类、功能、以及蛋白质之间的相互作用。 蛋白质组就是基因组表达的蛋白质群。在特定的生物背景下，生物体内实际的蛋白质清 单比基因组提供的清单内容小得多，即只有一部分基因表达。蛋白质组能告诉我们哪蛋白质 在发挥作用一如那些蛋白质相互作用、形成信号传导途径或膜上离子通道。蛋白质组不是 细胞固定的特征。由于蛋白质组是信息的功能表达形式，因此不同类型的细胞、同一类型不 同发育状态的细胞、记忆处于不同环境的同一类型细胞将有不同的蛋白质组。由于生物能用 不同方式进行修饰几乎所有的基因产物蛋白质，因此蛋白质组比基因组大得多。而且蛋白质 组的蛋白质都不是以隔离状态存在的，而是与其它蛋白质相互作用来执行特定的生物功能。 与基因组不同，蛋白质组不是静态的。 对蛋白质进行研究、鉴定、归类，从而了解蛋白质组。在有些情况下（但不是在所有情 况下)，这类研究最开始是要从细胞中分离出特定蛋白质。 4.1研究蛋白质功能的第一步是蛋白质纯化 生物化学有个谚语：“别在不纯的蛋白质上浪费完美的思路。”用纯化的蛋白质我们能够 确定蛋白质的氨基酸序列，研究蛋白质的生物化学功能。根据氨基酸序列，我们能够绘制不 同物种同一蛋白质的进化关系图（第六章）。纯化蛋白质能够生长出蛋白质晶体。我们用蛋 白质晶体能够进行X射线衍射、从而确定蛋白质的空间结构，这种空间结构又与蛋白质功 能密切相关。 如何判断哪个蛋白质就是我们所需要的蛋白质？-检测 纯化的目的是获得只有一种蛋白质（我们感兴趣的）的样品。该蛋白也许只有起始原料 的1%，而起始原料是培养细胞或植物特定器官所有蛋白质的混合物。生化工作者如何从复 杂的蛋白质混合物种分离出特定的蛋白质呢？ 生化工作者做检测，即检查样品是否具有目标蛋白独特的性质。检测阳性表示样品有目 标蛋白。确定检测的有效性常常很困难，但是检测的性质愈特异，纯化方案逾有效。例如酶 的检测就是测定酶的催化活性一即酶促进特定生化反应的能力。酶活性检测常常是间接测 定。乳酸脱氢酶催化下列反应： 0y0 Lactate 0 dehydrogenase HO- -C—H+NAD* NADH H+ CH3 -CH3 Lactate Pyruvate Unnumbered figure pg 67 Biochemistry,Sixth Editio 2007 W.H.Freeman and Company 还原的烟碱腺苷二磷酸(NADH)在340nm有吸收峰，但氧化型NAD在340nm没有吸 收峰。因此我们能根据一定时间内（如1分钟）反应在所产生的光吸收量判断样品的酶量。 如果乳酸脱氢酶纯化过程中，样品催化乳酸脱氢反应(1分钟内)产生的340m光吸收值逐 步增加，说明酶的纯度逐步提高。 为了判断我们的纯化方案是否可行，我们还需要知道样品中蛋白质含量。有不同的方素 快速准确测定蛋白质浓度。用两个实验测得的参数—酶活性和蛋白质浓度一我们能够计类、功能、以及蛋白质之间的相互作用。 蛋白质组就是基因组表达的蛋白质群。在特定的生物背景下，生物体内实际的蛋白质清 单比基因组提供的清单内容小得多，即只有一部分基因表达。蛋白质组能告诉我们哪蛋白质 在发挥作用——如哪些蛋白质相互作用、形成信号传导途径或膜上离子通道。蛋白质组不是 细胞固定的特征。由于蛋白质组是信息的功能表达形式，因此不同类型的细胞、同一类型不 同发育状态的细胞、记忆处于不同环境的同一类型细胞将有不同的蛋白质组。由于生物能用 不同方式进行修饰几乎所有的基因产物蛋白质，因此蛋白质组比基因组大得多。而且蛋白质 组的蛋白质都不是以隔离状态存在的，而是与其它蛋白质相互作用来执行特定的生物功能。 与基因组不同，蛋白质组不是静态的。 对蛋白质进行研究、鉴定、归类，从而了解蛋白质组。在有些情况下（但不是在所有情 况下），这类研究最开始是要从细胞中分离出特定蛋白质。 4.1 研究蛋白质功能的第一步是蛋白质纯化 生物化学有个谚语：“别在不纯的蛋白质上浪费完美的思路。”用纯化的蛋白质我们能够 确定蛋白质的氨基酸序列，研究蛋白质的生物化学功能。根据氨基酸序列，我们能够绘制不 同物种同一蛋白质的进化关系图（第六章）。纯化蛋白质能够生长出蛋白质晶体。我们用蛋 白质晶体能够进行 x-射线衍射、从而确定蛋白质的空间结构，这种空间结构又与蛋白质功 能密切相关。 如何判断哪个蛋白质就是我们所需要的蛋白质？-检测 纯化的目的是获得只有一种蛋白质（我们感兴趣的）的样品。该蛋白也许只有起始原料 的 1%，而起始原料是培养细胞或植物特定器官所有蛋白质的混合物。生化工作者如何从复 杂的蛋白质混合物种分离出特定的蛋白质呢？ 生化工作者做检测，即检查样品是否具有目标蛋白独特的性质。检测阳性表示样品有目 标蛋白。确定检测的有效性常常很困难，但是检测的性质愈特异，纯化方案逾有效。例如酶 的检测就是测定酶的催化活性——即酶促进特定生化反应的能力。酶活性检测常常是间接测 定。乳酸脱氢酶催化下列反应： 还原的烟碱腺苷二磷酸（NADH）在 340nm 有吸收峰，但氧化型 NAD+在 340nm 没有吸 收峰。因此我们能根据一定时间内（如 1 分钟）反应在所产生的光吸收量判断样品的酶量。 如果乳酸脱氢酶纯化过程中，样品催化乳酸脱氢反应（1 分钟内）产生的 340nm 光吸收值逐 步增加，说明酶的纯度逐步提高。 为了判断我们的纯化方案是否可行，我们还需要知道样品中蛋白质含量。有不同的方案 快速准确测定蛋白质浓度。用两个实验测得的参数——酶活性和蛋白质浓度——我们能够计