第九章系统发育分析 页码,25/37 http://taxonomy.zoology.glaacuk/rod/treeview.html 在RDP树上进行系统发育定位( SUGGEST| NG A PhYLOGEnEtIC PLACEMENT ON THE RDP TREE) 这项服务允许用户自行输入一段小的RNA序列,把这段序列用快速DNAm画树程序定位到已有 的RDP( Ri bosomal Database Project)树上。这项服务快得令人惊奇,它可以在不到一分钟 的时间里返回一个大约包含20个物种的系统发育树,但是它还不能进行彻底的分析。 http://rdp.Iife.uiuc.edu/rdp/commanDs/sAtreE.html 致谢: 非常感谢 Dave swofford提供了PAUP4.0的测试版本以及同 Dave swofford和 Jack sul li van 进行的十分有益的讨论。MAH是作为国家生物工程信息中心的一名博士后参与这项工作的 感谢N|H和史密森学会 图示: 图9.1、 选定的植物、真菌和原生生物的58s「DNA序列的 CLUSTAL引导树。分类和相应缩写字母所代 表的序列在其它地方有描述( Hershkoⅶ tz and lewis,1996)。首先利用 CLUSTAL的特定的 (在这里使用的是默认值)空位罚分进行双重比对,然后根据双重比对得到序列两两之间的 相似性,得到这个临近相连的(距离)进化树。计算相似性时依据的是双重比对中相同碱基 的比例,不用考虑空位的位置。这个进化树既可以看作是一个最终结果,也可以作为一个多 重比对中的预备步骤。不管怎样,这个进化树都会被存储为PHLP格式的进化树文件。对于 多重比对程序而言,这个进化树的拓扑结构将决定序列输入的顺序(最外面的集合最先比 对),而树枝长度将决定序列的权重。这个进化树(见 Hershkovi tz and lewi s,1996)中有 几个分组,同已知证据不能吻合(比如,针叶树和红藻的多元性;厥类植物和苔藓的单 性),这些不正确因素都将误导多重比对。这个进化树是由PAUP的苹果机版本的画树程序制 作和打印,之后经过了苹果机的图形程序加工而成的。PAUP的进化树阅览和制作的常规协议 如下:(1)、执行一个PAUP文件,其分类名称同进化树名称相同;(2)、用 GETTREES命令 引入进化树文件,指定选项以保留进化树文件中的树枝长度;(3)、用PR| NT TREES命令画 出进化树,再次指定输入的树枝长度的用途;(4)、用弹出的打印进化树菜单( Print Trees)中的预览选项( Previ ew option)将进化树存储为PCT文件。注意,对于PAUP画树工 具的使用,所执行的数据文件(序列和比对)的内容并不重要,只需要分类名相同就可以 在数据文件中可能会有额外的分类,只要用 DELETE TAXA命令将其忽略即可 图9.2、 结构RNA序列比对的系统发育证据。(A)、假定的八个序列的比对,这个比对是根据二级结 构相同的碱基对准得到的,中间有一段变长(由Z字形标记)的环形(loop)区域。(B)、 假定的二级结构配对关系的说明。(C,D)、A�T序列和G&#0,C序列可供选择的系统发育 关系。(C)中的比对同系统发生相一致,但是与之无关,因为A�T和G&#0:C的取代只发生 file://E:wcb生物信息学(中译本)\第九章系统发育分析.htm 2005-1-18http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html ೼RDPᷥϞ䖯㸠㋏㒳থ㚆ᅮԡ˄SUGGESTING A PHYLOGENETIC PLACEMENT ON THE RDP TREE˅˖ 䖭乍᳡ܕࡵ䆌⫼᠋㞾㸠䕧ܹϔ↉ᇣⱘRNAᑣ߫ˈᡞ䖭↉ᑣ߫⫼ᖿ䗳DNAml⬏ᷥ⿟ᑣᅮԡࠄᏆ᳝ ⱘRDP˄Ribosomal Database Project˅ᷥϞDŽ䖭乍᳡ࡵᖿᕫҸҎ᚞༛ˈᅗৃҹ೼ϡࠄϔߚ䩳 ⱘᯊ䯈䞠䖨ಲϔϾ໻㑺ࣙ৿20Ͼ⠽⾡ⱘ㋏㒳থ㚆ᷥˈԚᰃᅗ䖬ϡ㛑䖯㸠ᕏᑩⱘߚᵤDŽ http://rdp.life.uiuc.edu/RDP/commands/sgtree.html 㟈䇶˖ 䴲ᐌᛳ䇶Dave SwoffordᦤկњPAUP 4.0ⱘ⌟䆩⠜ᴀҹঞৠDave Swofford ੠Jack Sullivan 䖯㸠ⱘकߚ᳝Ⲟⱘ䅼䆎DŽM.A.Hᰃ԰Ў೑ᆊ⫳⠽Ꮉ⿟ֵᙃЁᖗⱘϔৡम຿ৢখϢ䖭乍Ꮉ԰ⱘDŽ ᛳ䇶NIH੠৆ᆚỂᄺӮDŽ ೒⼎˖ ೒9.1ǃ 䗝ᅮⱘỡ⠽ǃⳳ㦠੠ॳ⫳⫳⠽ⱘ5.8s rDNAᑣ߫ⱘCLUSTALᓩᇐᷥDŽߚ㉏੠Ⳍᑨ㓽ݭᄫ↡᠔ҷ 㸼ⱘᑣ߫೼݊ᅗഄᮍ᳝ᦣ䗄˄Hershkovitz and Lewis, 1996˅DŽ佪߽ܜ⫼CLUSTALⱘ⡍ᅮⱘ ˄೼䖭䞠Փ⫼ⱘᰃ咬䅸ؐ˅ぎԡ㔮ߚ䖯㸠ঠ䞡↨ᇍˈ✊ৢḍ᥂ঠ䞡↨ᇍᕫࠄᑣ߫ϸϸП䯈ⱘ ⳌԐᗻˈᕫࠄ䖭ϾЈ䖥Ⳍ䖲ⱘ˄䎱⾏˅䖯࣪ᷥDŽ䅵ㅫⳌԐᗻᯊձ᥂ⱘᰃঠ䞡↨ᇍЁⳌৠ⺅෎ ⱘ↨՟ˈϡ⫼㗗㰥ぎԡⱘԡ㕂DŽ䖭Ͼ䖯࣪ᷥ᮶ৃҹⳟ԰ᰃϔϾ᳔㒜㒧ᵰˈгৃҹ԰ЎϔϾ໮ 䞡↨ᇍЁⱘ乘໛ℹ偸DŽϡㅵᗢḋˈ䖭Ͼ䖯࣪ᷥ䛑Ӯ㹿ᄬټЎPHILIPḐᓣⱘ䖯࣪ᷥ᭛ӊDŽᇍѢ ໮䞡↨ᇍ⿟ᑣ㗠㿔ˈ䖭Ͼ䖯࣪ᷥⱘᢧᠥ㒧ᵘᇚއᅮᑣ߫䕧ܹⱘ乎ᑣ˄᳔໪䴶ⱘ䲚ড᳔়ܜ↨ ᇍ˅ˈ㗠ᷥᵱ䭓ᑺᇚއᅮᑣ߫ⱘᴗ䞡DŽ䖭Ͼ䖯࣪˄ᷥ㾕Hershkovitz and Lewis, 1996˅Ё᳝ ޴Ͼߚ㒘ˈৠᏆⶹ䆕᥂ϡ㛑ਏড়˄↨བˈ䩜৊ᷥ੠㑶㯏ⱘ໮ܗᗻ˗ॹ㉏ỡ⠽੠㢨㮧ⱘऩϔ ᗻ˅ˈ䖭ѯϡℷ⹂಴㋴䛑ᇚ䇃ᇐ໮䞡↨ᇍDŽ䖭Ͼ䖯࣪ᷥᰃ⬅PAUPⱘ㣍ᵰᴎ⠜ᴀⱘ⬏ᷥ⿟ᑣࠊ ԰੠ᠧॄˈПৢ㒣䖛њ㣍ᵰᴎⱘ೒ᔶ⿟ᑣࡴᎹ㗠៤ⱘDŽPAUPⱘ䖯࣪ᷥ䯙㾜੠ࠊ԰ⱘᐌ㾘ण䆂 བϟ˖˄˅ǃᠻ㸠ϔϾPAUP᭛ӊˈ݊ߚ㉏ৡ⿄ৠ䖯࣪ᷥৡ⿄Ⳍৠ˗˄˅ǃ⫼GETTREESੑҸ ᓩܹ䖯࣪ᷥ᭛ӊˈᣛᅮ䗝乍ҹֱ⬭䖯࣪ᷥ᭛ӊЁⱘᷥᵱ䭓ᑺ˗˄˅ǃ⫼PRINT TREESੑҸ⬏ ߎ䖯࣪ˈᷥݡ⃵ᣛᅮ䕧ܹⱘᷥᵱ䭓ᑺⱘ⫼䗨˗˄˅ǃ⫼ᔍߎⱘᠧॄ䖯࣪ᷥ㦰ऩ˄Print Trees˅Ёⱘ乘㾜䗝乍˄Preview option˅ᇚ䖯࣪ᷥᄬټЎPICT᭛ӊDŽ⊼ᛣˈᇍѢPAUP⬏ᷥᎹ ݋ⱘՓ⫼ˈ᠔ᠻ㸠ⱘ᭄᥂᭛ӊ˄ᑣ߫੠↨ᇍ˅ⱘݙᆍᑊϡ䞡㽕ˈা䳔㽕ߚ㉏ৡⳌৠህৃҹDŽ ೼᭄᥂᭛ӊЁৃ㛑Ӯ᳝乱໪ⱘߚ㉏ˈা㽕⫼DELETE TAXAੑҸᇚ݊ᗑ⬹ेৃDŽ ೒9.2ǃ 㒧ᵘRNAᑣ߫↨ᇍⱘ㋏㒳থ㚆䆕᥂DŽ˄$˅ǃ؛ᅮⱘܿϾᑣ߫ⱘ↨ᇍˈ䖭Ͼ↨ᇍᰃḍ᥂Ѡ㑻㒧 ᵘⳌৠⱘ⺅෎ᇍޚᕫࠄⱘˈЁ䯈᳝ϔ↉ব䭓˄⬅=ᄫᔶᷛ䆄˅ⱘ⦃ᔶ˄loop˅ऎඳDŽ˄%˅ǃ ؛ᅮⱘѠ㑻㒧ᵘ䜡ᇍ݇㋏ⱘ䇈ᯢDŽ˄&ˈ D˅ǃA�Tᑣ߫੠G�Cᑣ߫ৃկ䗝ᢽⱘ㋏㒳থ㚆 ݇㋏DŽ˄&˅Ёⱘ↨ᇍৠ㋏㒳থ⫳Ⳍϔ㟈ˈԚᰃϢП᮴݇ˈ಴ЎA�T੠G�Cⱘপҷাথ⫳ ㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ 义ⷕˈ25/32 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?㄀бゴ㋏㒳থ㚆ߚᵤ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com