辨识了一组相关序列的用户可能希望对其进行对比并计算对比结果的共有序列。如果可 以在对比结果中找到保守模式,用户可能希望在数据库中搜索包含这种模式的其它序列。用 户可能还希望在计算出的共有序列搜索已知的蛋白质模式 选取待对比的序列,从 Functions菜单中选取 PileUp程序创建多序列对比, PileUp程 序的输出文件可从 Output Manager窗口中加以显示并添加到 SeaLab editor中。用户可以 对对比结果的某个区域重新加以对比并以此替换原有的对比结果。只要选取一个区域并重新 运行 PileUp即可。从 PileUp Options窗口中选取" realign a portion of an existing alignment(重新对比一个已存在的对比结果的一部分)",这可能有利于选择一个替代评分 矩阵或不同的创建和扩展处罚。新的输出文件将包含最初的对比结果以及替换原始对比结果 的重新对比的区域 用Edit菜单中〔 consensus操作计算对比结果的共有序列。如果保守模式可被辨识,从 Functions菜单中选取 FindPatterns选项。从共有序列中剪切下此特征序列模式并把它粘 贴到 FindPatterns模式选择器中,并在数据库中搜索包含这一模式的序列。 此外,运行 Motif程序可在共有序列中搜索已知的蛋白质模式。 Motif在蛋白质序列中 搜索在 PROSITE,蛋白质位点和模式的 PROSITE字典中已知的蛋白质模式。如果辨识出一个 Motif,则给所有序列增加一个特征,并标出它的位置。图4.9显示了一个蛋白质序列的匹 配、一个共有序列以及 Motif搜索的结果。 (6)使用 Profile进行相似性搜索并对比相关序列 序列分析的一个新的扩展领域是 Profile技术。一个 profile是一个位置特定的评分矩 阵,它包含了一个序列对比结果中每个位置的所有残基信息。这一点与共有序列不同,共有 序列中只包含每个位置的保守残基的信息。 Profile做好后可用于搜索数据库、数据库划分 或在一个集合中搜索与原始对比结果中的序列相似的序列。它也可以用于把一条单独的序列 与一个对比结果进行对比。 使用 Profilemake程序可创建一个序列对比结果的 profile。使用 Profilesearch程序 可用 profile对数据库进行搜索, ProfileSegment程序可以显示搜索结果。使用 Profilegap 程序可将一个序列与 profile进行对比。 ProfileMake, Profilesearch, Profilesegments 以及 Profilegap程序都可以从 Functions菜单中启动 GCG的主页http://www.gcg.com 2. ACEDB ACEDB是一种被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具组,适用于许多动物和植物的 基因组计划。该软件是免费的,并且可运行在Unix和 Macintosh0S系统下, Windows版本 马上就会推出。数据库以丰富的图形界面提供信息,包括有具体显示的基因图谱,物理图谱, 新陈代谢的途径和序列等。数据用流行的对象的形式进行组织,使用大家熟悉的类别如,相 关的文献,基因,描述,和克隆的DNA等。可用于专用的数据分析以及许多永久性数据的采 集,而且使用者不需要经过专门的计算机和数据库的训练就可以使用 ACEDB。对于资源有限 的计划,这往往是决定使用 ACEDB的关键因素。辨识了一组相关序列的用户可能希望对其进行对比并计算对比结果的共有序列。如果可 以在对比结果中找到保守模式，用户可能希望在数据库中搜索包含这种模式的其它序列。用 户可能还希望在计算出的共有序列搜索已知的蛋白质模式。 选取待对比的序列，从 Functions 菜单中选取 PileUp 程序创建多序列对比，PileUp 程 序的输出文件可从 Output Manager 窗口中加以显示并添加到 SeqLab Editor 中。用户可以 对对比结果的某个区域重新加以对比并以此替换原有的对比结果。只要选取一个区域并重新 运行 PileUp 即可。从 PileUp Options 窗口中选取"realign a portion of an existing alignment（重新对比一个已存在的对比结果的一部分）"，这可能有利于选择一个替代评分 矩阵或不同的创建和扩展处罚。新的输出文件将包含最初的对比结果以及替换原始对比结果 的重新对比的区域。 用 Edit 菜单中 Consensus 操作计算对比结果的共有序列。如果保守模式可被辨识，从 Functions 菜单中选取 FindPatterns 选项。从共有序列中剪切下此特征序列模式并把它粘 贴到 FindPatterns 模式选择器中，并在数据库中搜索包含这一模式的序列。 此外，运行 Motif 程序可在共有序列中搜索已知的蛋白质模式。Motif 在蛋白质序列中 搜索在 PROSITE，蛋白质位点和模式的 PROSITE 字典中已知的蛋白质模式。如果辨识出一个 Motif，则给所有序列增加一个特征，并标出它的位置。图 4.9 显示了一个蛋白质序列的匹 配、一个共有序列以及 Motif 搜索的结果。 (6)使用 Profile 进行相似性搜索并对比相关序列 序列分析的一个新的扩展领域是 Profile 技术。一个 profile 是一个位置特定的评分矩 阵，它包含了一个序列对比结果中每个位置的所有残基信息。这一点与共有序列不同，共有 序列中只包含每个位置的保守残基的信息。Profile 做好后可用于搜索数据库、数据库划分 或在一个集合中搜索与原始对比结果中的序列相似的序列。它也可以用于把一条单独的序列 与一个对比结果进行对比。 使用 ProfileMake 程序可创建一个序列对比结果的 profile。使用 ProfileSearch 程序 可用 profile 对数据库进行搜索，ProfileSegment 程序可以显示搜索结果。使用 ProfileGap 程序可将一个序列与 profile 进行对比。ProfileMake, ProfileSearch, ProfileSegments 以及 ProfileGap 程序都可以从 Functions 菜单中启动。 GCG 的主页 http://www.gcg.com 2. ACEDB ACEDB 是一种被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具组,适用于许多动物和植物的 基因组计划。该软件是免费的，并且可运行在 Unix 和 Macintosh OS 系统下，Windows 版本 马上就会推出。数据库以丰富的图形界面提供信息，包括有具体显示的基因图谱，物理图谱， 新陈代谢的途径和序列等。数据用流行的对象的形式进行组织，使用大家熟悉的类别如，相 关的文献，基因，描述，和克隆的 DNA 等。可用于专用的数据分析以及许多永久性数据的采 集,而且使用者不需要经过专门的计算机和数据库的训练就可以使用 ACEDB。对于资源有限 的计划，这往往是决定使用 ACEDB 的关键因素