第九章系统发育分析 页码,23/37 们不能只是因为所有这三个方法产生了相同的进化树,就认为已经达到了相对于真实系 统发育的一个较好的评估。不幸的是,由不同方法得到的结果的一致性并不能必然地意 味着结果就是统计显著的(或者代表这真实的系统发生史),因为达到一致性的因素很 3.选择外围的分类群同内在的分类群的选择对于分析的影响是相当的。尤其是当外围的分 类群同一个或者几个内在的分类群拥有一个相同的不同寻常的属性(比方说,组成偏好 或者始终频率)时,问题就会复杂化( Lei pe et al.1993)。因此合理的做法是用若 干个外围的分类群计算每一个分析,检查内在分类群的拓扑结构的一致性。 4.要清醒地意识到程序可以给出不同的答案(进化树),仅仅是因为序列出现在输入文件 的顺序不同。 PHYLIP,PAUP以及其它系统发育软件提供了一个“混乱”选项,可以按照 不同的(混乱的)输入顺序重新运算。如果不管是什么原因,必须在一次运行中计算进 化树,怀疑有问题的的序列应该放置在输入文件的结尾,以降低进化树重新排布方法受 到一个较差的初始拓扑结构(这个拓扑结构来源于任意的有问题的序列)的负面影响的 可能性 第九章所涉及到的因特网资源 系统发育学的资源(PHYL0 GENETIC RESOURCES): 在加州大学伯克力分校的古生物学博物馆有一个因特网站点,组织得非常好,如果你对这个领 域感兴趣,最好能够把这个地址保存在收藏夹里。这个站点所搜集的系统发育学的程序并不 象其它站点那样多,但是它的页面里包含了许多与系统发育学有关的链接,其中包括出版 物、介绍、新闻组、协会、会议通知以及大量的分子生物学和分类生物学数据库 http://www.ucmp.berkeley.edu/subway/phylogenhtml 系统发育学的程序(PHYL0 GENY PROGRAMS): 通过这个网站浏览现有的系统发育学的软件是个非常好的选择。在这个站点中有大约一百个 系统发育学的程序简单的描述,按照程序方法(长程方法,似然方法,节约方法等)和运行 的计算机平台(Unix,MacC,Pc等)组织起来。另外,它还提供了这些软件的下载网址或者商业 软件的出版网址。 http://evolution.geneticswashington.edu/phylip/software.htmi 系统发育学计算机分析程序(PHYL0 GENETIC ANALYSIS COMPUTER PROGRAMS) 这是个关于生命树的网页。它所提供的系统发育学程序没有上一个网站那么多,但是程序的 说明更加详尽,并且除了画树程序以外,它还提供了序列编辑器和其他一些分子生物学的软 件工具 http://phylogeny.arizonaedu/tree/programs/programs.html 节约算法分析软件(PARS| MONY ANALYS|SS0 FTWARE): 这个站点是由WHs( ternati onal Will i Henni g Soci ety)维护的,专门研究节约算法,其 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第九章系统发育分析.htm 2005-1-18Ӏϡ㛑াᰃ಴Ў᠔᳝䖭ϝϾᮍ⊩ѻ⫳њⳌৠⱘ䖯࣪ˈᷥህ䅸ЎᏆ㒣䖒ࠄњⳌᇍѢⳳᅲ㋏ 㒳থ㚆ⱘϔϾ䕗དⱘ䆘ԄDŽϡᑌⱘᰃˈ⬅ϡৠᮍ⊩ᕫࠄⱘ㒧ᵰⱘϔ㟈ᗻᑊϡ㛑ᖙ✊ഄᛣ ੇⴔ㒧ᵰህᰃ㒳䅵ᰒ㨫ⱘ˄៪㗙ҷ㸼䖭ⳳᅲⱘ㋏㒳থ⫳৆˅ˈ಴Ў䖒ࠄϔ㟈ᗻⱘ಴㋴ᕜ ໮DŽ 3. 䗝ᢽ໪ೈⱘߚ㉏㕸ৠݙ೼ⱘߚ㉏㕸ⱘ䗝ᢽᇍѢߚᵤⱘᕅડᰃⳌᔧⱘDŽᇸ݊ᰃᔧ໪ೈⱘߚ ㉏㕸ৠϔϾ៪㗙޴Ͼݙ೼ⱘߚ㉏㕸ᢹ᳝ϔϾⳌৠⱘϡৠᇏᐌⱘሲᗻ˄↨ᮍ䇈ˈ㒘៤أད ៪㗙ྟ㒜乥⥛˅ᯊˈ䯂乬ህӮ໡ᴖ࣪˄Leipe et al., 1993˅DŽ಴ℸড়⧚ⱘخ⫣ᰃ⫼㢹 ᑆϾ໪ೈⱘߚ㉏㕸䅵ㅫ↣ϔϾߚᵤˈẔᶹݙ೼ߚ㉏㕸ⱘᢧᠥ㒧ᵘⱘϔ㟈ᗻDŽ 4. 㽕⏙䝦ഄᛣ䆚ࠄ⿟ᑣৃҹ㒭ߎϡৠⱘㄨḜ˄䖯࣪ˈ˅ᷥҙҙᰃ಴Ўᑣ߫ߎ೼⦃䕧ܹ᭛ӊ ⱘ乎ᑣϡৠDŽPHYLIP, PAUPҹঞ݊ᅗ㋏㒳থ㚆䕃ӊᦤկњϔϾĀ⏋хā䗝乍ˈৃҹᣝ✻ ϡৠⱘ˄⏋хⱘ˅䕧ܹ乎ᑣ䞡ᮄ䖤ㅫDŽབᵰϡㅵᰃҔМॳ಴ˈᖙ乏೼ϔ⃵䖤㸠Ё䅵ㅫ䖯 ࣪ˈᷥᗔ⭥᳝䯂乬ⱘⱘᑣ߫ᑨ䆹ᬒ㕂೼䕧ܹ᭛ӊⱘ㒧ሒˈҹ䰡Ԣ䖯࣪ᷥ䞡ᮄᥦᏗᮍ⊩ফ ࠄϔϾ䕗Ꮒⱘ߱ྟᢧᠥ㒧ᵘ˄䖭Ͼᢧᠥ㒧ᵘᴹ⑤Ѣӏᛣⱘ᳝䯂乬ⱘᑣ߫˅ⱘ䋳䴶ᕅડⱘ ৃ㛑ᗻDŽ ㄀бゴ᠔⍝ঞࠄⱘ಴⡍㔥䌘⑤˖ ㋏㒳থ㚆ᄺⱘ䌘⑤˄PHYLOGENETIC RESOURCES˅˖ ೼ࡴᎲ໻ᄺԃߚ࡯ܟ᷵ⱘস⫳⠽ᄺम⠽佚᳝ϔϾ಴⡍㔥キ⚍ˈ㒘㒛ᕫ䴲ᐌདབᵰԴᇍ䖭Ͼ乚 ඳᛳ݈䍷ˈ᳔ད㛑໳ᡞ䖭Ͼഄഔֱᄬ೼ᬊ㮣།䞠DŽ䖭Ͼキ⚍᠔᧰䲚ⱘ㋏㒳থ㚆ᄺⱘ⿟ᑣᑊϡ 䈵݊ᅗキ⚍䙷ḋ໮ˈԚᰃᅗⱘ义䴶䞠ࣙ৿њ䆌໮Ϣ㋏㒳থ㚆ᄺ᳝݇ⱘ䫒᥹ˈ݊Ёࣙᣀߎ⠜ ⠽ǃҟ㒡ǃᮄ䯏㒘ǃणӮǃӮ䆂䗮ⶹҹঞ໻䞣ⱘߚᄤ⫳⠽ᄺ੠ߚ㉏⫳⠽ᄺ᭄᥂ᑧDŽ http://www.ucmp.berkeley.edu/subway/phylogen.html ㋏㒳থ㚆ᄺⱘ⿟ᑣ˄PHYLOGENY PROGRAMS˅˖ 䗮䖛䖭Ͼ㔥キ⌣㾜⦄᳝ⱘ㋏㒳থ㚆ᄺⱘ䕃ӊᰃϾ䴲ᐌདⱘ䗝ᢽDŽ೼䖭Ͼキ⚍Ё᳝໻㑺ϔⱒϾ ㋏㒳থ㚆ᄺⱘ⿟ᑣㅔऩⱘᦣ䗄ˈᣝ✻⿟ᑣᮍ⊩˄䭓⿟ᮍ⊩ˈԐ✊ᮍ⊩ˈ㡖㑺ᮍ⊩ㄝ˅੠䖤㸠 ⱘ䅵ㅫᴎᑇৄ˄Unix,Mac,Pcㄝ˅㒘㒛䍋ᴹDŽ঺໪ˈᅗ䖬ᦤկњ䖭ѯ䕃ӊⱘϟ䕑㔥ഔ៪㗙ଚϮ 䕃ӊⱘߎ⠜㔥ഔDŽ http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html ㋏㒳থ㚆ᄺ䅵ㅫᴎߚᵤ⿟ᑣ˄PHYLOGENETIC ANALYSIS COMPUTER PROGRAMS˅˖ 䖭ᰃϾ݇Ѣ⫳ੑᷥⱘ㔥义DŽᅗ᠔ᦤկⱘ㋏㒳থ㚆ᄺ⿟ᑣ≵᳝ϞϔϾ㔥キ䙷М໮ˈԚᰃ⿟ᑣⱘ 䇈ᯢ᳈ࡴ䆺ሑˈᑊϨ䰸њ⬏ᷥ⿟ᑣҹ໪ˈᅗ䖬ᦤկњᑣ߫㓪䕥఼੠݊Ҫϔѯߚᄤ⫳⠽ᄺⱘ䕃 ӊᎹ݋DŽ http://phylogeny.arizona.edu/tree/programs/programs.html 㡖㑺ㅫ⊩ߚᵤ䕃ӊ˄PARSIMONY ANALYSIS SOFTWARE˅˖ 䖭Ͼキ⚍ᰃ⬅IWHS˄Iternational Willi Hennig Society˅㓈ᡸⱘˈϧ䮼ⷨお㡖㑺ㅫ⊩ˈ݊ ㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ 义ⷕˈ23/32 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com