第九章系统发育分析 页码,24/32 Q 中许多程序同PAUP或者 Henni g86互相影响 http://www.vims.edu/-mes/hennig/software.html 生物目录分子进化(B|0 CATAL0 G MOLECULAR EVOLUT|ON): 欧洲生物信息学研究所提供了大量系统发育学软件的链接。这个站点提供的 STATALI GN程序似 乎是独一无二的,其他站点都没有 http://www.ebi.ac.uk:/biocat/phylogeny.html 杆页( ROD PAGE′ S HOME PAGE): 这个主页提供了少量的系统发育学的分析软件,这些程序是基于苹果机或者视窗操作系统 的,包括下面提到的 Treevi ewi程序。 http://taxonomy.zoologygla.ac.uk/rod/rod.html 读取序列( READSEQ) 这里有一个文件格式转化程序,可以把一种格式的序列文件转化成另一种格式的序列文件。 这个站点的页面上有一个拷贝一粘贴(copy-and- paste)窗口和一个下拉菜单,用户可以 选择14种常用的序列文件格式中的一种作为输出格式 http://dot.imgen.bcmtmcedu933/seq-util/optiions/readseq.html 序列输入输出(SEQ|0): 这个站点有一个软件包,其中包括了 READSEO程序的可执行版本,还有其它许多的关于数据库 搜索的软件和分子生物学家们可能会用到的计算机工具。这个软件包可比 READSEQ程序复杂得 多,必须下载后安装才能使用。如果只是想进行简单地序列文件格式转化, READSEQ要快得 多 nttp: //wwwcsi f CS ucdavis. edu/-kni ght/seqio html PHYLIP: 这是一个分析系统发育的免费软件,有关软件的简短介绍可以在线阅览,但是软件和完整手 册需要下载。 http://evolutiongenetics.washington.edu/phylip.html 画树程序( TREEVIEW) 这个站点的画树软件是基于苹果机和视窗操作系统的,它读取标准的NEⅪUS和 PHYLIP格式的系 统发育树文件。这个软件允许用户重新定义树根和其它一些简单的节点,系统发育树可以打 印或者保存在一个文件中(在苹果机中是PCT,在视窗操作系统中是图元文件),以备日后 处理。这个程序对于出版物中的系统发育树的描绘很有帮助。 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第九章系统发育分析.htm 2005-1-18Ё䆌໮⿟ᑣৠPAUP៪㗙Hennig86ѦⳌᕅડDŽ http://www.vims.edu/~mes/hennig/software.html ⫳⠽Ⳃᔩߚᄤ䖯࣪˄BIOCATALOG MOLECULAR EVOLUTION˅˖ ⃻⌆⫳⠽ֵᙃᄺⷨお᠔ᦤկњ໻䞣㋏㒳থ㚆ᄺ䕃ӊⱘ䫒᥹DŽ䖭Ͼキ⚍ᦤկⱘSTATALIGN⿟ᑣԐ Тᰃ⣀ϔ᮴Ѡⱘˈ݊Ҫキ⚍䛑≵᳝DŽ http://www.ebi.ac.uk:/biocat/phylogeny.html ᴚ义˄ROD PAGE’S HOME PAGE˅˖ 䖭ϾЏ义ᦤկњᇥ䞣ⱘ㋏㒳থ㚆ᄺⱘߚᵤ䕃ӊˈ䖭ѯ⿟ᑣᰃ෎Ѣ㣍ᵰᴎ៪㗙㾚に᪡԰㋏㒳 ⱘˈࣙᣀϟ䴶ᦤࠄⱘTreeView⿟ᑣDŽ http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html 䇏পᑣ߫˄READSEQ˅˖ 䖭䞠᳝ϔϾ᭛ӊḐᓣ䕀࣪⿟ᑣˈৃҹᡞϔ⾡Ḑᓣⱘᑣ߫᭛ӊ䕀࣪៤঺ϔ⾡Ḑᓣⱘᑣ߫᭛ӊDŽ 䖭Ͼキ⚍ⱘ义䴶Ϟ᳝ϔϾᣋ䋱ü㉬䌈˄copy—and—paste˅にষ੠ϔϾϟᢝ㦰ऩˈ⫼᠋ৃҹ 䗝ᢽ14⾡ᐌ⫼ⱘᑣ߫᭛ӊḐᓣЁⱘϔ⾡԰Ў䕧ߎḐᓣDŽ http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:933/seq-util/Optiions/readseq.html ᑣ߫䕧ܹ䕧ߎ˄SEQIO˅˖ 䖭Ͼキ⚍᳝ϔϾ䕃ӊࣙ݊ˈЁࣙᣀњREADSEQ⿟ᑣⱘৃᠻ㸠⠜ᴀˈ䖬᳝݊ᅗ䆌໮ⱘ݇Ѣ᭄᥂ᑧ ᧰㋶ⱘ䕃ӊ੠ߚᄤ⫳⠽ᄺᆊӀৃ㛑Ӯ⫼ࠄⱘ䅵ㅫᴎᎹ݋DŽ䖭Ͼ䕃ӊࣙ↨ৃREADSEQ⿟ᑣ໡ᴖᕫ ໮ˈᖙ乏ϟ䕑ৢᅝ㺙ᠡ㛑Փ⫼DŽབᵰাᰃᛇ䖯㸠ㅔऩഄᑣ߫᭛ӊḐᓣ䕀࣪ˈREADSEQ㽕ᖿᕫ ໮DŽ http://wwwcsif.cs.ucdavis.edu/~knight/seqio.html PHYLIP˖ 䖭ᰃϔϾߚᵤ㋏㒳থ㚆ⱘܡ䌍䕃ӊˈ᳝݇䕃ӊⱘㅔⷁҟ㒡ৃҹ೼㒓䯙㾜ˈԚᰃ䕃ӊ੠ᅠᭈ᠟ 䳔㽕ϟ䕑DŽݠ http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html ⬏ᷥ⿟ᑣ˄TREEVIEW˅˖ 䖭Ͼキ⚍ⱘ⬏ᷥ䕃ӊᰃ෎Ѣ㣍ᵰᴎ੠㾚に᪡԰㋏㒳ⱘˈᅗ䇏পᷛޚⱘNEXUS੠PHYLIPḐᓣⱘ㋏ 㒳থ㚆ᷥ᭛ӊDŽ䖭Ͼ䕃ӊܕ䆌⫼᠋䞡ᮄᅮНᷥḍ੠݊ᅗϔѯㅔऩⱘ㡖⚍ˈ㋏㒳থ㚆ᷥৃҹᠧ ॄ៪㗙ֱᄬ೼ϔϾ᭛ӊЁ˄೼㣍ᵰᴎЁᰃPICTˈ೼㾚に᪡԰㋏㒳Ёᰃ೒ܗ᭛ӊ˅ˈҹ໛᮹ৢ ໘⧚DŽ䖭Ͼ⿟ᑣᇍѢߎ⠜⠽Ёⱘ㋏㒳থ㚆ᷥⱘᦣ㒬ᕜ᳝ᐂࡽDŽ ㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ 义ⷕˈ24/32 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com