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人员使结果组织化。如果STS的染色体分布已知,那么应输入到标有 Chromosome Number 的区域。这个信息会增加制图软件测出一个正确连接的能力 现在,将筛选数据粘到大型正文栏中,并按提交键。制图结果一般在几分钟内通过 Email 回执。 Stanford服务器以一系列相对基因标记物的位置返回制图结果。对于每个STS,服务 器会报告离其最近的基因标记物、其所在染色体和STS到标记物的距离(以 centrals为单 位)。尽管并不提供制图结果的图形显示,制图信息仍可用于和以上标出了用户的STS相对 Stanford图谱上的其它STS的位置的可浏览型图谱相结合。 CEPH YAC图 1993年,巴黎的CEPH( Centre d etudes du pol ymorphisme Humain),与 Genethon 合作,发表了人类基因组的第一张物理图谱。这张图由几套重叠YAC组成,形成连接邻近基 因标记物的途径。YAC重叠可由几种技术鉴定,包括YAC指纹印迹法( YAC fingerprinting) 与 inter- Alu pcr结果杂交法、荧光原位杂交(FISH)和STS含量图。尽管YAC克隆图大部 分已被更方便的以STS为基础的图谱替代,对于要包括 CEPH YAC库或以克隆为基础的反应 物的制图项目还是有用的 由于YAC库中的高嵌合率,在两个通过指纹法或 inter- Alu pcr杂交法确定相互重叠的 YAC之间,每一小步可能都很可能跨过基因组的一个物理距离。基于这一点,短距离比长距 离更可靠,这一概念已植入CEPH的词条“ level”中。一个1级( level)途径,由两个锚 定STS组成,它们应至少有一个YAC直接连接。这类途径,与平面STS含量图中用于确定相 邻关系的键或单键相类同。可以让研究者从一个STS跳到另一个,而无需跳过任何YAC/YAC 连接点。相反,一个2级途径,由两个错定STS组成,不直接由单个YAC连接,而是由 inter-Alu PCR或指纹法确定在包含它们的两个或多个YAC间有一个重叠,所以2级途径需要跳过一个 YAC/YAC连接点。3级途径需跳过2个。4级需跳过3个,等等。尽管每一种的可靠性尚未 经验性证明,通过对一套CEPH数据的分析暗示4级或更高时可能不精确。而幸好CEPH途径 中近90%的基于间距为3级的或更低。 从CEPH服务器得到YAC重叠 CEH图可以在其单位的网址上在线获得。这里可找到的链接有YAC库信息,也有一系 列图谱的后转录文件,用于制图的 QuickMap软件,以及含原始图谱数据的文件。浏览CEPH 图最好的作用方法为下载 QuickMap文件,安装并利用它来观看数据文件。然而,由于 QuickMap只在Sun工作站工作,这种方法已经不可行。CEH也提供针对 QuickMap的一种在 线界面,在通过标有 Infoclone的链接处可以获得。这时会弹出一页,可以提交一个STS 或一个基因标记物或一个YAC的名称。提交名称后会回执所有关于它的原始图谱数据。该文 本是超链接,可以从一个YAC的单一 inter- Alu pCr杂交跳至另一个。 要得到数据,将浏览器连到CEPH的网址上。这会弹出 ECPH Genethon网页。现在找到 并选择I链接,接下来的一页会要你在一个小文本栏中输入一个YAC或一个STS的名称。YAC 应遵循简便的 plate_row_ column(板块_排_列)格式,如923_f6。对于STS,可以用GDB 分配的D一片断名(如果可得的话)或是实验室分配的研究名称。该文件只针对特定事例 所以输入AFM20ZE3不会得到正确的名为AFM220ZE3的STS。也应注意YAC地址中排的名称 应小写人员使结果组织化。如果 STS 的染色体分布已知,那么应输入到标有 Chromosome Number 的区域。这个信息会增加制图软件测出一个正确连接的能力。 现在,将筛选数据粘到大型正文栏中,并按提交键。制图结果一般在几分钟内通过 Email 回执。Stanford 服务器以一系列相对基因标记物的位置返回制图结果。对于每个 STS,服务 器会报告离其最近的基因标记物、其所在染色体和 STS 到标记物的距离(以 centirays 为单 位)。尽管并不提供制图结果的图形显示,制图信息仍可用于和以上标出了用户的 STS 相对 Stanford 图谱上的其它 STS 的位置的可浏览型图谱相结合。 CEPH YAC 图 1993 年,巴黎的 CEPH(Centre d études du Polymorphisme Humain),与 Genethon 合作,发表了人类基因组的第一张物理图谱。这张图由几套重叠 YAC 组成,形成连接邻近基 因标记物的途径。YAC 重叠可由几种技术鉴定,包括 YAC 指纹印迹法(YAC fingerprinting)、 与 inter-Alu PCR 结果杂交法、荧光原位杂交(FISH)和 STS 含量图。尽管 YAC 克隆图大部 分已被更方便的以 STS 为基础的图谱替代,对于要包括 CEPH YAC 库或以克隆为基础的反应 物的制图项目还是有用的。 由于 YAC 库中的高嵌合率,在两个通过指纹法或 inter-Alu PCR 杂交法确定相互重叠的 YAC 之间,每一小步可能都很可能跨过基因组的一个物理距离。基于这一点,短距离比长距 离更可靠,这一概念已植入 CEPH 的词条“level”中。一个 1 级(level)途径,由两个锚 定 STS 组成,它们应至少有一个 YAC 直接连接。这类途径,与平面 STS 含量图中用于确定相 邻关系的键或单键相类同。可以让研究者从一个 STS 跳到另一个,而无需跳过任何 YAC/YAC 连接点。相反,一个 2级途径,由两个锚定 STS组成,不直接由单个 YAC连接,而是由 inter-Alu PCR 或指纹法确定在包含它们的两个或多个 YAC 间有一个重叠,所以 2 级途径需要跳过一个 YAC/YAC 连接点。3 级途径需跳过 2 个。4 级需跳过 3 个,等等。尽管每一种的可靠性尚未 经验性证明,通过对一套 CEPH 数据的分析暗示 4 级或更高时可能不精确。而幸好 CEPH 途径 中近 90%的基于间距为 3 级的或更低。 从 CEPH 服务器得到 YAC 重叠 CEPH 图可以在其单位的网址上在线获得。这里可找到的链接有 YAC 库信息,也有一系 列图谱的后转录文件,用于制图的 QuickMap 软件,以及含原始图谱数据的文件。浏览 CEPH 图最好的作用方法为下载 QuickMap 文件,安装并利用它来观看数据文件。然而,由于 QuickMap 只在 Sun 工作站工作,这种方法已经不可行。CEPH 也提供针对 QuickMap 的一种在 线界面,在通过标有 Infoclone 的链接处可以获得。这时会弹出一页,可以提交一个 STS、 或一个基因标记物或一个 YAC 的名称。提交名称后会回执所有关于它的原始图谱数据。该文 本是超链接,可以从一个 YAC 的单一 inter-Alu PCR 杂交跳至另一个。 要得到数据,将浏览器连到 CEPH 的网址上。这会弹出 ECPH Genethon 网页。现在找到 并选择 I 链接,接下来的一页会要你在一个小文本栏中输入一个 YAC 或一个 STS 的名称。YAC 应遵循简便的 plate_row_column(板块_排_列)格式,如 923_f_6。对于 STS,可以用 GDB 分配的 D-片断名(如果可得的话)或是实验室分配的研究名称。该文件只针对特定事例, 所以输入 AFM20ZE3 不会得到正确的名为 AFM220ZE3 的 STS。也应注意 YAC 地址中排的名称 应小写
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