(3)用查询序列搜索数据库,将找到的条目与查询序列进行对比并产生进化系统树 克隆并测序一个未知功能基因的用户可能希望在一个数据库中搜索相似的序列。如果搜 索到了,用户可能进一步希望创建与查询序列最相似的序列的多序列对比并产生数据的种系 图 往 Sealab editor中添加一个查询序列并从 Functions菜单中选取 FASTA程序。 FASTA 程序在数据库中搜索与查询序列相似的序列。输出文件可从 Output Manager窗口中加以显 示并直接添加到 Sealab editor中。在这个输出文件中数据库条目与查询序列局部相似性最 好的区域被加以标记。如果要显示的话,每个数据库条目只有这种区域可以显示在 Sealab Editor中。不要的条目可以从 Sealab editor中一起被删除 从 Functions菜单中选中 PileUp程序创建这些序列的多序列对比。输出可从 Output Manager窗口中加以显示并添加到 Sealab editor中更新己经存在的未对比序列。必要时可 对这一对比结果进行编辑,并且数据库条目的有用的特征表格信息也可以添加给查询序列。 从 Functions菜单中选取 Paup Search程序,程序提供了一个PAUP(进化系统简约性分 析( Phy logenetic Analysis Using Parsimony))中树搜索方式的GOG接口。 PaupDisplay 程序为PAUP中的树操作,鉴定以及显示方式提供了一个GCG接口 (4)拼接交叠序列片段产生一连续序列,寻找并翻译这一序列的编码区域并在数据库中搜索 相似序列 克隆了一个基因,把它分解克隆为一组有交叠的序列片段并进行了测序的用户可能希望 把这些序列片段重新组装为一条连续的序列。一旦 contig拼接完成,用户可能希望在序列 中寻找阅读框架,翻译并在数据库中搜索相似序列 Fragment Assmbly System的程序可用于拼接交叠序列片段。 GelStart程序创建一个项 目。 Gelenter程序把序列片段复制到项目中。 EmeRge程序寻找片段之间的交叠并把它们 拼接成 contigo GelAssemble程序是一个编辑器,可用于编辑这些连续的部分并解决片段之 间的冲突问题。所有这些程序都可以从 Functions菜单中选取。一旦拼接完成,最终构成此 contig的连续序列可以被保存为一个序列文件并添加到 Sealab editor中 使用Map、 Frames、 TestCode或 Codon Preference程序可预测序列中的编码区(所有 这些程序可以从 Functions菜单中选中)。使用Edit菜单的 Select range功能选择这些程 序预测的区域并使用Edit菜单中的翻译操作把它们翻译为蛋白质。这些提出的翻译区域也 可以作为核酸共有序列的特征被加入。 选取蛋白质序列然后选择 Functions菜单中 BLAST。 BLAST程序在数据库中搜索与查询 序列相似的条目,此程序既可以进行远程搜索也可以进行本机搜索。搜索结果可以从 Output Manager窗口中加以显示。如果被搜索的是一个本机的数据库,结果文件可以加入 Sealab Editor或 Main list窗口中,并允许对找到的序列进行进一步分析 (5)对比相关的蛋白质序列,计算对比结果的共有序列,辨识序列中新的特征序列模式,在 数据库中搜索包含此模式的序列或在对比结果的共有序列中搜索已知的蛋白质模式(3)用查询序列搜索数据库，将找到的条目与查询序列进行对比并产生进化系统树 克隆并测序一个未知功能基因的用户可能希望在一个数据库中搜索相似的序列。如果搜 索到了，用户可能进一步希望创建与查询序列最相似的序列的多序列对比并产生数据的种系 图。 往 SeqLab Editor 中添加一个查询序列并从 Functions 菜单中选取 FASTA 程序。FASTA 程序在数据库中搜索与查询序列相似的序列。输出文件可从 Output Manager 窗口中加以显 示并直接添加到 SeqLab Editor 中。在这个输出文件中数据库条目与查询序列局部相似性最 好的区域被加以标记。如果要显示的话，每个数据库条目只有这种区域可以显示在 SeqLab Editor 中。不要的条目可以从 SeqLab Editor 中一起被删除。 从 Functions 菜单中选中 PileUp 程序创建这些序列的多序列对比。输出可从 Output Manager 窗口中加以显示并添加到 SeqLab Editor 中更新已经存在的未对比序列。必要时可 对这一对比结果进行编辑，并且数据库条目的有用的特征表格信息也可以添加给查询序列。 从 Functions 菜单中选取 PaupSearch 程序，程序提供了一个 PAUP（进化系统简约性分 析（Phylogenetic Analysis Using Parsimony））中树搜索方式的 GCG 接口。PaupDisplay 程序为 PAUP 中的树操作，鉴定以及显示方式提供了一个 GCG 接口。 (4)拼接交叠序列片段产生一连续序列，寻找并翻译这一序列的编码区域并在数据库中搜索 相似序列 克隆了一个基因，把它分解克隆为一组有交叠的序列片段并进行了测序的用户可能希望 把这些序列片段重新组装为一条连续的序列。一旦 contig 拼接完成，用户可能希望在序列 中寻找阅读框架，翻译并在数据库中搜索相似序列。 Fragment Assmbly System 的程序可用于拼接交叠序列片段。GelStart 程序创建一个项 目。GelEnter 程序把序列片段复制到项目中。GelMerge 程序寻找片段之间的交叠并把它们 拼接成 contig。GelAssemble 程序是一个编辑器，可用于编辑这些连续的部分并解决片段之 间的冲突问题。所有这些程序都可以从 Functions 菜单中选取。一旦拼接完成，最终构成此 contig 的连续序列可以被保存为一个序列文件并添加到 SeqLab Editor 中。 使用 Map、Frames、TestCode 或 Codon Preference 程序可预测序列中的编码区（所有 这些程序可以从 Functions 菜单中选中）。使用 Edit 菜单的 Select Range 功能选择这些程 序预测的区域并使用 Edit 菜单中的翻译操作把它们翻译为蛋白质。这些提出的翻译区域也 可以作为核酸共有序列的特征被加入。 选取蛋白质序列然后选择 Functions 菜单中 BLAST。BLAST 程序在数据库中搜索与查询 序列相似的条目，此程序既可以进行远程搜索也可以进行本机搜索。搜索结果可以从 Output Manager 窗口中加以显示。如果被搜索的是一个本机的数据库，结果文件可以加入 SeqLab Editor 或 Main List 窗口中，并允许对找到的序列进行进一步分析。 (5)对比相关的蛋白质序列，计算对比结果的共有序列，辨识序列中新的特征序列模式，在 数据库中搜索包含此模式的序列或在对比结果的共有序列中搜索已知的蛋白质模式