质构象能量函数中的各个参数或者得分函数。(3)一种构象空间搜索技术。必须选择一个 优化方法,以便对构象空间进行快速搜索,迅速找到与某一全局最小能量相对应的构象。其 中,构象空间搜索和能量函数的建立是从头预测方法的关键。 9431蛋白质折叠的网格模型 限制蛋白骨架构象中可采取的自由度是在模拟过程中简化蛋白质的一种方法,其中一种 限制是α碳原子只允许位于二维或三维格子(网格)的位置上。这种简化方法大大减少了一 个蛋白质可以采取的构象数目。于是,对于一个中等大小的多肽链,我们可以对它的构象空 间进行穷举搜索,直到找到能量全局最小的构象。而对于比较长的多肽链,简化的格子模型 可以使非穷尽的搜索方法对所有可能的构象进行较大比例的取样,因此,可以比较准确地估 计出能量全局最小的构象。HP[疏水( hydrophobic)极性( polar)]模型是研究得最成熟的一种 简单网格模型。HP模型用一个固定半径的原子来表示蛋白质中每个氨基酸残基,从而进 步简化蛋白质结构。在这种表示方法中,原子被分为两种类型:疏水原子(H)和极性原子 (P)。图77显示了一段较短的用二维和三维H-P模型表示的多肽链,其中,疏水残基表 示为黑色,极性残基表示为白色。按照惯例,N端的氨基酸位于坐标系统的原点,第二个氨 基酸残基就位于坐标的(10)或(1,0,0)处。通常我们认为疏水作用力是使蛋白质折叠 成一个紧密球状结构的几种基础力之一。大多数蛋白质的天然结构都有一个疏水核心和一个 与溶液相接触的表面,疏水核心中掩藏了疏水残基,使得它们与溶液相隔离,而与溶液相接 触的表面大多或者全部由极性残基和带电残基组成。将蛋白质折叠成一个紧密结构以帮助疏 水残基与溶液相分离的过程通常称为疏水折叠。膜蛋白却明显不同,这种蛋白具有一个或多 个嵌入细胞膜的跨膜区,这些跨膜区的结构主要是螺旋结构。由于细胞膜大多由疏水的碳原 子和氢原子组成,因此这些“表面”的螺旋结构实际上是与水分子分离的,它们大多由疏水氨 基酸组成。质构象能量函数中的各个参数或者得分函数。（3）一种构象空间搜索技术。必须选择一个 优化方法，以便对构象空间进行快速搜索，迅速找到与某一全局最小能量相对应的构象。其 中，构象空间搜索和能量函数的建立是从头预测方法的关键。 9.4.3.1 蛋白质折叠的网格模型 限制蛋白骨架构象中可采取的自由度是在模拟过程中简化蛋白质的一种方法，其中一种 限制是 α 碳原子只允许位于二维或三维格子（网格）的位置上。这种简化方法大大减少了一 个蛋白质可以采取的构象数目。于是，对于一个中等大小的多肽链，我们可以对它的构象空 间进行穷举搜索，直到找到能量全局最小的构象。而对于比较长的多肽链，简化的格子模型 可以使非穷尽的搜索方法对所有可能的构象进行较大比例的取样，因此，可以比较准确地估 计出能量全局最小的构象。H-P[疏水(hydrophobic)-极性(polar)] 模型是研究得最成熟的一种 简单网格模型。H-P 模型用一个固定半径的原子来表示蛋白质中每个氨基酸残基，从而进一 步简化蛋白质结构。在这种表示方法中，原子被分为两种类型：疏水原子（H）和极性原子 （P）。图 7.7 显示了一段较短的用二维和三维 H-P 模型表示的多肽链，其中，疏水残基表 示为黑色，极性残基表示为白色。按照惯例，N 端的氨基酸位于坐标系统的原点，第二个氨 基酸残基就位于坐标的（1,0）或（1，0，0）处。通常我们认为疏水作用力是使蛋白质折叠 成一个紧密球状结构的几种基础力之一。大多数蛋白质的天然结构都有一个疏水核心和一个 与溶液相接触的表面，疏水核心中掩藏了疏水残基，使得它们与溶液相隔离，而与溶液相接 触的表面大多或者全部由极性残基和带电残基组成。将蛋白质折叠成一个紧密结构以帮助疏 水残基与溶液相分离的过程通常称为疏水折叠。膜蛋白却明显不同，这种蛋白具有一个或多 个嵌入细胞膜的跨膜区，这些跨膜区的结构主要是螺旋结构。由于细胞膜大多由疏水的碳原 子和氢原子组成，因此这些“表面”的螺旋结构实际上是与水分子分离的，它们大多由疏水氨 基酸组成