件包程序使用),也有 BLAST格式的(供 BLAST数据库搜索程序使用)。同时还提供了用于 LookUp程序以及数据库参考搜索的索引。 关于GCG, Wisconsin软件包,支持的平台以及硬件需求的一般性信息可以在GCG的主 页以及 Wisconsin软件包的用户手册中找到。GCG主页提供了更新信息以及 Wisconsin软件 包程序的完整列表 Sealab中可以使用多个序列分析程序的特性使用户可以应用这些程序顺序地回答相关 问题或在对输入序列进行编辑后重复某项分析。而可以同时访问公用数据库和本机序列的优 点使用户可以在一个分析中使用其中任意一种而不用先进行转换或格式化的工作。 Sealab 可以解决的序列分析问题 (1)在两条mNMA中寻找开放阅读框架,翻译并对比RM与蛋白质序列 对两条相关的mRNA进行测序的用户可能希望寻找开放阅读框架(ORF)、翻译以及进行 核酸与氨基酸序列间的两两对比 把序列加入 Sealab editor中,从 Functions菜单中选中Map选项运行Map程序。Map 输出文件包含了限制性酶切图和6种可能的翻译框架的ORF的显示。这些ORF的起始和终止 位置可进行标记并选为 Sealab editor中序列显示的范围,然后可用Edit菜单的 Translate 操作进行翻译。翻译结果自动出现在 Sealab editor中, 两条相关的核酸或蛋白质序列可用Gap程序或 Bestfit程序进行对比。Gap程序寻找两 条序列间的全局最优对比结果。适用于两条待比对的序列是进化相关的情况。 Bestfit程序 寻找两条序列的局部最优对比结果,它适用于两条序列不是进化相关而是功能相关的情况。 (2)通过参考搜索寻找数据库中的相关条目并进行对比 研究一个特征序列家族成员的用户可能希望寻找这个家族中的其它成员并建立它们的 多序列对比。 从 Functions菜单中选取 LookUp程序。 LookUp在数据库条目的参考信息部分搜索描述 词并建立匹配条目的列表。在参考部分的 Definiton, Author, Keyword和 Organism域中搜 索描述词并在词之间使用“and”(&)、“or”(|)以及“ but not”(!)布尔表达式。 例如,在 SWISS-PRQT条目的 Description域搜索“ lactate& dehydrogenase&h& chain 将产生一个输出文件,其中列出了乳酸脱氢酶H链( lactate dehydrogenase H chain)条 目。这个输出文件可以从 Output Manager窗口中加以显示,然后与用户的序列一起添加到 Sealab editor中 要创建所有这些序列的多序列对比,只要根据序列名称选中这些序列并从 Functions 菜单中运行 PileUp程序。由 PileUp产生的多序列文件也列在 Output Manager窗口中并可 以直接添加到 Sealab editor中。推荐采用这一步的原因在于数据库条目的特征表格 ( Features table)信息可与对比结果一起被包括进来。必要时对比结果是可以被编辑的, 并且如果数据库条目有相似的特征,这些特征可被附加给用户序列。件包程序使用），也有 BLAST 格式的（供 BLAST 数据库搜索程序使用）。同时还提供了用于 LookUp 程序以及数据库参考搜索的索引。 关于 GCG，Wisconsin 软件包，支持的平台以及硬件需求的一般性信息可以在 GCG 的主 页以及 Wisconsin 软件包的用户手册中找到。GCG 主页提供了更新信息以及 Wisconsin 软件 包程序的完整列表。 SeqLab 中可以使用多个序列分析程序的特性使用户可以应用这些程序顺序地回答相关 问题或在对输入序列进行编辑后重复某项分析。而可以同时访问公用数据库和本机序列的优 点使用户可以在一个分析中使用其中任意一种而不用先进行转换或格式化的工作。SeqLab 可以解决的序列分析问题： (1)在两条 mRNA 中寻找开放阅读框架，翻译并对比 RNA 与蛋白质序列 对两条相关的 mRNA 进行测序的用户可能希望寻找开放阅读框架（ORF）、翻译以及进行 核酸与氨基酸序列间的两两对比。 把序列加入 SeqLab Editor 中，从 Functions 菜单中选中 Map 选项运行 Map 程序。Map 输出文件包含了限制性酶切图和 6 种可能的翻译框架的 ORF 的显示。这些 ORF 的起始和终止 位置可进行标记并选为 SeqLab Editor 中序列显示的范围，然后可用 Edit 菜单的 Translate 操作进行翻译。翻译结果自动出现在 SeqLab Editor 中。 两条相关的核酸或蛋白质序列可用 Gap 程序或 BestFit 程序进行对比。Gap 程序寻找两 条序列间的全局最优对比结果。适用于两条待比对的序列是进化相关的情况。BestFit 程序 寻找两条序列的局部最优对比结果，它适用于两条序列不是进化相关而是功能相关的情况。 (2)通过参考搜索寻找数据库中的相关条目并进行对比 研究一个特征序列家族成员的用户可能希望寻找这个家族中的其它成员并建立它们的 多序列对比。 从 Functions 菜单中选取 LookUp 程序。LookUp 在数据库条目的参考信息部分搜索描述 词并建立匹配条目的列表。在参考部分的 Definiton, Author, Keyword 和 Organism 域中搜 索描述词并在词之间使用“and”（&）、“or”（|）以及“but not”（！）布尔表达式。 例如，在 SWISS-PROT 条目的 Description 域搜索“lactate & dehydrogenase & h & chain” 将产生一个输出文件，其中列出了乳酸脱氢酶 H 链（lactate dehydrogenase H chain）条 目。这个输出文件可以从 Output Manager 窗口中加以显示，然后与用户的序列一起添加到 SeqLab Editor 中。 要创建所有这些序列的多序列对比，只要根据序列名称选中这些序列并从 Functions 菜单中运行 PileUp 程序。由 PileUp 产生的多序列文件也列在 Output Manager 窗口中并可 以直接添加到 SeqLab Editor 中。推荐采用这一步的原因在于数据库条目的特征表格 （Features table）信息可与对比结果一起被包括进来。必要时对比结果是可以被编辑的， 并且如果数据库条目有相似的特征，这些特征可被附加给用户序列