义ⷕˈ28/32 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com