或交替的01构成。在进行二级结构预测时,根据氨基酸片段计算点模式,如果点模式的值 为α螺旋的特征数,则片段预测为α螺旋;若为β折叠的特征数,则片段预测为β折叠。 其余的预测为无规则卷曲。这种方法的三态预测准确率为55%左右,其中对无规则卷曲预 测过多,而对β折叠则预测不足。当序列长度小于50时,淮确率较高 上述方法定性描述序列片段的亲、疏水特征,通过特征模式识别来预测蛋白质的二级结 构。另一种方法是直接计算序列片段的疏水性和疏水矩,并根据定量计算结果预测该片段对 应的二级结构。序列片段疏水性计算的方法依赖于各个氨基酸残基疏水值。对于一条蛋白质 序列,用一个滑动窗口扫描该序列,计算滑动窗口下各个氨基酸的平均疏水值和疏水矩 。窗口的宽度是可以调整的,一般取9-15残基的窗口宽度,以获得较多的信息和较小的 噪声干扰。平均疏水值的计算公式如下: h= 其中H是片段第i残基的疏水值。疏水矩H的计算公式如下: H=∑(H·S2) (7-13) 其中S是α碳原子到侧链中心的单位矢量 按照公式(7-12)的计算结果,画出整个蛋白质的疏水曲线,形成疏水性图。图73是 人类视紫质蛋白的疏水图。与蛋白质疏水图相对应的是蛋白质的疏水矩图。通过分析这些图 谱,可以帮助预测蛋白质的二级结构或交替的 01 构成。在进行二级结构预测时，根据氨基酸片段计算点模式，如果点模式的值 为 α 螺旋的特征数，则片段预测为 α 螺旋；若为 β 折叠的特征数，则片段预测为 β 折叠。 其余的预测为无规则卷曲。这种方法的三态预测准确率为 55%左右，其中对无规则卷曲预 测过多，而对 β 折叠则预测不足。当序列长度小于 50 时，准确率较高。 上述方法定性描述序列片段的亲、疏水特征，通过特征模式识别来预测蛋白质的二级结 构。另一种方法是直接计算序列片段的疏水性和疏水矩，并根据定量计算结果预测该片段对 应的二级结构。序列片段疏水性计算的方法依赖于各个氨基酸残基疏水值。对于一条蛋白质 序列，用一个滑动窗口扫描该序列，计算滑动窗口下各个氨基酸的平均疏水值 和疏水矩 。窗口的宽度是可以调整的，一般取 9∼15 残基的窗口宽度，以获得较多的信息和较小的 噪声干扰。平均疏水值 的计算公式如下： 其中Hi是片段第i残基的疏水值。疏水矩 的计算公式如下： 其中Si是α碳原子到侧链中心的单位矢量。 按照公式（7-12）的计算结果，画出整个蛋白质的疏水曲线，形成疏水性图。图 7.3 是 人类视紫质蛋白的疏水图。与蛋白质疏水图相对应的是蛋白质的疏水矩图。通过分析这些图 谱，可以帮助预测蛋白质的二级结构