这种方法是一种用物理化学方法进行二级结构预测的方法,或称为立体化学方法。在蛋 白质中,氨基酸的理化性质对蛋白质的二级结构影响较大,因此在进行结构预测时需要考虑 氨基酸残基的物理化学性质,如疏水性、极性、侧链基团的大小等,根据氨基酸残基各方面 的性质及残基之间的组合预测可能形成的二级结构。“疏水性”是氨基酸的一种重要性质,疏 水性的氨基酸倾向于远离周围水分子,将自己包埋进蛋白质的内部。这一趋势加上空间立体 条件和其它一些因素决定了一个蛋白质最终折叠成的三维空间构象。20种氨基酸的疏水参 数见表72,其中,高正值的氨基酸具有更大的疏水性,而低负值的氨基酸则更加亲水。 表7220种常见氨基酸的疏水参数。 序号 「氨基酸疏水值 Arg(r) -4.5 2345678 Asn (n) 3.5 Asp (D) Cys(C) GIn(Q) Glu (E) Gly (G) 0.4 His (h) lle(D) Leu (L) 3.8 0123456789 Met (m) 19 Phe (F) Pro (P) 16 Ser (S) 0.8 Thr (t) Trp (W) 0.9 yr (Y) -1.3 Val (v) 随着蛋白质结构数据的积累,人们开始注意到一些较简单的序列与结构关系。可以利用 各种氨基酸的疏水值定位蛋白质的疏水区域,通过疏水氨基酸出现的周期性预测蛋白质的二 级结构。Lim等人很早就对α螺旋和β折叠归纳出了一套预测模式。例如α螺旋的轮状结构 特征,轮的一侧通常处于蛋白质的疏水核心,另一侧则常处于亲水表面,如图72所示。因 此,α螺旋中亲疏水氨基酸残基的出现位置也就有一定的规律性,亲水残基多出现在亲水侧 面,而疏水残基则多出现在疏水侧面,反映在序列上就是一些特征的亲疏水残基间隔模式这种方法是一种用物理化学方法进行二级结构预测的方法，或称为立体化学方法。在蛋 白质中，氨基酸的理化性质对蛋白质的二级结构影响较大，因此在进行结构预测时需要考虑 氨基酸残基的物理化学性质，如疏水性、极性、侧链基团的大小等，根据氨基酸残基各方面 的性质及残基之间的组合预测可能形成的二级结构。“疏水性”是氨基酸的一种重要性质，疏 水性的氨基酸倾向于远离周围水分子，将自己包埋进蛋白质的内部。这一趋势加上空间立体 条件和其它一些因素决定了一个蛋白质最终折叠成的三维空间构象。20 种氨基酸的疏水参 数见表 7.2，其中，高正值的氨基酸具有更大的疏水性，而低负值的氨基酸则更加亲水。 表 7.2 20 种常见氨基酸的疏水参数。 序号 氨基酸 疏水值 1 Ala（A） 1.8 2 Arg（R） -4.5 3 Asn（N） -3.5 4 Asp（D） -3.5 5 Cys（C） 2.5 6 Gln（Q） -3.5 7 Glu（E） -3.5 8 Gly（G） -0.4 9 His（H） -3.2 10 Ile（I） 4.5 11 Leu（L） 3.8 12 Lys（K） -3.9 13 Met（M） 1.9 14 Phe（F） 2.8 15 Pro（P） -1.6 16 Ser（S） -0.8 17 Thr（T） -0.7 18 Trp（W） -0.9 19 Tyr（Y） -1.3 20 Val（V） 4.2 随着蛋白质结构数据的积累，人们开始注意到一些较简单的序列与结构关系。可以利用 各种氨基酸的疏水值定位蛋白质的疏水区域，通过疏水氨基酸出现的周期性预测蛋白质的二 级结构。Lim 等人很早就对 α 螺旋和 β 折叠归纳出了一套预测模式。例如 α 螺旋的轮状结构 特征，轮的一侧通常处于蛋白质的疏水核心，另一侧则常处于亲水表面，如图 7.2 所示。因 此，α 螺旋中亲疏水氨基酸残基的出现位置也就有一定的规律性，亲水残基多出现在亲水侧 面，而疏水残基则多出现在疏水侧面，反映在序列上就是一些特征的亲疏水残基间隔模式