3.其它工具 不同的基因组测序中心都有其特有的一套序列管理分析方案及工具,并且在不断发展完 善之中,具体细节可访问这些测序中心的网站了解 6.2人类和鼠类公共物理图谱数据库的使用 1.物理图谱的类型 物理图谱有许多结构和形式。限制性图谱( restriction map),用于对小区域、如kb 量级做精细结构制图,细胞遗传学图( cytogenetic map),用于对以104kb为长度量级 的区域制图。最常用的两种类型是STS含量图( STS content map)和放射性杂交图( radiation hybrid map),它们的分辨区域都大于1Mb,并且有能使用简易PCR中的定位标记物的优点 在STS含量图中,STS标记物通过多聚酶链反应所监测,在反应中它与一个大的插入克 隆基因库反应,如酵母人工染色体(TACs),细菌人工染色体(BACs)和粘粒等。如果两个 或多个STS被发现是存在于同一个克隆之中,那么这些标记位点紧密相邻的机会就很高(不 是100%,因为在制图过程中存在一些假象,如出现嵌合克隆体)。一段时期以来,根据STS 含量图已经建立起一系列重叠群,如含有STS的重叠簇克隆。这样一张图的分辨率和覆盖度 由一些因子决定,如STS的密度、克隆群体的大小、以及克隆文库的深度。通常STS含量图 以长1Mb的插入YAC库为基础,分辨率为几百个bp。如果使用插入部分较小的克隆载体, 图谱就会有一个更高的理论分辨率,但是覆盖基因组同样大小面积就需要更多的STS。虽然 ˉ般有可能从STS含量图上得到标记物的相对顺序,但是相邻标记物之间的距离还是无法精 确测得。尽管如此,STS含量图还是有与克隆原相关的优点,并且可将其用于更进一步的 研究,如次级克隆或DNA测序。到目前为止,STS含量图制图简单而使用最多的来源是巴黎 的CEPH( centre d Etudes du polymorphisme Humain)中的YAC库。它是一个10×覆盖率 的文库,平均插入长度为Mb 放射性杂交图(对片段DNA的断点作图。在此技术中,一个人体细胞系被致死性的 gamma 射线照射,染色体DMA分成片段。然后该细胞系与一个仓鼠细胞系融合而被救,并能繁殖几 代。在这期间,人类细胞和仓鼠细胞的杂合体随机丢失其人类染色体片段。这样一百个或更 多的杂合细胞系克隆体中,每一个都有不同数量的染色体片段,筛选生长后,就可以形成 套杂合组,供接下来的制图实验用了。 如果要在一个放射性杂交组中对一个STS作图,那就要将每种杂交组细胞系中的DNA 进行STS的PCR操作。细胞系中如果含有该STS的染色体片段,那么就能得到一个正的PCR 信号。在基因组中相邻很近的STS有相似的固位模式( retention pattern),因为放射性 引起的断点落在它们中间的几率很小。相邻较远的STS固位模式相似性降低,相邻很远的 STS的固位模式将会截然不同。与基因图谱所用方法类似,算法类的软件也能推出STS在放 射性杂交图上的相对顺序,并通过断点落在其中间的可能性,用某一距离系统计算相邻标记 物之间的距离。放射性杂交图还能提供一个标记物位于某一个特殊位点的可能值(优势对数 值)。一个放射性杂交图的分辨率依赖于杂交体片断的大小,而这又依赖于人体细胞系所受 的辐射量。一般对基因组大小作图的细胞系分辨率为~13．其它工具 不同的基因组测序中心都有其特有的一套序列管理分析方案及工具，并且在不断发展完 善之中，具体细节可访问这些测序中心的网站了解。 6.2 人类和鼠类公共物理图谱数据库的使用 1 ．物理图谱的类型 物理图谱有许多结构和形式。限制性图谱（restriction map），用于对小区域、如 kb 量级做精细结构制图，细胞遗传学图（cytogenetic map），用于对以 10 4 kb 为长度量级 的区域制图。最常用的两种类型是 STS 含量图（STS content map）和放射性杂交图（radiation hybrid map），它们的分辨区域都大于 1Mb，并且有能使用简易 PCR 中的定位标记物的优点。 在 STS 含量图中，STS 标记物通过多聚酶链反应所监测，在反应中它与一个大的插入克 隆基因库反应，如酵母人工染色体（TACs），细菌人工染色体（BACs）和粘粒等。如果两个 或多个 STS 被发现是存在于同一个克隆之中，那么这些标记位点紧密相邻的机会就很高（不 是 100%，因为在制图过程中存在一些假象，如出现嵌合克隆体）。一段时期以来，根据 STS 含量图已经建立起一系列重叠群，如含有 STS 的重叠簇克隆。这样一张图的分辨率和覆盖度 由一些因子决定，如 STS 的密度、克隆群体的大小、以及克隆文库的深度。通常 STS 含量图 以长 1Mb 的插入 YAC 库为基础，分辨率为几百个 bp。如果使用插入部分较小的克隆载体， 图谱就会有一个更高的理论分辨率，但是覆盖基因组同样大小面积就需要更多的 STS。虽然 一般有可能从 STS 含量图上得到标记物的相对顺序，但是相邻标记物之间的距离还是无法精 确测得。尽管如此，STS 含量图还是有与 克隆原相关 的优点，并且可将其用于更进一步的 研究，如次级克隆或 DNA 测序。到目前为止，STS 含量图制图简单而使用最多的来源是巴黎 的 CEPH（centre d Etudes du Polymorphisme Humain）中的 YAC 库。它是一个 10×覆盖率 的文库，平均插入长度为~1Mb。 放射性杂交图（对片段 DNA 的断点作图。在此技术中，一个人体细胞系被致死性的 gamma 射线照射，染色体 DNA 分成片段。然后该细胞系与一个仓鼠细胞系融合而被救，并能繁殖几 代。在这期间，人类细胞和仓鼠细胞的杂合体随机丢失其人类染色体片段。这样一百个或更 多的杂合细胞系克隆体中，每一个都有不同数量的染色体片段，筛选生长后，就可以形成一 套杂合组，供接下来的制图实验用了。 如果要在一个放射性杂交组中对一个 STS 作图，那就要将每种杂交组细胞系中的 DNA 进行 STS 的 PCR 操作。细胞系中如果含有该 STS 的染色体片段，那么就能得到一个正的 PCR 信号。在基因组中相邻很近的 STS 有相似的固位模式（retention pattern），因为放射性 引起的断点落在它们中间的几率很小。相邻较远的 STS 固位模式相似性降低，相邻很远的 STS 的固位模式将会截然不同。与基因图谱所用方法类似，算法类的软件也能推出 STS 在放 射性杂交图上的相对顺序，并通过断点落在其中间的可能性，用某一距离系统计算相邻标记 物之间的距离。放射性杂交图还能提供一个标记物位于某一个特殊位点的可能值（优势对数 值）。一个放射性杂交图的分辨率依赖于杂交体片断的大小，而这又依赖于人体细胞系所受 的辐射量。一般对基因组大小作图的细胞系分辨率为～1M