3、BioPerl概况 BioPerl是Perl的扩充，专门用于生物信息的工具与函数集。 表11-3 BioPerl模块说明 应用 模块 1.序列操作 对序列进行统计 SeqStats,Seq Word 确定限制性内切核酸酶位点 Bio::Restriction 识别氨基酸裂解位点 Sigcleave 多样性序列功能 OddCodes,SeqPattern 转换坐标系 Coordinate:Pair,RelSegment 2.搜索相似序列 运行远程BLAST using RemoteBlast.pm 分析BLAST和FASTA结果 Search,SearchIO 分析BLAST结果 BPlite,BPpsilite,and BPbl2seq 分析HMM结果 HMMER:Results,SearchIO 运行本地BLAST StandAloneBlast 3.序列比对 SimpleAlign 4.在基因组DNA寻找基因和其他结构 Genscan,Sim4,Grail,Genemark,ESTScan,MZEF,EPCR 5.开发机器可读性的序列注释 表征序列注释 SeqFeature,RichSeq,Location 表征序列注释 Annotation:Collection 表示大的序列 LargeSeq 表示改变的序列 LiveSeq3、BioPerl概况 BioPerl是Perl的扩充，专门用于生物信息的工具与函数集