在[ Analyse]菜单窗口中对本实验有用的是 MEasure,用它可以来测量或改变键长 平面角、二面角。只要按[ Measure]键,将会根据选中的原子数目弹出相应的对话框,测量 键长、平面角或二面角。 构象 Conformation]菜单窗口中,[ Torsion one为输入第一个要计算的二面角,具体 方法是先选中二面角的四个原子(依次选定),然后再按这个按钮。[ Torsion two为输入第 二个要计算的二面角(如果要计算两个二面角),这里要注意的是在输入第二个要计算的 二面角时,选择的原子一定要依次而选,使所选择的原子能够构成二面角。而按[ orson RUN钮,则根据输入的二面角个数自动选择计算一个或两个扭转角。 3.构建聚丙烯酸甲酯分子片段 为构建聚丙烯酸甲酯分子片段,从主菜单窗口中选择[ Build],出现构造[Buld菜单 窗口,再选择[Ad]出现有各分子基团的窗口,从中选取乙基片段,用鼠标器标亮其中的 个氢原子(当我们想利用某一分子作为母体往外连接基团时,连接点必须在氢原子上完 成),从[Ad菜单窗口中选取羧酸片段,屏幕上立即呈现出已接上羧酸的丙烯酸。用鼠标 器再标记丙烯酸上的氢原子,从从[Add]莱单窗口中选取甲基片段,屏幕上就出现丙烯酸甲 酯的一个单体片段。重复以上操作,完成三个单体的丙烯酸甲酯片段即可。如果构建的丙 烯酸甲酯片段太长,会因所包含的原子数太多而使计算机工作量过大,影响计算速度。 4.构象能量计算 构建完聚丙烯酸甲酯分子片段结构模型之后、从主菜单窗口中选择[ Conformation]、 弹出相应窗口。用鼠标器标亮你准备旋转的角(二面角)所涉及的四个原子、按[ Torsion one]后,再按[ Torsion run,即出现如图6所示的对话框。 对话框中出现的是关于所建分子进行构象能计算时所需选择的参数。 Description是 关于文件的提示性的描述,在其中填写“demo”是指这是一个演示实验。评价力函数 ( RMs force),选用0.01。分子间相互作用的选择:偶极相互作用( Dipole还是静电相互作用 ( Charge)。这里构建的是聚丙烯酸甲酯分子片段,不计静电相互作用,而选择偶极相互作 用。距离截断功能的限定距离( Cut off value)、这里选用9.0。在 Torsion1中所显示的数字 表示所选定旋转角原子的原子序号(这个序号是你在构建聚丙烯酸甲酯分子片段时,计7 在[Analyse] 菜单窗口中对本实验有用的是[Measure]，用它可以来测量或改变键长、 平面角、二面角。只要按[Measure]键，将会根据选中的原子数目弹出相应的对话框，测量 键长、平面角或二面角。 构象[Conformation] 菜单窗口中，[Torsion one]为输入第一个要计算的二面角，具体 方法是先选中二面角的四个原子（依次选定），然后再按这个按钮。[Torsion two]为输入第 二个要计算的二面角（如果要计算两个二面角），这里要注意的是在输入第二个要计算的 二面角时，选择的原子一定要依次而选，使所选择的原子能够构成二面角。而按[Torsion RUN]钮，则根据输入的二面角个数自动选择计算一个或两个扭转角。 3．构建聚丙烯酸甲酯分子片段 为构建聚丙烯酸甲酯分子片段，从主菜单窗口中选择[Build]，出现构造[Build]菜单 窗口，再选择[Add]出现有各分子基团的窗口，从中选取乙基片段，用鼠标器标亮其中的一 个氢原子（当我们想利用某一分子作为母体往外连接基团时，连接点必须在氢原子上完 成），从[Add]菜单窗口中选取羧酸片段，屏幕上立即呈现出已接上羧酸的丙烯酸。用鼠标 器再标记丙烯酸上的氢原子，从从[Add]菜单窗口中选取甲基片段，屏幕上就出现丙烯酸甲 酯的一个单体片段。重复以上操作，完成三个单体的丙烯酸甲酯片段即可。如果构建的丙 烯酸甲酯片段太长，会因所包含的原子数太多而使计算机工作量过大，影响计算速度。 4.构象能量计算 构建完聚丙烯酸甲酯分子片段结构模型之后、从主菜单窗口中选择[Conformation]、 弹出相应窗口。用鼠标器标亮你准备旋转的角（二面角）所涉及的四个原子、按[Torsion one] 后，再按[Torsion RUN]，即出现如图 6 所示的对话框。 对话框中出现的是关于所建分子进行构象能计算时所需选择的参数。Description是 关于文件的提示性的描述，在其中填写“demo”是指这是一个演示实验。评价力函数 (RMS force)，选用0.01。分子间相互作用的选择: 偶极相互作用(Dipole)还是静电相互作用 (Charge)。这里构建的是聚丙烯酸甲酯分子片段，不计静电相互作用，而选择偶极相互作 用。 距离截断功能的限定距离(Cut off value)、 这里选用9.0。在Torsion 1 中所显示的数字 表示所选定旋转角原子的原子序号（这个序号是你在构建聚丙烯酸甲酯分子片段时，计