JF=7801830 J=1050:1830 0390 J票A=1507390 根据公式(7-6),有: 1(AH; 4)=log()+1og(r/ 2 =log(2407390)150390)+log(1050/183001830) 0.7650 这里H代表二级结构螺旋态,而H'代表除H以外的其它类型二级结构,I(△H,A) 就是丙氨酸A处于中心位置时的螺旋信息值 早期GOR方法假设窗口内17个残基(包括中心残基及左右两侧各8个残基)是相互 独立的,每个残基独立地影响中心残基的二级结构。在此基础上统计了75个蛋白质的结构, 总共有12757个残基,所作统计结果为:螺旋297%,折叠197%,转角122%,无规卷曲 38.3%。根据所得到的信息值【(Δs玛〕,发现有些残基的信息值中心对称,在窗口中心 处其值取最大或者最小。例如,A的螺旋信息值、I的折叠信息值在窗口中心处取最大,这 类残基越靠近窗口中心,中心残基就越容易形成特定二级结构:又如,G螺旋信息值、L的 转角信息值在窗口中心处取最小,这类残基离窗口中心越近,中心残基形成特定构象的机会 越小。有些残基的信息值是不对称的,在一端为正,而在另一端为负。有的残基在N端为 正,C端为负,这类残基位于N端时有利于中心残基形成特定构象,例如,E对于螺旋支持 程度属于这种情况:有的残基在N端为负,C端为正,当这类残基位于C端时有利于中心 残基形成特定构象,比如,K对于螺旋的支持程度属于这种情况 GOR方法中的信息值构成了20种氨基酸出现在不同位置时的直接信息量表,根据该表 和相关计算公式,就可以对一条肽链中任一位置残基的构象进行预测。GOR方法的物理意 义明确,数学上比较严格,但计算过程较为复杂。应用GOR方法预测蛋白质的二级结构为 螺旋、折叠或者转角的准确率大约为65% 924基于氨基酸疏水性的预测方法根据公式（7-6），有： 这里 H 代表二级结构螺旋态，而 H’代表除 H 以外的其它类型二级结构, I(∆H;A) 就是丙氨酸 A 处于中心位置时的螺旋信息值。 早期 GOR 方法假设窗口内 17 个残基（包括中心残基及左右两侧各 8 个残基）是相互 独立的，每个残基独立地影响中心残基的二级结构。在此基础上统计了 75 个蛋白质的结构， 总共有 12757 个残基，所作统计结果为：螺旋 29.7%，折叠 19.7%，转角 12.2%，无规卷曲 38.3% 。根据所得到的信息值 ，发现有些残基的信息值中心对称，在窗口中心 处其值取最大或者最小。例如，A 的螺旋信息值、I 的折叠信息值在窗口中心处取最大，这 类残基越靠近窗口中心，中心残基就越容易形成特定二级结构；又如，G 螺旋信息值、L 的 转角信息值在窗口中心处取最小，这类残基离窗口中心越近，中心残基形成特定构象的机会 越小。有些残基的信息值是不对称的，在一端为正，而在另一端为负。有的残基在 N 端为 正，C 端为负，这类残基位于 N 端时有利于中心残基形成特定构象，例如，E 对于螺旋支持 程度属于这种情况；有的残基在 N 端为负，C 端为正，当这类残基位于 C 端时有利于中心 残基形成特定构象，比如，K 对于螺旋的支持程度属于这种情况。 GOR 方法中的信息值构成了 20 种氨基酸出现在不同位置时的直接信息量表，根据该表 和相关计算公式，就可以对一条肽链中任一位置残基的构象进行预测。GOR 方法的物理意 义明确，数学上比较严格，但计算过程较为复杂。应用 GOR 方法预测蛋白质的二级结构为 螺旋、折叠或者转角的准确率大约为 65％。 9.2.4 基于氨基酸疏水性的预测方法