疏水性氨基酸的位置有助于推断蛋白质中二级结构的定位,通过显示疏水氨基酸的分布 分析二级结构。例如,图72是利用 HELICALWHEEL程序画出的蛋白质蜂毒素旋轮图。图 中各个氨基酸沿螺旋排布,相邻氨基酸之间的旋转角度为100°。疏水性氨基酸L、I和V位于 螺旋的一侧,而亲水性氨基酸则分布在另外一侧,显示这个螺旋的两亲特性。 根据蛋白质序列中疏水性氨基酸出现模式,可以预测局部的二级结构。例如,当我们在 段序列中发现第ⅰ、计3、计4位是疏水氨基酸时,这一片段就被可以预测为α螺旋;当我 们发现第i、计1、计+4位为疏水氨基酸时,这一片段也可以被预测为α螺旋。同样,对于β 折叠,也存在着一些特征的亲疏水残基间隔模式,埋藏的β折叠通常由连续的疏水残基组成, 侧暴露的β折叠则通常具有亲水-疏水的两残基重复模式。不过,由于β折叠受结构环境 的影响较大,序列的亲疏水模式不及α螺旋有规则。原则上,通过在序列中搜寻特殊的亲疏 水残基间隔模式,就可以预测α螺旋和β折叠。 口代表硫水氨基酸 E 回 图7.2利用LCAⅦEL程序画出的蛋白质蜂毒素的旋轮图 在Biou等人提出的点模式方法中,将20种氨基酸残基分为亲水和疏水残基,用八残基 片段表征亲疏水间隔模式。以一个二进制位代表一个残基,疏水为1,亲水为0,共八位 这样,八残基片段的亲疏水模式就可用1个0-255的数值来表示。a螺旋的特征模式对应的 值为9,12,13,17,……,201,205,217,219,237;β折叠的特征模式则由连续的1疏水性氨基酸的位置有助于推断蛋白质中二级结构的定位，通过显示疏水氨基酸的分布 分析二级结构。例如，图 7.2 是利用HELICALWHEEL程序画出的蛋白质蜂毒素旋轮图。图 中各个氨基酸沿螺旋排布，相邻氨基酸之间的旋转角度为 100o 。疏水性氨基酸L、I和V位于 螺旋的一侧，而亲水性氨基酸则分布在另外一侧，显示这个螺旋的两亲特性。 根据蛋白质序列中疏水性氨基酸出现模式，可以预测局部的二级结构。例如，当我们在 一段序列中发现第 i、i+3、i+4 位是疏水氨基酸时，这一片段就被可以预测为 α 螺旋；当我 们发现第 i、i+1、i+4 位为疏水氨基酸时，这一片段也可以被预测为 α 螺旋。同样，对于 β 折叠，也存在着一些特征的亲疏水残基间隔模式，埋藏的 β 折叠通常由连续的疏水残基组成， 一侧暴露的 β 折叠则通常具有亲水-疏水的两残基重复模式。不过，由于 β 折叠受结构环境 的影响较大，序列的亲疏水模式不及 α 螺旋有规则。原则上，通过在序列中搜寻特殊的亲疏 水残基间隔模式，就可以预测 α 螺旋和 β 折叠。 在 Biou 等人提出的点模式方法中，将 20 种氨基酸残基分为亲水和疏水残基，用八残基 片段表征亲疏水间隔模式。以一个二进制位代表一个残基，疏水为 1，亲水为 0，共八位。 这样，八残基片段的亲疏水模式就可用 1 个 0∼255 的数值来表示。α 螺旋的特征模式对应的 值为 9，12，13，17，……，201，205，217，219，237；β 折叠的特征模式则由连续的 1