贾冠清等:主要农作物驯化研究进展与展望 1357 表2主要作物驯化基因组位点的定位与鉴定 Table 2 Identification of genomic segments associated with crop domestication 种质(群体)数量种质(群体)类型驯化区段或 分析内容 参考文献 Crops Type of accessions QT accessions( families)( families) Number of QTLs Methods Analysis performed Reference 水稻 野生种(446),地 代基因组重测序,SNP鉴定,Fx,全基因[29] 方品种(1083) 测序深度:野生种(平组关联分析,进化树,主 均2×),地方品种成分分析,遗传多样性 (平均1×) (),选择性鉴定(T T。),遗传距离 野生种(22),地 二代基因组重测序,SNP鉴定,遗传多样性[34] 方品种(44) 测序深度:野生种(平(8),Fsr,LDRs 均1.5×),地方品种 (平均1.5×) 玉米 野生种(17),地 代基因组重测序,SNP鉴定,F,进化树,[30] Maize 方品种(23),育 测序深度:野生种(平连锁不平衡, XP.CLR 成品种(35) 均5×).地方品种遗传多样性() (平均5×).育成品种 (平均5×) 野生种ⅹ栽培 72个 SNP标记 Q∏L定位,比较遗传[35] 种,BC2S3RILs 小析 野生种(62),地 代基因组重测序,SNP鉴定,Fx,主成分分[31] Soybean 方品种(130),育 测序深度:野生种(平析,进化树,遗传多样性 成品种(110) 均11x),地方品种(m),CNV,连锁不平 (平均11×),育成品衡, XP-CLR,全基因组 种(平均11×) 关联分析,选择性鉴定 野生种(72),地 140个 SLAF基因组重测序,SNP鉴定,进化树,群36] 方品种(36),育 测序深度:野生种(平体结构,遗传多样性 成品种(404) 均6.4×).地方品种(), Fu and L'sD* (平均6.14×),育成 Fu and li'sF*,主 品种(平均6.14×)分析,Fsr,连锁不平衡 基因流动,全基因组关 联分析,选择性鉴定 野生种(8),地方 394个 代基因组重测序,SNP鉴定,群体结构,[37] 品种(8),育成品 测序深度:野生种(平进化树,Fsr,遗传多样 种(9) 均5x),地方品种性(m),主成分分析 (平均5×),育成品种选择性鉴定(/m。) 野生种(6),地方206个 代基因组重测序,SNP鉴定,Fx,进化树,[38 品种(4).育成品 测序深度:野生种(平遗传多样性()选择 种(6) 均17×),地方品种性鉴定(。/。) (平均17×),育成品 种(平均17×) 野生种(60),地 930个 二代基因组重测序,SNP鉴定,CNV,遗传[32] 方品种(100) 测序深度:野生种(平多样性(m),全基因组 均4x),地方品种关联分析选择性鉴定, (平均4 连锁不平衡6 期 贾冠清等：主要农作物驯化研究进展与展望 1357 表 2 主要作物驯化基因组位点的定位与鉴定 Table 2 Identification of genomic segments associated with crop domestication 作物 Crops 种质（群体）数量 Amount of accessions（families） 种质（群体）类型 Type of accessions （families） 驯化区段或 QTLs Number of QTLs 鉴定手段 Methods 分析内容 Analysis performed 参考文献 Reference 水稻 Rice 1529 野生种（446），地 方品种（1083） 55 个 二代基因组重测序， 测序深度：野生种（平 均 2×），地 方 品 种 （平均 1×） SNP 鉴定，FST，全基因 组关联分析，进化树，主 成分分析，遗传多样性 （π），选择性鉴定（πw / πc），遗传距离 ［29］ 66 野 生 种（22），地 方品种（44） 399 个 二代基因组重测序， 测序深度：野生种（平 均 1.5×），地 方 品 种 （平均 1.5×） SNP 鉴定，遗传多样性 （θ），FST，LDRs， ［34］ 玉米 Maize 75 野 生 种（17），地 方 品 种（23），育 成品种（35） 484 个 二代基因组重测序， 测序深度：野生种（平 均 5×），地 方 品 种 （平均 5×），育成品种 （平均 5×） SNP 鉴定，FST，进化树， 连锁不平衡，XP-CLR， 遗传多样性（π） ［30］ 866 野生种×栽培 种，BC2S3 RILs 72 个 QTLs SNP 标记 QTL 定 位，比 较 遗 传 分析 ［35］ 大豆 Soybean 302 野 生 种（62），地 方品种（130），育 成品种（110） 121 个 二代基因组重测序， 测序深度：野生种（平 均 11×），地 方 品 种 （平均 11×），育成品 种（平均 11×） SNP 鉴定，FST，主成分分 析，进化树，遗传多样性 （π），CNV，连 锁 不 平 衡，XP-CLR，全基因组 关联分析，选择性鉴定 ［31］ 512 野 生 种（72），地 方 品 种（36），育 成品种（404） 140 个 SLAF 基因组重测序， 测序深度：野生种（平 均 6.14×），地方品种 （平 均 6.14×），育 成 品种（平均 6.14×） SNP 鉴 定，进 化 树，群 体 结 构，遗 传 多 样 性 （π），Fu and Li′s D*， Fu and Li′s F*，主 成 分 分析，FST，连锁不平衡， 基因流动，全基因组关 联分析，选择性鉴定 ［36］ 25 野生种（8），地方 品种（8），育成品 种（9） 394 个 二代基因组重测序， 测序深度：野生种（平 均 5×），地 方 品 种 （平均 5×），育成品种 （平均 5×） SNP 鉴 定，群 体 结 构， 进化树，FST，遗传多样 性（π），主成分分析， 选择性鉴定（πw /πc） ［37］ 16 野生种（6），地方 品种（4），育成品 种（6） 206 个 二代基因组重测序， 测序深度：野生种（平 均 17×），地 方 品 种 （平均 17×），育成品 种（平均 17×） SNP 鉴定，FST，进化树， 遗传多样性（π），选择 性鉴定（πw /πc） ［38］ 菜豆 Common bean 160 野 生 种（60），地 方品种（100） 930 个 二代基因组重测序， 测序深度：野生种（平 均 4×），地 方 品 种 （平均 4×） SNP 鉴 定，CNV，遗 传 多样性（π），全基因组 关联分析，选择性鉴定， 连锁不平衡 ［32］