应用 模块 表示相关联的序列—一 突变体，多态性 Allele,SeqDiff 在序列注释中加入特征数据 Seq WithQuality 序列XML表征—生成和分析 SegIO:game,SegIO:bsml 使用GF℉表示序列 Bio:DB:GFF 6.操作序列簇 Cluster,ClusterIO 7.在BioPerl中表示非序列数据：结构、树和图谱 使用3D结构对象并读取PDB文件 StructureI,Structure::IO 树对象和系统发生树 Tree:Tree,TreelO,PAML 图谱对象操作遗传图谱 Map:MapI,MapIO 文献对象搜索文献数据库 Biblio 图形对象以图形代表序列对象 Graphics